• Software Heritage : l'archive universelle des codes sources logiciels

  19 février 2025

  -

  par

  Pierre Poulain

  dans Bioinformatique, Découverte

  

  Dans cet article, je vous pro­pose de décou­vrir Soft­ware Heri­tage, l’archive uni­ver­selle dédiée à la col­lecte, la pré­ser­va­tion et le par­tage des codes sources logi­ciels. En 2021, je suis deve­nu ambas­sa­deur pour Soft­ware Heri­tage, c’est-à-dire repré­sen­tant de la com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique, dans l’infrastructure Soft­ware Heri­tage. Pourquoi archiver son code source ? Aujourd’hui, les scien­ti­fiques uti­lisent très sou­vent des […]

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• Conda et le piège de la licence Anaconda

  12 février 2025

  -

  par

  Jacques Dainat

  dans Actualité, Astuce, Bioinformatique

  

  Conda est appa­ru en 2012 et a été dis­tri­bué par Conti­nuum Ana­ly­tics, connue sous le nom d’Ana­con­da Inc depuis 2017. Conda est dis­tri­bué sous la licence MIT, l’une des licences open-source les plus per­mis­sives, per­met­tant aux uti­li­sa­teurs d’adopter, d’adapter et de par­ta­ger le logi­ciel presque sans res­tric­tions. Conda a été conçu pour gérer les envi­ron­ne­ments […]

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• ABSD : base de données d'anticorps non redondants et standardisés

  29 janvier 2025

  -

  par

  Nico M.

  dans Actualité, Bioinformatique, Découverte

  

  Les anti­corps (immu­no­glo­bu­lines) jouent un rôle cru­cial dans la réponse immu­ni­taire contre les menaces exté­rieures, telles les infec­tions virales. Une immu­no­glo­bu­line est com­po­sée de deux molé­cules en inter­ac­tion appe­lées chaîne légère et chaîne lourde : la com­bi­nai­son d’une chaîne légère et d’une chaîne lourde donne une immu­no­glo­bu­line (voir Figure 1). Bien que le nombre théo­rique d'immunoglobulines […]

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• Comment l'étude des intensités d'expression de gène a évolué avec les technologies de transcriptomique ?

  22 janvier 2025

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Découverte

  

  Cet article est en par­tie basé sur mon intro­duc­tion de thèse [0], refor­ma­tée pour conve­nir au for­mat du blog et agré­men­tée des nou­velles infor­ma­tions pour ne pas être un simple cata­logue de connais­sances. Qu'il s'agisse du génome entier, du génome de tis­sus ou du génome de cel­lules spé­ci­fiques, l'étude de la quan­ti­té de trans­crits pro­duits, […]

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• Édito : Bioinfo-fr vous souhaite la bonne année 2025

  14 janvier 2025

  -

  par

  Les admin·e·s

  dans Editorial

  

  Chers lec­teurs, chères lec­trices, la nou­velle année com­mence, et vous avez peut-être (ou pas) pris de bonnes réso­lu­tions. La nôtre est de vous offrir la meilleure pla­te­forme de com­mu­ni­ca­tion pos­sible autours de la bioin­fo. Bioin­fo-fr existe pour vous, et vie grâce à vous, et nous vous en sommes pro­fon­dé­ment recon­nais­sants. Nous essayons de vous four­nir […]

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• Les Bioinformations n°40 sont là !

  20 décembre 2024

  -

  par

  Les admin·e·s

  dans Actualité, Astuce, Bioinformatique

  

  Quelles sont les der­nières actua­li­tés des com­mu­nau­tés fran­çaises de bio­in­for­ma­tique ? Vous sau­rez tout dans ce nou­veau numé­ro des Bio­in­for­ma­tions : https://​www​.bio​in​for​ma​tions​.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une news­let­ter tri­mes­trielle créée en 2012, à l'initiative de la Socié­té Fran­çaise de Bio­in­for­ma­tique (SFBI), l'association de Jeunes Bio­in­for­ma­ti­ciens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog col­la­bo­ra­tif Bioin​fo​-fr​.net, […]

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• Chronique d'une soumission de données à GEO

  18 décembre 2024

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Bioinformatique, Didacticiel

  

  Je vais vous racon­ter étape par étape ma sou­mis­sion de don­nées de séquen­çage à la base de don­nées de géno­mique GEO (Gene Expres­sion Omni­bus) d'un pro­jet en cours de fini­tion. Sommaire GEO, Qu'est-ce que c'est ? Lorsque l'on veut publier les résul­tats d'une étude com­pre­nant du séquen­çage haut débit, nous devons publier les don­nées brutes et […]

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• Concours CRCN-CNRS 2025

  13 novembre 2024

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Actualité, Brèves

  

  Comme tous les ans, le CNRS ouvre de nou­veaux postes per­ma­nents de char­gé de recherche au concours, et comme chaque année, la com­mu­ni­ca­tion autours du concours est une vraie nébu­leuse. D'après l'INS2I (branche sciences infor­ma­tiques du CNRS), la cam­pagne 2025 devrait s'ouvrir ce 9 décembre et se clô­tu­rer le 8 jan­vier 2025 : https://​www​.ins2i​.cnrs​.fr/​f​r​/​c​n​r​s​i​n​f​o​/​c​o​n​c​o​u​r​s​-​c​h​e​r​c​h​e​u​r​s​-​2​0​2​5​-​l​i​s​t​e​-​d​e​s​-​p​o​s​t​e​s​-​a​b​o​n​d​e​s​-​p​a​r​-​c​n​r​s​-​s​c​i​e​n​c​e​s​-​i​n​f​o​r​m​a​t​i​q​ues Il s'agit […]

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