Catégorie : Astuce

  • Synchronisez vos PDF Zotero sur Android

    Synchronisez vos PDF Zotero sur Android

    Après un an d'errance, j'ai enfin réus­si à syn­chro­ni­ser ma col­lec­tion d'articles en PDF entre mon pc et ma liseuse, et sur­tout les anno­ta­tions faites depuis ma liseuse. Bon, j'avais lâché l'affaire pen­dant long­temps, mais un mes­sage de @sebgra sur notre ser­veur Dis­cord m'a fait remettre les mains dans le cam­bouis. Comme vous le savez,…

  • Organiser une conférence en ligne : trucs et astuces

    Organiser une conférence en ligne : trucs et astuces

    Orga­ni­ser une confé­rence est com­plexe. Mais orga­ni­ser une confé­rence en ligne… c'est TRÈS com­plexe. Si l'ordinateur qui dif­fuse la confé­rence plante… com­ment pré­ve­nir l'audience ? La moindre erreur tech­nique fait d'avantage peur car il devient plus dif­fi­cile de rebon­dir et d’expliquer l'issue à la 'salle'. Aujourd'hui je vous pro­pose un par­tage de toutes les stra­té­gies envi­sa­gées pour…

  • Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

    Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

    En géno­mique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons sou­vent de tra­cer des grosses matrices sous forme d'heat­map. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/​ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous uti­li­sez. Par exemples,…

  • Trouver un emploi/​une thèse en bioinformatique : quelques pistes [maj]

    Trouver un emploi/​une thèse en bioinformatique : quelques pistes [maj]

    Comme le disait Estel en 2012, trou­ver un job en bioin­fo n'est pas évident. Contrai­re­ment à cer­tains métiers qui concentrent l'entièreté des offres d'emploi de leur pays en une seule pla­te­forme, les emplois de bioin­fo sont dis­tri­buées aléa­toi­re­ment entre des dizaines de sites d'annonces plus ou moins spé­ci­fiques à la bio­in­for­ma­tique. C'est pour­quoi l'article d'Estel…

  • Customiser matplotlib (faire son matplotlibrc)

    Customiser matplotlib (faire son matplotlibrc)

    Suite à une mésa­ven­ture liée à mat­plot­lib sur le chan IRC #bioin­fo-fr (mésa­ven­ture suite aux fameuses erreurs de dis­play ; si vous vou­lez tout savoir : si on confi­gure mal son mat­plot­lib on peut géné­rer des erreurs qui font qu'on obtient des images vides… voir la par­tie sur le backend plus tard :o), j'ai par­lé de la…

  • Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

    Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

    Pour des rai­sons de repro­duc­tion de la science, il est impor­tant de conser­ver une trace de tout ce que l'on fait sur son ordi­na­teur. Pour cela, faire des rap­ports est la meilleure manière que je connaisse qui per­mette d'inclure le code et les résul­tats d'une ana­lyse. Pour faire ça bien avec R, on a déjà…

  • Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a qua­si sys­té­ma­ti­que­ment un gra­phique d'ACP pour mon­trer les don­nées. Et à chaque fois, il s'agit d'un gra­phique de base, géné­ré avec R, avec la fonc­tion plot(), des cou­leurs qui piquent les yeux et des…

  • Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    La diver­si­té des ques­tions que se posent nos amis bio­lo­gistes entraîne une diver­si­té des don­nées : géno­miques, images, etc. De plus, ces don­nées sont géné­rées à des vitesses folles. Pour mani­pu­ler les don­nées et extraire les infor­ma­tions utiles, des solu­tions et outils bio­in­for­ma­tiques sont néces­saires. De nom­breux outils existent déjà pour répondre à de nom­breuses ques­tions.…

  • S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    TL;DR La repro­duc­ti­bi­li­té, c’est la vie (dans le monde scien­ti­fique) ! Tout résul­tat doit pou­voir être repro­duit. La tech­no­lo­gie per­met de faci­li­ter la recherche de repro­duc­ti­bi­li­té. Les cahiers de labo­ra­toire papiers ne sont plus du tout adap­tés à la recherche actuelle et au besoin de repro­duc­ti­bi­li­té. Je pré­co­nise donc d’utiliser git et GitHub, de bien…