Auteur/autrice : Nolwenn

Nolwenn

Issue d'une licence de biologie cellulaire et physiopathologie et d'un master de bioinformatique, je m'intéresse tout particulièrement au monde de la recherche et au domaine de la santé. J'ai travaillé dans l'unité 946 de l'INSERM, dirigée par Florence Demenais, où mon travail principal a été l'étude et la recherche de bases de données et d'outils d'intérêt majeur pour l'axe de recherche dans lequel j'étais impliquée. J'ai aussi travaillé à l'Institut Pasteur où j'ai été recrutée en tant qu'ingénieure bioinformaticienne dans le cadre du LabEx Milieu Intérieur et où ma mission principale a été de mettre en place une base de données pour la gestion de nos échantillons biologiques. Mes centres d'intérêt en bioinformatique sont : la mise en application de méthodes dans les domaines de la génomique, de la protéomique et les interactions gène-gène protéine-protéine pouvant nous apporter des informations sur leurs influences dans les maladies. Je travaille actuellement au service informatique de l'IBENS où j'ai été recrutée en qualité de développeuse d'applications !

Ses publications :

  • Jouer avec l'API de KEGG

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    Nolwenn
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    Jouer avec l'API de KEGG

    Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récu­pé­rer des infor­ma­tions de la base de don­nées KEGG (Kyo­to Ency­clo­pe­dia of Genes and Genomes). Cette base de don­nées four­nit un nombre consé­quent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais éga­le­ment sur les voies méta­bo­liques ou les mala­dies. Dans ces cas…

  • Team Pétanque !

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    par

    Nolwenn
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    Team Pétanque !

    L'été est enfin là et bien là, du coup nous allons en pro­fi­ter pour faire notre pause annuelle de publi­ca­tions. Nous vous avons pro­duit tout un tas d'articles que vous pour­rez lire et re-lire sur la plage entre deux Galas, même si, disons-le tout de suite, Bioin­fo-Fr est plus cool à consul­ter 🙂 ! Vous…

  • L'équipe va se dorer la pilule !

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    Nolwenn
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    L'équipe va se dorer la pilule !

    Ça y est, nous y sommes ! La fin de l'été s'annonce, nous sommes de moins en moins nom­breux dans les bureaux, c'est l'heure de par­tir sur les plages, ou en mon­tagne, ou dans une contrée vir­tuelle. Bref, vous l'aurez com­pris, le blog se met en pause pour le mois d'Août 🙂 ! Mais ne vous…

  • Python, dessine-moi un graphe

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    par

    Nolwenn
    dans
    Python, dessine-moi un graphe

    Der­rière ce titre énig­ma­tique, qui n'aura pas été sans vous rap­pe­ler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exu­pé­ry, se cache un module pour Python qui dira sûre­ment quelque chose à nos lec­teurs assi­dus spé­cia­li­sés dans les graphes : pygra­ph­viz ! Ce module a été créé autour de Gra­ph­Viz et vous per­met ain­si de faire…

  • JOBIM2015, c'est reparti !

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    Nolwenn
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    L'année der­nière l'ECCB incluait les JOBIM, « sou­la­geant » les fran­çais assis­tant à ces deux confé­rences d'un dépla­ce­ment et de frais en plus. Cette année, nous repre­nons nos bonnes vieilles habi­tudes ! Les Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques ouvri­ront leurs portes à Cler­mont-Fer­rand du Lun­di 6 Juillet, au Jeu­di 9 Juillet. Comme à notre habi­tude, nous…

  • Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

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    Nolwenn
    dans ,
    Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

    Dans cet article, je vous pré­sen­te­rai un nou­veau site qui peut être inté­res­sant aus­si bien pour les étu­diants que pour les ensei­gnants, voire éga­le­ment pour les bio­in­for­ma­ti­ciens déjà en fonc­tion. Ici je ne vous noie­rai pas sous les lignes de code, mais je vous décri­rai ce que le por­tail GOBLET vous pro­pose en terme d'exercice.…

  • Watson, un système expert en diagnostic

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    Nolwenn
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    Watson, un système expert en diagnostic

    Le 11 Février 2013, le maga­zine Numé­ra­ma annon­çait un par­te­na­riat com­mer­cial signé aux États-Unis par l'entreprise infor­ma­tique IBM. Cet article pré­sente tout par­ti­cu­liè­re­ment le sys­tème expert Wat­son dont nous vous avions fait une brève des­crip­tion lors de notre compte-ren­du sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me pro­pose de vous pré­sen­ter rapi­de­ment Wat­son et les…

  • Parser des fichiers HTML en Python

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    Nolwenn
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    Parser des fichiers HTML en Python

    Lan­gage : Python Biblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment) Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents…

  • Bioservices, un module Python très utile

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    par

    Nolwenn
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    Bioservices, un module Python très utile

    Dans notre domaine si vaste, il existe de nom­breuses bases de don­nées (cf. Bases de don­nées, notions par nahoy), et par­mi ces bases, un cer­tain nombre d'entre elles pro­pose un ser­vice web pour accé­der à leurs don­nées à par­tir d'un script. Le pro­blème prin­ci­pal qui peut nous frei­ner, ou nous faire peur, lorsque l'on se…