Travis Jon Allison (CC-by-NC-SA)
Après la réunion de rentrée de tous les contributeurs du blog, nous avons décidé d’étendre la rubrique « Journal Club » . Ainsi, il est désormais non seulement possible mais aussi fortement recommandé de proposer des billets discutant d’un article en particulier. Nous inaugurons cette extension avec un sujet passionnant : la détection de facteurs de transcription. Bonne lecture 
Ce billet résume un article de revue rédigé sous forme de tutoriel et publié récemment en tant que protocole dans Gene Regulatory Networks : « How do you find transcription factors? Computational approaches to compile and annotate repertoires of regulators for any genome » . Le choix de cet article a été motivé par sa forme originale. Il s’agit d’un article à visée clairement pédagogique qui explique point par point comment procéder. Ce billet n’en est qu’un condensé. Je vous invite à lire l’article original si cette mise en bouche vous a plu.
Plus spécifiquement, cet article vous propose un protocole permettant de créer un répertoire de facteurs de transcription pour un génome donné (Eucaryote ou Procaryote). Le but d’une telle étude est de mettre en avant l’existence de facteurs qui n’auraient pas encore été identifiés en se basant sur la recherche de gènes ayant des domaines communs avec les familles de facteurs de transcriptions déjà connus.
