Auteur/autrice : Guillaume Collet
Ses publications :
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2015 : partage de connaissances
Bioinfo-fr reprend du service pour une nouvelle année et souhaite que 2015 réalise vos vœux les plus chers ! Première parution de l'année : les Bioinformations. Le bulletin commun SFBI, JeBiF et bioinfo-fr vous informe sur les évènements à ne pas manquer et l'emploi en bioinformatique. Il vous donne également quelques astuces bien pratiques. Enfin, l'association JeBiF…
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Comparaison de structures : le TM-Score
Pour comparer des structures 3D de protéines, nous avons vu le RMSD dans un précédent article. Je vous propose cette semaine de parler du TM-Score décrit par Zhang et Skolnick en 2004. Les bases Le TM-Score a été développé afin de calculer la qualité des structures de protéines prédites lors de la compétition CASP5. Le but…
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Questions à… nos admins
Cela fait maintenant plusieurs années que Bioinfo-fr.net a été lancé mais connaissez-vous bien les administrateurs de ce site ? Nous vous proposons un entretien croisé de deux de nos administrateurs : Guillaume Collet (Bilouweb) et Isabelle Stévant (ZaZo0o). GC : Bonjour ZaZo0o, merci d'avoir accepter cet entretien croisé, commençons par ton parcours. Qu'est-ce qui t'a menée à la…
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Comparaison de structures : le RMSD
En 1973, Anfinsen montrait qu'une protéine se replie en une structure unique et stable. Même si des exceptions existent, cette règle s'applique à la plupart des petites protéines globulaires. La structure des protéines est non seulement stable mais aussi plus conservée que la séquence au cours de l'évolution. En effet, des protéines ayant des séquences très…
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Je partage, tu partages… nous partageons !
Bioinfo-fr s'inscrit tranquillement dans la durée et dans la blogosphère scientifique française. Une blogosphère active qui se structure, qui échange, qui débat, bref une blogosphère vivante (voir ici pour un débat et là ou là pour une liste de blogs de science en français). De notre coté, nous sommes toujours autant attachés à faire partager notre passion de…
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Assembler un génome sur un Raspberry Pi
Assembler un génome est une tâche fastidieuse et surtout très coûteuse. Pour un génome de 100 Mbp (Million de paires de bases), Velvet ou SOAPdenovo utilisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je voudrais partager avec vous une idée complètement farfelue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et…
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Autumn Leaves
L'automne est déjà bien installé… Les feuilles rougissent comme nos joues au vent froid du matin. Mais nos doigts de bioinformaticiens continuent de pianoter sur nos claviers afin de vous livrer de nouveaux articles. Nous arrivons maintenant à garder le rythme d'un article par semaine, nous espérons que cela vous convient. Si vous avez des…
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J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques
Ce mois-ci, j'ai lu pour vous "Bioinfomatique, Cours et cas pratique," un ouvrage de Gilbert Deléage et Manolo Gouy, paru en 2013 aux éditions Dunod. Il s'agit d'un livre à destination des étudiants en licence et master qui souhaitent découvrir la bioinformatique des protéines du point de vue du biologiste. C'est donc un ouvrage très…
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J'ai lu : Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire
La phylogénie n'était pas ma matière préférée lors de mon master de bioinformatique, mais j'ai depuis pris le temps de m'y intéresser et je dois avouer que c'est un domaine passionnant. Le livre que je vous présente aujourd'hui est intitulé "Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire," écrit par Guy Perrière et Céline Brochier-Armanet, publié dans…