Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons pro­mis une nou­velle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois der­nier, j'ai lu pour vous "Bio-infor­ma­tique — Prin­cipes d'utilisation des outils" dont voi­ci la revue.

Bioinformatique

Principes d'utilisation des outils

Ouvrage coor­don­né par Denis Tagu et Jean-Loup Ris­ler, publié en 2010 aux édi­tions Quæ dans la col­lec­tion Savoir faire.

Sujet

Tout est dans le titre mais je laisse néan­moins la parole aux édi­tions Quæ : "Com­prendre les outils infor­ma­tiques à dis­po­si­tion ain­si que leurs prin­cipes de fonc­tion­ne­ment afin de choi­sir celui qui est le plus appro­prié au besoin ponc­tuel du bio­lo­giste." © Édi­tions Quæ.

Résumé

La bio-infor­ma­tique, ou plus pré­ci­sé­ment la connais­sance et l'usage des outils de bio-infor­ma­tique, devient une com­pé­tence néces­saire aux bio­lo­gistes. En effet, explo­rer des bases de don­nées, récu­pé­rer des infor­ma­tions et les ana­ly­ser sont des tâches quo­ti­diennes au sein des labo­ra­toires qui s'intéressent, même de loin, à la géno­mique et ses déri­vées.

À tra­vers 58 fiches, cet ouvrage passe en revue les banques de don­nées bio­lo­giques, les outils d'ali­gne­ment de séquences, de recons­truc­tion phy­lo­gé­né­tique, d'anno­ta­tion et de com­pa­rai­son des génomes et enfin d'analyse du trans­crip­tome.

Public visé

"Ce livre a été conçu pour des bio­lo­gistes, quel que soit leur niveau de connais­sance en géno­mique, qui tra­vaillent sur des pro­jets de bio­lo­gie molé­cu­laire, de géno­mique ou de géné­tique." © Édi­tions Quæ.

J'ajoute que ce livre est très acces­sible à des infor­ma­ti­ciens qui se sont tour­nés vers la bio­lo­gie tar­di­ve­ment, ce qui est mon cas. Les sujets abor­dés font tou­jours l'objet d'une intro­duc­tion avant de plon­ger dans les détails, ce qui per­met de com­prendre les objec­tifs et donc l'utilisation des outils.

Revue

J'ai été agréa­ble­ment sur­pris par ce livre. Tout d'abord par son for­mat 16 x 24 cm, cou­ver­ture souple. Je m'attendais à un plus gros volume avec cou­ver­ture car­ton­née, je ne sais pas pour­quoi. Ensuite car il se lit bien. D'une part grâce à l'organisation en fiches et en thé­ma­tiques qui per­met de cibler direc­te­ment l'information que l'on sou­haite. Et d'autre part grâce à la pré­sen­ta­tion des outils à l'aide de cap­ture d'écran, et même de lignes de com­mande, qui s'intègre bien au texte (à quelques images près) et illustre bien le fonc­tion­ne­ment des logi­ciels.

J'ai lu avec inté­rêt la par­tie ali­gne­ment de séquences puisque c'est mon dada. Sur cette par­tie, j'ai trou­vé les fiches bien construites et réel­le­ment infor­ma­tives. Je veux dire qu'il ne s'agit pas seule­ment d'une pré­sen­ta­tion des outils mais bien d'une uti­li­sa­tion des outils. C'est ce qui fait la dif­fé­rence entre pré­sen­ter un mar­teau et mon­trer com­ment enfon­cer un clou avec. J'ai par­ti­cu­liè­re­ment appré­cié les pré­ci­sions sur la e‑value retour­née par BLAST et les pré­cau­tions la concer­nant.

J'ai éga­le­ment appré­cié les par­ties du livre sur les­quelles je n'ai pas de connais­sances appro­fon­dies. Les idées s'enchaînent bien, la lec­ture est fluide et j'ai redé­cou­vert avec plai­sir des notions que j'avais abor­dé en cours… il y a déjà 6 ans.

Conclusion

Je recom­mande ce livre pour les étu­diants en bio-infor­ma­tique pour plu­sieurs rai­sons. D'abord, il est en fran­çais et donc plus facile d'accès. Ensuite, il y a beau­coup de réfé­rences qui per­mettent de com­plé­ter ses connais­sances. Mais sur­tout, les intro­duc­tions syn­thé­tisent bien les sujets abor­dés et les exemples d'utilisations peuvent com­plé­ter les cours sui­vis par les étu­diants.

Je le recom­mande éga­le­ment aux bio-infor­ma­ti­ciens qui sou­haitent appro­fon­dir ou diver­si­fier leurs connais­sances. Nous avons nos petites habi­tudes, cet ouvrage per­met de décou­vrir d'autres outils, leurs uti­li­sa­tions, leurs avan­tages et leurs incon­vé­nients.

On pour­ra regret­ter l'absence d'une par­tie sur l'assemblage des génomes qui est juste abor­dé dans l'introduction de la par­tie "Anno­ta­tion des génomes." N'oublions pas éga­le­ment que les outils évo­luent très vite en bio-infor­ma­tique. Les exemples risquent peut-être de ne plus être d'actualité dans quelques années.

Disponibilité

L'ouvrage est dis­po­nible auprès des édi­tions Quæ pour 28,40 € + 5 € de frais d'envoi à l'adresse sui­vante :

Édi­tions Quæ, c/​o Inra, RD 10, 78026 Ver­sailles cedex, France.

Sinon, vous pou­vez le com­man­der, en ver­sion reliée ou en pdf (18,50 €), direc­te­ment sur le site web des édi­tions Quæ : www​.quae​.com