Étiquette : réseau métabolique

  • Représenter le métabolisme — les réseaux métaboliques

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    par

    Bunny
    dans
    Représenter le métabolisme — les réseaux métaboliques

    *grosse voix très sérieuse* Atten­tion ! L'article qui suit est le pre­mier d'une série d'articles sur la repré­sen­ta­tion du méta­bo­lisme sous forme de réseaux et leur ana­lyse.   Il existe, en bio­in­for­ma­tique, plu­sieurs caté­go­ries de modèles pour décrire le méta­bo­lisme. Tout d’abord, les modèles pour l’ana­lyse struc­tu­relle du méta­bo­lisme. Cette caté­go­rie regroupe prin­ci­pa­le­ment les modèles repo­sant sur…

  • Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule

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    par

    Bunny
    dans
    Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule

    "I thought there couldn't be any­thing as com­pli­ca­ted as the uni­verse, until I star­ted rea­ding about the cell.“ (Sys­tems Bio­lo­gist Eric de Sil­va ‑astro­phy­si­cist by training‑, Impe­rial Col­lege Lon­don.) Avec l'arrivée des tech­no­lo­gies de séquen­çage à haut débit (NGS pour les intimes), de plus en plus de génomes com­plets sont dis­po­nibles dans les banques de don­nées…

  • Les identifiants : a (name)space oddity

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Les identifiants : a (name)space oddity

    Sur Bioin​fo​-fr​.net, nous avons plu­sieurs fois par­lé des bases de don­nées bio­lo­giques. Que ce soit du point de vue de la ges­tion, de l'exploitation ou même du sto­ckage phy­sique. J'aimerai reve­nir aujourd'hui sur un sou­ci qui se pré­sente sou­vent lors de l'exploitation de plu­sieurs bases de don­nées : les iden­ti­fiants. Un objet bio­lo­gique dans une base…

  • La complétion de réseaux métaboliques

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    par

    Sylvain P.
    dans
    La complétion de réseaux métaboliques

    Il y a quelques temps, sur ce blog, j'ai publié un article qui par­lait de la recons­truc­tion auto­ma­tique de réseaux méta­bo­liques à par­tir d'un génome anno­té. Dans cet article je vous ai pro­mis de conti­nuer à par­ler de ce sujet, notam­ment pour voir com­ment l'on pou­vait amé­lio­rer la qua­li­té d'un réseau méta­bo­lique frai­che­ment créé. Pour…

  • Reconstruction automatique de réseaux métaboliques

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    par

    Sylvain P.
    dans
    Reconstruction automatique de réseaux métaboliques

    Le nombre de génomes séquen­cés croît aujourd'hui expo­nen­tiel­le­ment. Il est pro­bable que d'ici peu de temps cha­cun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poi­gnée de dol­lars en quelques jours seule­ment. On peut d'ailleurs se réfé­rer à ce récent débat vidéo, dans lequel inter­vient notam­ment le pro­fes­seur Denis Duboule (géné­ti­cien…