Étiquette : shell

  • Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique

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    par

    bebatut
    dans ,

    Avec l’augmentation de la capa­ci­té des ordi­na­teurs et de la qua­li­té des algo­rithmes, l’informatique prend une place de plus en plus impor­tante dans la vie de tous les jours, mais aus­si dans la recherche. Cela est ren­du aus­si pos­sible grâce à la pro­gram­ma­tion et aux amé­lio­ra­tions des lan­guages, des outils et des pra­tiques. Les déve­lop­peurs sont…

  • Introduction à la ligne de commande

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    par

    I. Stévant
    dans
    Introduction à la ligne de commande

    Lan­gage : Shell Niveau : Grand débu­tant Ce tuto­riel n'a ori­gi­nel­le­ment pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bio­in­for­ma­ti­ciens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se fami­lia­ri­ser avec la ligne de com­mande et sera sûre­ment très…

  • Analyses rapides de fichiers

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    par

    Nolwenn
    dans
    Analyses rapides de fichiers

    Lan­gage : shell, sous GNU/​Linux Com­mandes pré­sen­tées : wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débu­tant Dans le cadre de notre tra­vail, nous sommes sou­vent ame­nés à mani­pu­ler de nom­breux fichiers conte­nant des mil­liers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons sou­vent ten­dance à virer à la para­noïa et à vou­loir…

  • Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

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    par

    Nolwenn
    dans ,
    Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

    Lan­gage : shell Com­mande pré­sen­tée : join Niveau : débu­tant Présentation de la commande join La com­mande join est dis­po­nible nati­ve­ment sur les sys­tèmes d'exploitation GNU/​Linux. Il s'agit d'une com­mande POSIX et elle est donc pré­sente sur tous les sys­tèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plu­part des gens uti­lisent cette com­mande pour récu­pé­rer les lignes com­munes entre deux…

  • Chercher des motifs dans un fichier

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    par

    Nolwenn
    dans
    Chercher des motifs dans un fichier

    Lan­gage : shell Com­mandes pré­sen­tées : grep, split (suc­cin­te­ment) Niveau : débu­tant Présentation de la commande grep La com­mande grep est dis­po­nible nati­ve­ment sur la plu­part des sys­tèmes d'exploitation GNU/​Linux. La plu­part des uti­li­sa­teurs uti­lisent cette com­mande pour recher­cher un mot ou un groupe de mots, que nous appel­le­rons motif (pat­tern en anglais), dans un fichier texte. Cepen­dant…

  • Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

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    par

    Nolwenn
    dans
    Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    But : com­prendre le fonc­tion­ne­ment de getopt en Bash pour évi­ter la mul­ti­pli­ca­tions de script là où un seul géné­rique pour­rait suf­fire. Pré­re­quis : savoir faire des scripts Bash, connaître la sub­sti­tu­tion de com­mande et savoir mani­pu­ler les argu­ments. Dif­fi­cul­té : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connais­sez déjà sûre­ment le module GetOpt et plus…