J'ai lu :
J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

Couverture de "Programmation en Python pour les sciences de la vie", par P. Fuchs et P. Poulain

Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription !

Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement 275 pages de pur bonheur ! Décomposé en 22 chapitres s'imbriquant tous parfaitement les uns après les autres, il ne peut que (et doit !) devenir une référence dans l'apprentissage du langage Python, avec ou sans bio-informatique derrière. Car en effet, même si une grande partie des exemples et exercices sont axés autour de cas concrets bioinformatiques, le lecteur peut aisément s'en sortir sans grosses connaissances en bioinfo. Cela reste de l'introduction au domaine pour environ 80% des exercices.

Mais attention : celles et ceux qui souhaiteraient aller dans le dur de la bioinfo ne seront pas délaissés car il y a aussi de quoi faire avec une série de mini-projets vraiment sympathiques.
Le niveau minimum recommandé est celui d'un étudiant de licence 3, mais pour avoir vu de près les nouveaux programmes de lycée, on peut affirmer que ce bouquin peut être utilisé dès la classe de première pour les lycéens ayant choisi des options avec une introduction à la programmation.

Globalement, c'est vraiment un sans faute et on retrouve dans l'ouvrage tout ce dont il faut parler sur Python : variables, fonctions, classes, objets, tests… et même un chapitre entier sur les bonnes pratiques de programmation en Python !
De plus, les auteurs n'ont pas été avares en petits liens web et astuces sympathiques. On ne peut qu'apprécier tout cela !
Si vraiment on voulait chercher la petite bête on pourrait regretter l'absence d'un chapitre consacré à la présentation d'un environnement de développement (IDE) et à l'introduction aux environnements virtuels. Ils sont en effet (trop) rapidement évoqués au tout début, mais clairement on chipote.

Vous l'aurez compris, on ne peut que conseiller cet ouvrage, en français, pour toute personne voulant se lancer dans la programmation Python et pour tous les étudiants en bioinformatique.
D'ailleurs, pour citer les deux auteurs :
"Nous espérons que vous aurez autant de plaisir à apprendre Python que nous en avons à l'enseigner, tous les ans, avec la même ardeur !"
Et bien oui messieurs le plaisir est bel et bien au rendez-vous !

Vous le retrouverez normalement dans toutes les bonnes librairies ou sur le site de l'éditeur au prix de 29euros.
En tout cas, il est maintenant lu et approuvé par le Geekus biologicus que je suis !
Et enfin, la cerise sur le gâteau :  afin de promouvoir le partage des connaissances et le logiciel libre Pierre et Patrick ont décidé de faire don des droits d'auteurs provenant de la vente de cet ouvrage à Wikimédia France et NumFOCUS. La classe jusqu'à la dernière page. Encore bravo messieurs.

Un gros merci à mes relecteurs : Gwenaëlle, Plopp, Léopold et Nolwenn.

  • À propos de
  • Je suis issu d'une licence de Biologie des Organismes et du Master de Bioinformatique de Bordeaux (Promo 2011). J'ai été bioinformaticien à l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) pendant 4 ans. Tout d'abord dans le laboratoire Trono puis dans le laboratoire Duboule, je fus ensuite rattaché à la plateforme de bioinformatique et de biostatistiques de l’EPFL (BBCF) où j'ai développé BioRepo, un LIMS (Laboratory Information Management System) pour les données issues de HTS. Depuis début 2015, je suis en poste en tant que Bioinformaticien/Software developer au sein de l’Institut de Recherche Technologique BIOASTER à Lyon. Enfin, j'ai l'honneur et la fierté d'être un des fondateurs/administrateurs de bioinfo-fr.net et grand supporter des Girondins de Bordeaux.

2 commentaires sur “J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

  1. Merci pour cette présentation. Je tourne depuis longtemps autour de Python, en ayant tout de même fait quelques applications. Je vais le commander chez mon libraire.

  2. Bonjour !
    C'est quand dingue, j’étais en train de suivre un tuto sur angular sur les custom directives et dans mes tests je me suis amusé à tester l’événement keypress en tapant comme un fou sur plein de touches afin de voir des couleurs se générer aléatoirement. Puis tout d'un coup un onglet s'ouvre et votre site s'affiche !
    je pense avoir par inadvertance fait une combinaison et qui a ouvert l'un de mes sites en favoris.
    Car oui pourquoi la bio-info ? j'ai fait des études dans les biotechnologies, suit parti ensuite à l'armée, puis ai fait ma reconversion en informatique jusqu'au master avec une soutenance sur un sujet de bioinfo (analyse de données issues des MPT des protéines).
    Curieux et ravi de tomber soudainement sur ce merveilleux site, je vois alors cet article, et je pense me l'acheter très vite !!!
    j'aurai tellement aimé être bioinformaticien !
    j'aimerai beaucoup créer une application mobile utile pour la science et accessible au grand public comme certaines qui existent déjà et qui demandent de prendre en photo des plantes et à des endroits précis ou même de lancer certains capteurs du téléphone, bref.

    Merci 🙂

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