Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

But : comprendre le fonctionnement de getopt en Bash pour éviter la multiplications de script là où un seul générique pourrait suffire.

Prérequis : savoir faire des scripts Bash, connaître la substitution de commande et savoir manipuler les arguments.

Difficulté : 2 (moyen)

Pour ceux qui codent en Perl , vous connaissez déjà sûrement le module GetOpt et plus particulièrement son extension GetOpt::Long (ou encore le module getopt du langage Python ). Mais pour ceux qui souhaitent juste faire un script qui enchaine les grep et les cut pour pouvoir compter le nombre d’occurence d’une clé en fonction de certains critères, il peut être utile de pouvoir le faire uniquement en Bash plutôt que de se lancer dans un script Perl de plus. Dans cet article, je me propose donc de vous présenter la commande getopt illustrée d’un exemple simple.

Script bash en cours d'édition sous VIM

Script bash en cours d’édition sous VIM (auteur : Nolwenn) | Licence Art Libre

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Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

Librement traduit, complété et adapté de l’article “ How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics ” par Stephen Turner. Stephen est « assistant professor » (c’est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du  bioinformatics core  de l’Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research .

Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait au courant de ce qu’il se passait dans son domaine, il a décidé de partager sa stratégie sur son blog. Avec une immensité de sources à disposition, la difficulté n’est pas vraiment de trouver ce qui est intéressant, mais plutôt de filtrer ce qui ne l’est pas. Ce que vous ne lisez pas est aussi important (voire plus) que ce que vous lisez. Donc avec des outils comme les flux RSS, Twitter, et surtout les emails, il est essentiel d’abandonner les sources dont le contenu n’est ni pertinent ni intéressant. Voici une façon d’organiser votre veille, libre à vous de vous en inspirer et de l’adapter. N’hésitez pas à laisser des commentaires avec ce que vous lisez et trouveriez utiles et qui ont été oublié ici.

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Command line Tips : passage de variable dans awk

But : Dans un fichier organisé en colonnes, nous allons extraire les lignes contenant un mot (donné en argument) dans une colonne fixée à l’avance (1ère colonne).

Prérequis : Connaître un peu le shell (pour l’exercice).

Difficulté : 2/5 (Facile)

Exercice : Pour agrémenter la note, on extraira dans quatre fichiers distincts les lignes contenant les quatre mots les plus représentés du fichier PDB ci-dessous (un mot, un fichier). On pourra nommer les fichiers sous la forme « mot.txt ».

PDB 6CSC

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SQL Tips : Créer une table avec le résultat d’une requête

But : Notre but dans cette exemple est de pouvoir travailler sur une copie des lignes ayant une longueur comprisent entre 10 et 400. Mais cette astuce peux aussi être utilisée pour : Créer un clone d’une table, figer les données à un instant donné, travailler sur un sous ensemble de données, simplifier un ordre sql, etc.

Prérequis : Savoir afficher le(s) champs d’une table correspondant aux valeurs choisies (clause WHERE).

Difficulté : 1 (Facile)

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