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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : cut

  • Analyses rapides de fichiers

    Analyses rapides de fichiers

    Langage : shell, sous GNU/​Linux Commandes présentées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débutant Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-​là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous…

  • Commandline Tips : Extraction du x-​ième champ d'un fichier organisé en colonne

    But : Dans un fichier organisé en colonne, extraire la (ou les) colonne(s) qui nous intéressent Prérequis : Savoir utiliser grep est un plus. Difficulté : 1/​5 (Facile) Nous souhaitons dans le fichier PDB 6CSC  extraire la première et la quatrième colonne des lignes débutant par le mot clef "ATOM" Préparation des données : La première chose à faire…