Auteur/autrice : Jsobel

Jsobel

Doctorant à l’école polytechnique de Lausanne (EPFL) dans le laboratoire de biologie computationnelle des systèmes. Je travaille sur le rythme circadien dans le foie de souris en utilisant des données de séquençage de nouvelle génération (CHiP-seq, RNA-seq, etc). J’aime la bioinformatique, les arts martiaux et la guitare.

Ses publications :

  • Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

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    Jsobel
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    Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

    Twit­ter est un réseau social incon­tour­nable. Son prin­cipe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "fol­lo­wers", des mes­sages ou "tweets" de 140 cha­rac­tères maxi­mum. Il est sur­tout uti­li­sé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twit­ter gagne peu à peu l'Europe.  De nom­breux scien­ti­fiques, chefs de labos, doc­to­rants et même des ins­ti­tu­tions informent par ce biais. En créant…

  • La bière décodée dans un Hackuarium

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    Jsobel
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    La bière décodée dans un Hackuarium

    Vous aimez la bière et la science ? Vous vou­lez connaître la com­po­si­tion de votre mousse favo­rite ? Vous avez envie de goû­ter de nou­velles bières proches de celles que vous connais­sez, ou com­plè­te­ment dif­fé­rentes ? Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bio­in­for­ma­tique dans les labo­ra­toires citoyens. Aujourd'hui, un pro­jet sym­pa­thique…

  • L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

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    Jsobel
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    L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du fac­teur…

  • Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

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    Jsobel
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    Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

    Y a‑t-il une place pour la bioinformatique dans les structures du type « Do it yourself biology », « Bio-hackers spaces » et autres FabLabs ? Avant de répondre à cette ques­tion, quelques pré­ci­sions sur ces espaces col­la­bo­ra­tifs sont néces­saires. Il s’agit de curieux et de pas­sion­nés qui se retrouvent dans des caves… ou des labo­ra­toires pour éla­bo­rer des pro­jets…

  • RSG Suisse

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    Jsobel
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    RSG Suisse

    Créa­tion du groupe régio­nal Suisse des étu­diants (SC-RSG Swit­zer­land) appar­te­nant à la socié­té inter­na­tio­nale de bio­lo­gie com­pu­ta­tion­nelle (ISCB) Bon­jour à tous, Par la pré­sente,  je vous annonce la créa­tion du groupe régio­nal Suisse du conseil des étu­diants appar­te­nant à la socié­té inter­na­tio­nale de bio­lo­gie com­pu­ta­tion­nelle. La Bio­in­for­ma­tique est lar­ge­ment implan­tée en Suisse grâce à l’institut…

  • Suivez le guide : en quête de HMM

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    Jsobel
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    Suivez le guide : en quête de HMM

    Bases Théoriques : Une chaîne de Mar­kov , ça vous dit quelque chose ? Une classe de modèles de Mar­kov, appe­lée Modèle de Mar­kov Caché (Hid­den Mar­kov Model, HMM), est un modèle mathé­ma­tique per­met­tant de seg­men­ter un signal obser­vé en régions (états cachés) défi­nis par le modèle. Lequel est com­po­sé de quatre élé­ments : N états, une matrice d’émissions, des condi­tions…