Étiquette : Structure de données

  • Assembler un génome sur un Raspberry Pi

    Assembler un génome sur un Raspberry Pi

    Assem­bler un génome est une tâche fas­ti­dieuse et sur­tout très coû­teuse. Pour un génome de 100 Mbp (Mil­lion de paires de bases), Vel­vet ou SOAP­de­no­vo uti­lisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je vou­drais par­ta­ger avec vous une idée com­plè­te­ment far­fe­lue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et…

  • Filtre de Bloom

    Filtre de Bloom

    Comme vous le savez sans doute, la géno­mique tend à géné­rer de plus en plus de don­nées grâce à une forte réduc­tion des coûts (cf gra­phique ci des­sous). Depuis peu de temps, la géné­ra­tion des don­nées n’est plus for­ce­ment le point limi­tant d’une étude, mais c’est l’analyse des don­nées qui devient vrai­ment longue et coû­teuse.…