Monter un serveur de test pour des besoins d’analyses en bioinformatique

Dans cet article je vais vous parler d’une facette un peu moins connue de la bioinformatique en vous présentant comment il est possible, à l’heure actuelle, d’assembler un serveur d’analyse bioinformatique avec un budget serré. Il ne s’agit pas d’une étude de marché très poussée mais d’un simple exemple du matériel qu’il est possible d’utiliser pour réaliser un serveur de développement performant. En tant que bioinformaticien, il est important de savoir comment fonctionne une machine, monter soi-même un serveur est un très bon moyen de se familiariser avec le matériel que l’on utilise quotidiennement. De plus, cela n’a rien de bien compliqué et permet de réaliser des économies assez conséquentes comparé à l’achat d’un système pré-monté. Dans un premier temps, et c’est sans doute la règle de base dans ce type de démarche, il est important de faire un état des lieux et de se poser les bonnes questions pour estimer les besoins réels avant de se lancer dans un achat compulsif. Ça peut paraître idiot mais combien de labos, après avoir reçu une bourse, se sont empressés d’acheter la toute dernière machine à PCR-électrophorèse- café pour finalement ne jamais s’en servir? C’est bientôt la fin de l’année budgétaire, il reste quelques fonds pour acheter du matériel et améliorer l’infrastructure, faisons preuve de bon sens et investissons dans quelque chose d’utile : du matos informatique ! ;)

ChrisDag (CC-by-SA 2.0)

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Tester un système d’exploitation Unix

Un biologiste de passage sur bioinfo-fr.net pourra se demander comment tester un système d’exploitation libre tel qu’Ubuntu, sachant qu’il a toujours travaillé sous Windows©. Dans cet article, je donne quelques possibilités permettant d’essayer gratuitement ces systèmes d’exploitations, et ce sans chambouler son ordinateur et ses données… Les explications sont accessibles à tous, mais s’adressent avant tout à des biologistes s’orientant vers la bio-informatique, qui ne possèdent pas des connaissances très étendues sur le sujet.

Tux

Tux, la mascotte de Linux.

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La modélisation moléculaire

La modélisation moléculaire est un ensemble de méthodes permettant d’expliquer comment fonctionne le vivant. En effet, le vivant est une succession d’interactions entre différentes molécules : protéines, ADN, ARN, membranes, etc. Ces molécules interagissent les unes par rapport aux autres en fonction de plusieurs paramètres : leurs formes, leurs propriétés chimiques et leur environnement. La modélisation moléculaire permet de prédire la structure de certaines molécules ainsi que leurs interactions les unes avec les autres.

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Bien commencer en bioinformatique

« Je n’y connais rien en informatique », « C’est trop compliqué pour moi » ou « Je ne sais pas par où commencer » sont des phrases qui nous servent souvent d’excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j’ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l’échéance avant de sauter, ne sachant comment m’y prendre ou voulant commencer directement par des choses trop complexes.

Cet article est donc là pour vous aider à vous lancer, trouver par où commencer et vous donner des indications sur ce que vous pourriez arriver à faire en assez peu de temps.

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À la découverte de BioMart !

Dans le cadre de mon travail, j’ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart .

Logo de BioMart. Image du domaine public

Logo de BioMart. Image du domaine public

Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l’interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j’avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De façon simpliste, on peut définir BioMart comme un programme que l’on peut trouver sur certaines banques sous la forme d’un service web. En cherchant davantage, surprise : cette application peut être utilisée aussi bien pour créer sa propre base de données (étant données les spécifications de l’interface) que pour interroger à distance d’autres banques au travers d’une API fournie.

Bien qu’il existe deux API, l’une faite en Java, l’autre faite en Perl, je me suis basée sur l’API BioMart-Perl, pour des raisons d’architecture de mon lieu de travail, mais également en raison de mon manque d’expérience actuel en Java. Je vous présenterai donc plus spécifiquement BioMart-Perl au travers de quelques exemples pour la suite de ce billet.

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Edito : Retour sur le mois d’avril

Bonjour à toutes et tous :)

Vous êtes toujours nombreux à nous visiter et nous vous en remercions ! Même si l’arrivée de nouveaux visiteurs a quelque peu baissé pendant le mois d’avril, le nombre de ceux qui reviennent sur le site a augmenté : nous avons donc des aficionados fidèles. Firefox et Chrome continuent à se partager pratiquement le gâteau navigateur, comptabilisant 56% et 33% des technologies, respectivement. La nouveauté est ce mois-ci du côté des appareils mobiles : on a eu quelques visites en provenance de smartphones et tablettes. Vous venez le plus souvent sur la page d’accueil pour vous diriger ensuite vers quelques-uns des articles les plus visités : GPGPU, le « supercalculateur » du pauvre , Présentation du Master Bioinformatique de Bordeaux , Alignements multiples : Calculer la conservation et Revue de presse : Le printemps, les oiseaux et … la biblio . Enfin, en termes de brassage, vous êtes toujours aussi nombreux à venir de la France, la Suisse, l’Allemagne, le Canada mais désormais, nous avons des curieux du Japon, de l’Ukraine et de l’Algérie. Bienvenue !

Le mois d’avril a été un peu mouvementé pour nous tous. Ce n’est pas dû aux quantités astronomiques de chocolat ingérées lesquelles, au contraire, ont grandement contribué à notre excellente humeur. Nous sommes tout jeunes en terme de présence sur la Toile, mais nous avons été contactés par la société Vidéoimage / France 5 nous demandant la permission de nous inclure dans son émission « L’emploi sur le Net ». Eh bien, c’est chose faite : le flash a été diffusé le 17 avril, voici l’ enregistrement .

Bioinfo-fr.net participe à "L'emploi sur le net" de France 5 (capture d'écran)

Bioinfo-fr.net participe à "L'emploi sur le net" de France 5 (capture d'écran)

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Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

La métagénomique ? késako ?

 Depuis quelques années, la métagénomique semble s’installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme « métagénomique », on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l’ensemble des génomes issus d’un même milieu ainsi que les interactions entre ces génomes. Par exemple, on peut prélever un échantillon de sol ou d’eau de mer et regarder d’un seul coup tous les micro-organismes vivant dans ce milieu. Or, comme une très grande proportion des micro-organismes n’est pas cultivable en milieu contrôlé (plus de 99,9% dans l’eau de mer¹), la métagénomique va consister à tout séquencer directement, sans passer par une phase de culture ou de différenciation des espèces pré-séquençage.

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