On sort de quarantaine !

Une solution en attendant de pouvoir réellement reprendre son chemin vers le bureau 😀 | CC-BY Juhan Sonin

L'heure est au déconfinement partiel pour le blog également. Après une période assez chargée en changements et travail, le blog repart de plus belle.

Nos auteurs ont su profiter du confinement pour vous préparer quelques articles que nous vous dévoilerons lors de ces prochaines semaines. En attendant, on vous souhaite de rester en santé et de continuer les gestes barrière 😉

Édito

Suivez l'guide :
Un compartiment génomique, c'est quoi?

Cette question est la première que m'a posé mon jury de thèse lors de ma soutenance. Aujourd'hui, je vous propose d'y répondre le plus simplement possible.

Pour comprendre cet article, il est probablement nécessaire de connaître les bases du Hi-C, déjà résumées par votre humble serviteur en visualisation, ou en analyse sur ce blog au cours des années passées.

L'organisation spatiale de la chromatine dans le noyau

Définir un compartiment génomique, c'est définir la répartition spatiale (organisation 3D) de la chromatine dans le noyau...

Découverte :
1... 2... 3... 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

Une cellule eucaryote comporte un noyau qui contient l’information génétique portée par les chromosomes, eux même composés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chromosomes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce matériel génétique doit tenir dans le noyau des cellules, qui lui mesure 5 à 7 micromètres de diamètre (en moyenne chez l'Homme). Pour cela, l'ADN va être compacté à l'aide de protéines pour former la chromatine (Fig...

Actualité :
Covid-19 : Des liens utiles pour aider à la recherche contre le SARS-CoV-2

Image par pasja1000 ( licence Pixabay)

Pendant cette pandémie du Covid-19, bon nombre de personnel scientifique voudrait pouvoir apporter un peu d'aide. Voici une liste des liens qui nous sont parvenus.

Covid-19 est la maladie causée par le virus SARS-CoV2, vous verrez apparaître ces deux termes dans les liens ci-bas.

De l'aide à la recherche

Crowd Fight Covid19 :

Des scientifiques demandent de l'aide, et d'autres scientifiques peuvent répondre à leur demandes...

Actualité :
Blagues de bioinformaticiens

Plutôt que de vous coller un poisson en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est difficile avec le confinement), je vous propose plutôt une collection de blagues dont la qualité générale n'est pas nécessairement à la hauteur de la réputation de ce blog.

Un petit rébus : votre code doit l'être.

Les blagounettes

Savez-vous quel est le meilleur ami du biologiste computationnel ? uǝıɥɔ-ıʇɐɯɹoɟuıoıq ǝ˥

Deux bio-informaticiens discutent en marchant, au retour d'une conférence...

Actualité :
La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

Blennie de roux (Parablennius rouxi), poisson cryptobenthique connu en Méditerranée, photographié dans le Parc National des Calanques.Crédit: Emilie Boulanger

Introduction

En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la première carte mondiale de la diversité génétique des poissons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un instrument important pour la préservation des espèces...

Brèves :
Bioinformaticien•ne : un métier toujours d’avenir

Qui d’entre nous ne s’est pas un jour trouvé en situation d’expliquer son métier de bioinformaticien·ne à ses (grand-)parents/cousins/boulangers/copains d’enfance, etc. ?

La Société Française de BioInformatique (SFBI) a initié en 2016 un groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBif). L'objectif principal est de mieux caractériser nos métiers et de les faire connaître aussi bien au grand public qu'aux acteurs en lien avec notre communauté...

Découverte :
Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

Titre incluant un moyen mnémotechnique ;D

Avec ses cercles entrecroisés, on ne présente plus le célèbre diagramme de Venn. Cette représentation est utilisée dans le cas où l'on souhaite représenter le recoupement de données de nombre fini selon plusieurs variables qualitatives. De façon plus simple lorsqu'on a 2 variables qualitatives : combien d'éléments présents dans la catégorie A sont également présents ou non dans la catégorie B

Pourquoi des diagrammes "de Venn" ?

S'il est sûr que ces diagrammes représentant des proportions et leur partage date d'avant 1918, c'est à cette date que Clarence Irving Lewis (philosophe et logicien) utilise le terme de "diagramme de Venn"...

Actualité :
Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?

À l'époque de parution de cet article, le nouveau nom de la pneumonie de Wuhan 'COVID-19' et le nom définitif du virus 'SARS-CoV-2' n'étaient pas connus. C'est pourquoi vous trouverez encore dans l'article ci-dessous l'ancien nom 2019-nCoV.

Ce n'est plus un secret : à l'heure où ces lignes sont écrites le coronavirus, 2019-nCoV de son petit nom scientifique, est en train de se propager dans le monde entier...

Opinion :
Doctorant dis toi que...

Je vous propose aujourd'hui un petit article résumant les travers typiques pendant une thèse. Ces propos sont purement issus de mon expérience récente de thèse (finie en 2019) de thèse ainsi que d'autres doctorants/docteurs dans mon entourage. Toute la suite de l'article ne reflète que mon opinion personnelle de ce grand moment de la vie qu'est la thèse.

Il est assez connu que l'état de santé mentale des chercheurs n'est pas toujours glorieux (principalement chez les doctorants, ref 1 et 2), et que le syndrome de l'imposteur (ref3) est autant présent que la boite de nouille chinoise sur le bureau au cas où "on oublierait de manger"...

Opinion :
Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

L’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la bioinformatique depuis qu’il existe des revues spécialisées dans ce domaine...