Étiquette : GenBank

  • Bioconvert — simplifier les conversions de formats

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    par

    Nico M.
    dans

    Bioconvert Qui n'a jamais eu à conver­tir un fichier de don­nées bio­lo­giques dans un autre for­mat ? Il y a bien sur le clas­sique fastq vers fas­ta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un conver­tis­seur "mai­son", pas for­cé­ment opti­mal. D'autres for­mats sont par­fois plus pro­blé­ma­tiques, par exemple la conver­sion vers et depuis GFF2/​GFF3. De ces dif­fé­rents…

  • Automatiser la récupération de données biologiques

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    par

    Fabrice Jossinet
    dans
    Automatiser la récupération de données biologiques

    Qui dit bio­in­for­ma­tique, dit récu­pé­ra­tion et mani­pu­la­tion des don­nées. Ces don­nées peuvent être géné­rées à par­tir d'algorithmes ou bien récu­pé­rées depuis des bases de don­nées bio­lo­giques. Aujourd'hui, le nombre de ces bases de don­nées est en constante aug­men­ta­tion. Chaque méca­nisme bio­lo­gique, famille molé­cu­laire ou orga­nisme est asso­cié à un ou plu­sieurs de ces dépôts de don­nées. Si un…

  • Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch Entrez

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    par

    NiGoPol
    dans

    Pré­re­quis : Savoir 'un peu' se ser­vir d'un shell et avoir ins­tal­lé Python et son module Bio. But : Redé­cou­per des mul­ti-gen­bank ou des mul­ti-FAS­TA en un fichier par entrée. Dif­fi­cul­té : 2/​5 (Facile) Prin­cipe : Le NCBI pro­pose un outil très pra­tique pour récu­pé­rer faci­le­ment des jeux de don­nées diver­si­fiés : Bat­chEn­trez, vous trou­ve­rez plus d'information ici. On télé­charge ain­si un…

  • Récupérez facilement des données hébergées par le NCBI : BatchEntrez

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    par

    NiGoPol
    dans
    Récupérez facilement des données hébergées par le NCBI : BatchEntrez

    But : Les bases de don­nées du NCBI abritent de très nom­breuses infor­ma­tions : génomes, pro­téines, réfé­rences biblio­gra­phiques, etc. Si vous sou­hai­tez récu­pé­rer l'une d'entre-elles, une recherche sur le site est la solu­tion la plus simple, mais si vous avez besoin de récu­pé­rer de nom­breuses don­nées dans un des for­mats pro­po­sés, alors le NCBI a mis l'outil…

  • Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

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    par

    Aurélien C.
    dans

    Bon­jour, et bien­ve­nu dans mon pre­mier article concer­nant mon script Perl Blast2Gb​.pl. Ce der­nier illustre par­fai­te­ment ce qu'on peut faire faci­le­ment et rapi­de­ment avec un script Perl : du trai­te­ment de texte. Cet outil per­met de faci­li­ter la vie et de trans­for­mer une tâche labo­rieuse en un trai­te­ment rapide et effi­cace. En effet, qui ne s'est…