Auteur/autrice : Akira
Ses publications :
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Montpellier OMICS Days 2016
Les 8 et 9 février dernier ont eu lieu à l'Université de Montpellier (UM) les 4e Montpellier OMICS Days (MODs). Un événement en deux temps : le premier jour était consacré aux conférences et le deuxième jour à 2 workshops un débutant sur la prise en main de l'environnement GNU/Linux et un avancé sur l'analyse des…
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Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq
Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répandue qui consiste à cibler une partie du génome grâce à une protéine et à séquencer uniquement les parties du génome auxquelles celle-ci s'est fixée. On la capture ensuite avec un anticorps spécifique et on séquence uniquement l'ADN qu'elle protégeait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de…
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SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)
Suite à l'article sur l'EMBL, voici la présentation d'un autre grand employeur dans le domaine de la bioinformatique. Cette fois-ci c'est un peu plus compliqué, contrairement à l'EMBL qui a ses propres bâtiments et finalement un nombre de lieux de travail réduit, le SIB, dont on va parler aujourd'hui, est réparti sur tout le territoire…
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European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
Voici un article d'un nouveau genre sur bioinfo-fr : après les lieux pour vous former à la bioinformatique, voici les lieux où postuler pour un stage ou pour travailler une fois votre diplôme en poche. Et aujourd'hui je m'attaque à une grosse pièce puisque je vais vous parler de l'EMBL (European Molecular Biology Laboratory ). Un…
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Clusters et pipelines avec LSF
Aujourd'hui petit mash-up de deux articles précédemment publiés dans nos colonnes. Comme je l'avais promis, je vais vous présenter ma méthode pour faire du pipelining avec le gestionnaire de ressources de notre cluster. Si vous n'avez pas compris la phrase précédente, je vous invite à aller (re-)lire l'article sur les pipelines et celui sur les…
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Introduction aux pipelines
Il vous est peut-être arrivé d'attendre qu'un logiciel A ait fini son travail pour pouvoir lancer un logiciel B, qui lui utilise la sortie du logiciel A. Si l'exécution de A ne prend que quelques secondes cela n'est pas trop grave. Par contre, si elle prend des heures et que vous devez vérifier régulièrement s’il…
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Comment travailler sur une grappe de serveurs (cluster)
Avec les avancées en biologie ces dernières années, la quantité de données produites et les ressources informatiques nécessaires à leur traitement ont grandement augmenté. Pour faire face à ces problèmes, l'une des solutions les plus répandues est la mise en place de grappes de serveurs (plus souvent désignées par le terme anglais computer cluster ou…
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Bioconductor
Bioconductor Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décrirais Bioconductor comme un projet participatif. Il est libre d'accès et son développement dépend de ce que la communauté veut bien y apporter. L'objectif est simple, offrir…
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Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac
Voici pour cette nouvelle semaine le deuxième article sur les formations de bioinformatique en France. Je vais vous présenter l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac, rattaché à l'université d’Auvergne. Cette formation en deux ans est, à ma connaissance, la seule qui permet de commencer la bioinformatique à la sortie du lycée. Les étudiants viennent majoritairement…