Étiquette : optimisation

  • Eh toi ! rev_​comp, tu l'écris comment ?

    Eh toi ! rev_​comp, tu l'écris comment ?

    Écrire un algo­rithme de rev_​comp ou com­plé­ment inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est deve­nu un clas­sique des cours d'algorithmique en étude de bio­in­for­ma­tique, c'est un algo­rithme simple mais qui demande de savoir uti­li­ser les struc­tures de contrôle de base. À la fois un bon exer­cice pra­tique et péda­go­gique, doit-il cepen­dant res­ter implé­men­té comme…

  • Assembler un génome sur un Raspberry Pi

    Assembler un génome sur un Raspberry Pi

    Assem­bler un génome est une tâche fas­ti­dieuse et sur­tout très coû­teuse. Pour un génome de 100 Mbp (Mil­lion de paires de bases), Vel­vet ou SOAP­de­no­vo uti­lisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je vou­drais par­ta­ger avec vous une idée com­plè­te­ment far­fe­lue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et…