But : Dans un fichier organisé en colonnes, nous allons extraire les lignes contenant un mot (donné en argument) dans une colonne fixée à l’avance (1ère colonne).
Prérequis : Connaître un peu le shell (pour l’exercice).
Difficulté : 2/5 (Facile)
Exercice : Pour agrémenter la note, on extraira dans quatre fichiers distincts les lignes contenant les quatre mots les plus représentés du fichier PDB ci-dessous (un mot, un fichier). On pourra nommer les fichiers sous la forme « mot.txt ».
But : Dans un fichier organisé en colonne, extraire la (ou les) colonne(s) qui nous intéressent
Prérequis : Savoir utiliser grep est un plus.
Difficulté : 1/5 (Facile)
Nous souhaitons dans le fichier PDB 6CSC extraire la première et la quatrième colonne des lignes débutant par le mot clef « ATOM »
Préparation des données :
La première chose à faire est d’extraire les lignes contenant avec mot clef « ATOM », pour cela nous allons utiliser grep . L’utilisation la plus simple de cet utilitaire demande deux arguments qui sont la chaîne recherchée et le fichier à fouiller.
[bioinfouser@machine ~] grep "ATOM " 6CSC.pdb |