Astuce :
Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions. Mais parfois, de nouveaux outils sont nécessaires pour répondre à une question spécifique...

Astuce :
S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien organiser ses projets et d’utiliser des cahiers de laboratoire électroniques...

Astuce :
C'est l'enfeR.

Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses innombrables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et surtout c'est le seul langage que je maîtrise un peu convenablement, alors forcément je trouve tous les autres langages nuls, en toute objectivité.
Et pourtant R est universellement reconnu comme étant un langage de programmation ésotérique...

Astuce :
Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake.
Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà tout prêt en Snakefile ?
Lisibilité du code, gestion des ressources et reproductibilité

Lorsque vous êtes sur le point de publier,  il va bien falloir expliquer aux futurs lecteurs comment vous avez obtenu les résultats...

Astuce :
Inkscape : l'outil idéal pour vos figures et posters

Je sais pas pour vous mais dans mon labo, le premier réflexe de mes collègues lorsqu'il faut faire une figure ou un poster c'est soit de dégainer la suite Ad*be, soit d'ouvrir P*werPoint. Quel est le problème me direz-vous ? Outre le fait qu'ils soient très coûteux pour le labo/l'université/l'entreprise où vous travaillez, ces outils ne sont pas forcément adaptés à l'usage que vous en faites...

Astuce :
Créer sa carte géographique avec R

Aujourd’hui je vais vous montrer comment, en utilisant R, on peut faire de belles cartes géographiques.
Et là, vous allez me demander, mais pourquoi faire des cartes géographique ? Et pourquoi avec R ?
Et bien imaginons que, vous, bioinformaticien de terrain, soyez allé échantillonner des animaux à l’autre bout du monde sur plusieurs sites, par exemple des Marsupilami (totalement au hasard !)...

Astuce :
L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. 
Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du facteur de transcription étudié sur tout le génome (genome-wide), pour comprendre la fonction biologique de ce facteur...

Astuce :
RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?

Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquençage haut débit de transcriptome, on est amené à se poser LA question, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un budget serré :
À quelle profondeur dois-je séquencer mes échantillons ?
Toutes les publications s'accordent à le dire, plus on a de réplicats, plus on a de puissance statistique pour détecter les gènes différentiellement exprimés...

Astuce :
Ping en JavaScript (jQuery.ajax)

Dans cet article, nous allons découvrir un moyen de vous faire gagner du temps à travers deux notions étrangères à la Biologie : Le ping et Ajax. Pour les termes techniques, reportez vous au glossaire juste après l'introduction.

Mesurer le délai entre un serveur et un client web (on utilisera facilement anglicisme "ping", francisé en "pinguer") d'un site consiste à lui demander juste l'en-tête de sa page principale (afin de diminuer l'impact du poids du site) et à mesurer le temps passé pour recevoir la réponse...

Astuce :
The Bio Code : guide du bon broinformaticien

Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne, c’est encore mieux !)...