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IA et analyse des génomes : un autre révolution en cours ?(partie 3)
Lire la suite : IA et analyse des génomes : un autre révolution en cours ?(partie 3)Dans cette dernière partie (et bravo si vous avez lu les deux premières !), nous avons essayé de prendre un peu de recul sur les conséquences de la disponibilité de modèles de fondation tels que Evo2. En particulier, la question des usages à venir des bases de données de séquences nous semble importante. Egalement, la question de l'accès pour les équipes de recherche en bioinformatique (mais pas seulement) à des ressources de calculs à haute performance nous apparaît devenir critique, dans un contexte où ces ressources deviennent limitées (à l'instar des énergies fossiles - et on sait comment l'histoire se…
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IA et analyse des génomes : une autre révolution en cours ? (partie 2)
Lire la suite : IA et analyse des génomes : une autre révolution en cours ? (partie 2)Si vous avez lu la partie 1 de cette série de trois articles, vous aurez compris que l'étude de l'article de présentation du modèle Evo2 (Brixi et al., 2025) nous aura littéralement enflammées au laboratoire 🤯. Le texte est à la fois dense et exigeant, mais il offre une contribution véritablement nouvelle au domaine. Ci-dessous, nous présentons les résultats qui nous ont particulièrement marquées. Le lecteur ou la lectrice intéressé(e) pourra se référer à la publication originale pour en apprendre plus sur le sujet. Présentation générale Le modèle de fondation Evo2 a été présenté dans la littérature scientifique sous la…
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IA et analyse des génomes : une autre révolution en cours ? (partie 1)
Lire la suite : IA et analyse des génomes : une autre révolution en cours ? (partie 1)Cher·es toutes et tous ! À chaque fois que je parcours ce blog, je me dis : « Ouah, c'est génial de prendre le temps, ainsi, de partager ses idées et ses savoir-faire, mais pourquoi est-ce que je ne le fais pas plus souvent ? ». Ma dernière (et unique !) contribution date en effet de 2021. Cela fait 5 ans… Un quinquennat donc, au cours duquel les transformations de la bioinformatique n'ont pourtant pas manqué. Alors, début 2026, je me suis dit : « Cette année, Gaëlle, tu partages au moins un truc ». Et nous y sommes (enfin 6 mois après !… Décidément, ce temps,…
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Le « vibe coding » est un piège
Lire la suite : Le « vibe coding » est un piègeAujourd'hui, je change un peu de registre : pour une fois je ne vais pas vous expliquer un concept technique mais partager mon avis sur un sujet qui me tient à cœur. Inutile de ménager le suspense, le titre est assez transparent. Pour ceux qui ne connaitraient pas, le « vibe coding » (qu'on peut franciser en « programmation au ressenti ») est une manière d'écrire des programmes informatiques en se servant principalement des IA génératives, c'est-à-dire des LLM comme ChatGPT, Claude, etc. Le terme de « vibe coding » a été popularisé par Andrej Karpathy en février 2025 sur X. Il est important de souligner qu'on…
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La fin du génome linéaire : Bienvenue dans l'ère (complexe) du Pangénome
Lire la suite : La fin du génome linéaire : Bienvenue dans l'ère (complexe) du PangénomeQue vous soyez bio-informaticien aguerri, étudiant en master ou simplement curieux ayant déjà manipulé un fichier FASTA un jour dans votre vie, ce billet de blog est pour vous. Nous allons explorer pourquoi et comment nos repères actuels en génomique sont en train de changer de forme. Le génome de référence classique Prenons l'exemple du sacro-saint génome de référence humain (GRCh38 ou hg38 pour les intimes). Il a un gros problème d'égo : il ne représente quasiment qu'un seul individu. C'est pratique, mais ça efface totalement la diversité structurale de l'ADN humain. C'est pourquoi la bio-informatique se tourne aujourd'hui vers le…
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Le changement de mentalité en passant en R&D
Lire la suite : Le changement de mentalité en passant en R&DMes très chers amis, mes bien-aimés collègues, les autres, comme vous le savez j’adore écrire des articles d’opinion sur ce blog sur tout ce qui nous concerne. Ici j’aimerais évoquer des exemples de ce qui a changé concrètement dans ma manière de penser professionnellement. En passant de chercheur en contrat postdoctoral à data scientist en R&D, ma manière d’aborder la recherche n’est plus la même. Est-ce aussi votre cas ? Avez-vous les mêmes ressentis ? Les commentaires seront parfaitement ouverts au débat bienveillant pour ça. Dans mon quotidien, je fais la même chose qu’un chercheur Pendant mon parcours académique, j’ai entendu une…
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La complexité inattendue des systèmes de coordonnées en bioinformatique
Lire la suite : La complexité inattendue des systèmes de coordonnées en bioinformatiqueEn bioinformatique, quand on manipule des génomes, des annotations, des fichiers d’alignement, des variants ou des intervalles (exons, régions régulatrices, etc.), on est rapidement confronté à deux notions fondamentales qui conditionnent la manière dont les positions sont décrites et interprétées : Ces deux dimensions définissent ensemble le système de coordonnées utilisé. Les maîtriser permet d’interpréter correctement les positions génomiques et de travailler sereinement avec des données hétérogènes. Dans cet article, nous allons présenter clairement ces systèmes de coordonnées et, je l’espère, vous aider à déjouer les pièges les plus courants. Creusons maintenant ces deux concepts plus en détail. Le système d'indexation…
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Trois exemples concrets qui m'ont fait m'intéresser à la reproductibilité entre langages
Lire la suite : Trois exemples concrets qui m'ont fait m'intéresser à la reproductibilité entre langagesMes très chers confrères adorés, Comme vous le savez si vous lisez mes excellents articles d'opinion, tous géniaux (hum !), cela fait quelques années maintenant que je travaille pour des toxicologues. Alors, c'est bien, j'ai appris plein de choses, au point de me définir aujourd'hui comme « computational toxicologist ». Mais j'ai surtout mis mon nez dans plein de trucs qui peuvent paraître insignifiants comme ça, mais qui peuvent vite vous rendre complètement chèvre meilleur dans votre travail si vous vous y intéressez un peu. Aujourd'hui, j'aimerais parler de science reproductible, et surtout de reproductibilité des résultats en fonction de différents langages de programmation.…
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