Auteur/autrice : Akira

Ses publications :

  • Montpellier OMICS Days 2016

    Montpellier OMICS Days 2016

    Les 8 et 9 février der­nier ont eu lieu à l'Université de Mont­pel­lier (UM) les 4e Mont­pel­lier OMICS Days (MODs). Un évé­ne­ment en deux temps : le pre­mier jour était consa­cré aux confé­rences et le deuxième jour à 2 work­shops un débu­tant sur la prise en main de l'environnement GNU/​Linux et un avan­cé sur l'analyse des…

  • Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

    par

    dans
    Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

    Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répan­due qui consiste à cibler une par­tie du génome grâce à une pro­téine et à séquen­cer uni­que­ment les par­ties du génome aux­quelles celle-ci s'est fixée. On la cap­ture ensuite avec un anti­corps spé­ci­fique et on séquence uni­que­ment l'ADN qu'elle pro­té­geait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de…

  • SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)

    SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)

    Suite à l'article sur l'EMBL, voi­ci la pré­sen­ta­tion d'un autre grand employeur dans le domaine de la bio­in­for­ma­tique. Cette fois-ci c'est un peu plus com­pli­qué, contrai­re­ment à l'EMBL qui a ses propres bâti­ments et fina­le­ment un nombre de lieux de tra­vail réduit, le SIB, dont on va par­ler aujourd'hui, est répar­ti sur tout le ter­ri­toire…

  • European Molecular Biology Laboratory (EMBL)

    European Molecular Biology Laboratory (EMBL)

    Voi­ci un article d'un nou­veau genre sur bioin­fo-fr : après les lieux pour vous for­mer à la bio­in­for­ma­tique, voi­ci les lieux où pos­tu­ler pour un stage ou pour tra­vailler une fois votre diplôme en poche. Et aujourd'hui je m'attaque à une grosse pièce puisque je vais vous par­ler de l'EMBL (Euro­pean Mole­cu­lar Bio­lo­gy Labo­ra­to­ry ). Un…

  • Clusters et pipelines avec LSF

    Clusters et pipelines avec LSF

    Aujourd'hui petit mash-up de deux articles pré­cé­dem­ment publiés dans nos colonnes. Comme je l'avais pro­mis, je vais vous pré­sen­ter ma méthode pour faire du pipe­li­ning avec le ges­tion­naire de res­sources de notre clus­ter. Si vous n'avez pas com­pris la phrase pré­cé­dente, je vous invite à aller (re-)lire l'article sur les pipe­lines et celui sur les…

  • Introduction aux pipelines

    Introduction aux pipelines

    Il vous est peut-être arri­vé d'attendre qu'un logi­ciel A ait fini son tra­vail pour pou­voir lan­cer un logi­ciel B, qui lui uti­lise la sor­tie du logi­ciel A. Si l'exécution de A ne prend que quelques secondes cela n'est pas trop grave. Par contre, si elle prend des heures et que vous devez véri­fier régu­liè­re­ment s’il…

  • Comment travailler sur une grappe de serveurs (cluster)

    Comment travailler sur une grappe de serveurs (cluster)

    Avec les avan­cées en bio­lo­gie ces der­nières années, la quan­ti­té de don­nées pro­duites et les res­sources infor­ma­tiques néces­saires à leur trai­te­ment ont gran­de­ment aug­men­té. Pour faire face à ces pro­blèmes, l'une des solu­tions les plus répan­dues est la mise en place de grappes de ser­veurs (plus sou­vent dési­gnées par le terme anglais com­pu­ter clus­ter ou…

  • Bioconductor

    Bioconductor

    Bioconductor Voi­là le sujet que l'on va abor­der ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, com­ment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décri­rais Bio­con­duc­tor comme un pro­jet par­ti­ci­pa­tif. Il est libre d'accès et son déve­lop­pe­ment dépend de ce que la com­mu­nau­té veut bien y appor­ter. L'objectif est simple, offrir…

  • Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac

    Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac

    Voi­ci pour cette nou­velle semaine le deuxième article sur les for­ma­tions de bio­in­for­ma­tique en France. Je vais vous pré­sen­ter l'IUT Génie Bio­lo­gique option Bio­in­for­ma­tique d'Aurillac, rat­ta­ché à l'université d’Auvergne. Cette for­ma­tion en deux ans est, à ma connais­sance, la seule qui per­met de com­men­cer la bio­in­for­ma­tique à la sor­tie du lycée. Les étu­diants viennent majo­ri­tai­re­ment…