Laptop beach - Laura Hoffmann
Comme chaque année le blog se met en pause estivale durant le mois d'août, on en profite pour aller faire bronzer nos claviers 🙂
Nous vous remercions toutes et tous pour vos encouragements. Vous êtes chaque semaine de plus en plus nombreuses et nombreux à nous suivre.
N'hésitez pas à venir rejoindre l'équipe si vous souhaitez apporter votre pierre à l'édifice bioinfo-fr.net.
Bon été et on se dit à septembre pour plein de nouveaux articles et de belles surprises !
Dans un précédent article, nous avions regardé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gencode. J'avais utilisé pour cela la puissante combinaison dplyr + ggplot2 (packages centraux du tidyverse), particulièrement adaptée à tout ce qui est manipulation et visualisation de données tabulaires.
Mais notre génome n'est pas constitué que de gènes, loin s'en faut ! Les éléments répétés sont en fait bien plus majoritaires...
« Pour la semaine prochaine vous allez devoir trouver et étudier l’article sur le site du NCBI [insérer un nom bien compliqué ici] »
Passée la déception d’avoir à se plonger dans un article obscur en anglais, on ouvre l’article en question et là… on découvre un énorme pavé de texte ma foi fort intéressant mais assez pénible à lire.
Ça c’est le cas auquel j’ai été le plus confronté mais vous pouvez l’adapter à toutes situations où il faut aller sur le site du NCBI (que ce soit pour chercher une séquence FASTA ou compléter sa biblio)...
Aujourd'hui, on vous présente une méthode pour créer vos documents collaboratifs en ligne, en utilisant LaTeX, ainsi que quelques astuces qui pourront peut-être vous simplifier la vie !
Un petit peu de contexte
Imaginons : vous êtes un jeune chercheur dynamique, et vous voulez rédiger un papier avec vos collaborateurs. Ou bien vous êtes un étudiant, et vous devez rendre un rapport quelconque à partir d'un travail fait en groupe...
Virtualisez pour plus de reproductibilité
Pour commencer
Vous avez entendu parler de reproductibilité. Vous voulez vous y mettre ? Vous vous dites que la virtualisation vous aiderait à utiliser toujours la même version d'un outil précis. En savoir plus sur Docker vous aiderait bien ? Cet article est donc pour vous. Je profite de l'occasion pour parler aussi de Singularity. Mais pour bien commencer, on va expliquer le concept des Machines Virtuelles...
Mise en place de zsh et d'un dossier .dotfiles
Introduction
Qu'est-ce que c'est que zsh ?
Il s'agit (comme nous indique aimablement sa page Wikipédia) d'un shell unix. En gros, il s'agit d'un remplaçant potentiel pour votre vénérable interpréteur bash.
Mais pourquoi se casser le beignet à installer zsh, alors que j'ai déjà bash ?
zsh a plusieurs atouts sur bash :
- Une autocomplétion avancée (incluant une correction orthographique)...
Retranscription de la Table Ouverte en bioinformatique (TOBi) du mois d'avril 2017 avec Jean-Marc Victor, directeur de recherche CNRS au LPTMC et responsable du GdR ADN.
Pouvez-vous vous présenter ?
Jean-Marc Victor : Je ne suis pas bioinformaticien. Je suis un peu bio, mais pas trop informaticien. Et je suis physicien. Et il parait que c'est la première fois qu'un physicien vient.
Alors je sais d'expérience que si vous avez fait de la bioinfo, c'est qu'en particulier vous ne vouliez pas faire de physique...
Les individus d’une même espèce, à moins qu’ils ne soient des clones identiques, sont tous légèrement différents les uns des autres. Cette différence s’exprime à tous les niveaux, de l’apparence (phénotype macroscopique), au génome (différents allèles pour le même gène), en passant par les phénotypes microscopiques (aussi appelés moléculaires - on pensera ici aux transcriptomes, (phospho)protéomes, ou encore metabolomes)...
Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des axes et légendes illisibles. La critique est facile me direz-vous, j'avoue avoir moi aussi présenté ce genre de graphique assez souvent...
Retrouvez ici la retranscription de la première Table Ouverte en BIonformatique (TOBi) organisée à Lyon le 16 mars 2017
Clément DELESTRE (CD) : Merci d'être présente pour ce premier TOBi à Lyon, est-ce que tu peux nous présenter ta formation, ton parcours, etc ?
Marie Beurton-Aimar (MBA) : On va rire là... Alors moi je suis informaticienne, un peu atypique parce que je suis allée à l'université tard, j'ai fait ma thèse tard ; j'ai passé ma thèse en 2000 donc il n'y a pas très longtemps, même si pour vous ça parait peut-être loin...
Cette question, je l'entends maintenant depuis pas mal de temps quand je parle du blog à mon entourage (étudiants de mon ex-master, personnes rencontrées aux JeBiF Pubs et TOBi, collègues, bioinformaticiens croisés, etc.). C'en est arrivé au point que je me sens vieille je me suis dit que faire un article de présentation de cet outil qu'est IRC, adjoint d'un mini tutoriel serait une bonne idée...
