Catégorie : Astuce
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Conda et le piège de la licence Anaconda
Conda est apparu en 2012 et a été distribué par Continuum Analytics, connue sous le nom d’Anaconda Inc depuis 2017. Conda est distribué sous la licence MIT, l’une des licences open-source les plus permissives, permettant aux utilisateurs d’adopter, d’adapter et de partager le logiciel presque sans restrictions. Conda a été conçu pour gérer les environnements…
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Les Bioinformations n°40 sont là !
Quelles sont les dernières actualités des communautés françaises de bioinformatique ? Vous saurez tout dans ce nouveau numéro des Bioinformations : https://www.bioinformations.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une newsletter trimestrielle créée en 2012, à l'initiative de la Société Française de Bioinformatique (SFBI), l'association de Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog collaboratif Bioinfo-fr.net,…
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R : Convertir des Ensembl IDs en symboles de gènes
Lorsque l'on traite des données de RNA-seq, il arrive très souvent de se retrouver avec une matrice de quantification de l'expression des gènes (un tableau avec le nombre de reads par gène) dont le nom des gènes est représenté par leur identifiant (ou ID) de chez Ensembl (ex. : "ENSG00000128573") et non par leurs symboles…
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Dans l'antre des réseaux : Principes et perspectives dans la biologie
Avant d'aller plus loin sur ce billet, je souhaite préciser que je ne connais absolument pas tout sur la théorie des graphes. Ceci n'est qu'une modeste introduction, visant soit à inspirer de nouvelles idées pour de futurs articles, soit à susciter un simple "Hmmm… intéressant." chez le lecteur. Mes connaissances sont assez limitées à ce…
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R : représenter des genomic tracks avec Gviz
Si vous analysez des données d'épigénomique telles que de l'ATAC-seq ou des ChIP-seq, vous souhaitez sûrement pouvoir représenter des exemples de pics sous forme de genomic tracks comme on en voit souvent dans les publications. Lorsque l'on inspecte ses données de coverage (ou couverture), on charge généralement le fichier Bam ou le fichier BigWig dans…
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Synchronisez vos PDF Zotero sur Android
[Update 06/2024] Une application Android officielle est en Bêta Test : https://play.google.com/store/apps/details?id=org.zotero.android&hl=fr Après un an d'errance, j'ai enfin réussi à synchroniser ma collection d'articles en PDF entre mon pc et ma liseuse, et surtout les annotations faites depuis ma liseuse. Bon, j'avais lâché l'affaire pendant longtemps, mais un message de @sebgra sur notre serveur Discord m'a…
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Organiser une conférence en ligne : trucs et astuces
Organiser une conférence est complexe. Mais organiser une conférence en ligne… c'est TRÈS complexe. Si l'ordinateur qui diffuse la conférence plante… comment prévenir l'audience ? La moindre erreur technique fait d'avantage peur car il devient plus difficile de rebondir et d’expliquer l'issue à la 'salle'. Aujourd'hui je vous propose un partage de toutes les stratégies envisagées pour…
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Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R
En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous utilisez. Par exemples,…