On sort de quarantaine !

Une solution en attendant de pouvoir réellement reprendre son chemin vers le bureau 😀 | CC-BY Juhan Sonin

L'heure est au déconfinement partiel pour le blog également. Après une période assez chargée en changements et travail, le blog repart de plus belle.

Nos auteurs ont su profiter du confinement pour vous préparer quelques articles que nous vous dévoilerons lors de ces prochaines semaines. En attendant, on vous souhaite de rester en santé et de continuer les gestes barrière 😉

Édito

Didacticiel :
Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager (ou paqueter en français) proprement cet ensemble de scripts R.

Non on ne largue pas une nuée de scripts non commentés, non documentés, avec juste un mail disant "Non mais tu changes tel et tel paramètres et ça fonctionne"...

Astuce :
Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous utilisez. Par exemples, si vous avez une matrice de 50 colonnes et de 20 000 lignes (cas assez fréquent quand il y a une ligne par gène), il y a de forte chances que cette matrice aura plus de lignes qu'il n'y a de pixels sur votre écran -- 1080 pixels verticaux sur un écran HD (à moins bien sûr que vous lisiez ceci dans un futur lointain d'hyper haute définition)...

Suivez l'guide :
Qu'est-ce qu'un compartiment génomique ?

Cette question est la première que m'a posé mon jury de thèse lors de ma soutenance. Aujourd'hui, je vous propose d'y répondre le plus simplement possible.

Pour comprendre cet article, il est probablement nécessaire de connaître les bases du Hi-C, déjà résumées par votre humble serviteur en visualisation, ou en analyse sur ce blog au cours des années passées.

L'organisation spatiale de la chromatine dans le noyau

Définir un compartiment génomique, c'est définir la répartition spatiale (organisation 3D) de la chromatine dans le noyau...

Découverte :
1... 2... 3... 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

Une cellule eucaryote comporte un noyau qui contient l’information génétique portée par les chromosomes, eux même composés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chromosomes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce matériel génétique doit tenir dans le noyau des cellules, qui lui mesure 5 à 7 micromètres de diamètre (en moyenne chez l'Homme). Pour cela, l'ADN va être compacté à l'aide de protéines pour former la chromatine (Fig...

Actualité :
Covid-19 : Des liens utiles pour aider à la recherche contre le SARS-CoV-2

Image par pasja1000 ( licence Pixabay)

Pendant cette pandémie du Covid-19, bon nombre de personnel scientifique voudrait pouvoir apporter un peu d'aide. Voici une liste des liens qui nous sont parvenus.

Covid-19 est la maladie causée par le virus SARS-CoV2, vous verrez apparaître ces deux termes dans les liens ci-bas.

De l'aide à la recherche

Crowd Fight Covid19 :

Des scientifiques demandent de l'aide, et d'autres scientifiques peuvent répondre à leur demandes...

Actualité :
Blagues de bioinformaticiens

Plutôt que de vous coller un poisson en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est difficile avec le confinement), je vous propose plutôt une collection de blagues dont la qualité générale n'est pas nécessairement à la hauteur de la réputation de ce blog.

Un petit rébus : votre code doit l'être.

Les blagounettes

Savez-vous quel est le meilleur ami du biologiste computationnel ? uǝıɥɔ-ıʇɐɯɹoɟuıoıq ǝ˥

Deux bio-informaticiens discutent en marchant, au retour d'une conférence...

Actualité :
La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

Blennie de roux (Parablennius rouxi), poisson cryptobenthique connu en Méditerranée, photographié dans le Parc National des Calanques.Crédit: Emilie Boulanger

Introduction

En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la première carte mondiale de la diversité génétique des poissons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un instrument important pour la préservation des espèces...

Brèves :
Bioinformaticien•ne : un métier toujours d’avenir

Qui d’entre nous ne s’est pas un jour trouvé en situation d’expliquer son métier de bioinformaticien·ne à ses (grand-)parents/cousins/boulangers/copains d’enfance, etc. ?

La Société Française de BioInformatique (SFBI) a initié en 2016 un groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBif). L'objectif principal est de mieux caractériser nos métiers et de les faire connaître aussi bien au grand public qu'aux acteurs en lien avec notre communauté...

Découverte :
Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

Titre incluant un moyen mnémotechnique ;D

Avec ses cercles entrecroisés, on ne présente plus le célèbre diagramme de Venn. Cette représentation est utilisée dans le cas où l'on souhaite représenter le recoupement de données de nombre fini selon plusieurs variables qualitatives. De façon plus simple lorsqu'on a 2 variables qualitatives : combien d'éléments présents dans la catégorie A sont également présents ou non dans la catégorie B

Pourquoi des diagrammes "de Venn" ?

S'il est sûr que ces diagrammes représentant des proportions et leur partage date d'avant 1918, c'est à cette date que Clarence Irving Lewis (philosophe et logicien) utilise le terme de "diagramme de Venn"...

Actualité :
Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?

À l'époque de parution de cet article, le nouveau nom de la pneumonie de Wuhan 'COVID-19' et le nom définitif du virus 'SARS-CoV-2' n'étaient pas connus. C'est pourquoi vous trouverez encore dans l'article ci-dessous l'ancien nom 2019-nCoV.

Ce n'est plus un secret : à l'heure où ces lignes sont écrites le coronavirus, 2019-nCoV de son petit nom scientifique, est en train de se propager dans le monde entier...