Concours : Noël avant l'heure !

A l'occasion de la sortie de notre fiche de lecture sur le livre "Programmation en Python pour les sciences de la vie" et sur une gentille proposition de Pierre Poulain & Patrick Fuchs, nous vous proposons un petit jeu concours avant Noël.

Pour participer : il y a dans le livre un petit easter egg placé volontairement (et malicieusement) par nos deux auteurs. La ou le premier qui trouvera cette petite chose rigolote gagnera un livre dédicacé des deux auteurs (idéal pour un cadeau de Noël !) ainsi qu'une belle boite de chocolats !
Gourmandes, gourmands : à vous de jouer !

"hmmmmm"| vmaurin

Participation uniquement par mail à l'adresse concours[CHEZ]bioinfo-fr.net. La/le gagnant(e) sera contacté(e) par mail et annoncé(e) sur le blog.
Date limite de participation : mardi 24 décembre 2019 minuit.

Editorial 0
⇡Édito

J'ai lu :
J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

J'ai lu 1

Couverture de "Programmation en Python pour les sciences de la vie", par P. Fuchs et P. Poulain

Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription !

Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement 275 pages de pur bonheur ! Décomposé en 22 chapitres s'imbriquant tous parfaitement les uns après les autres, il ne peut que (et doit !) devenir une référence dans l'apprentissage du langage Python, avec ou sans bio-informatique derrière...

Lire la suite...

Découverte :
Génomique des paysages

Découverte 0

Introduction

Edunia par Eduardo Kac, une fleur érigée au rang d'oeuvre d'art. L'ADN de cette fleur contient une partie du génome humain de son jardinier. Crédit : CC-BY-NC-ND Ars Electronica pour Eduardo Kac

« Génomique des paysages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une discipline scientifique qui a connu une expansion fulgurante au cours de la dernière décennie...

Lire la suite...

Découverte :
Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

Découverte 2

Le cinquième va vous étonner !

Introduction: l'olfaction, un sens assez bien compris et compréhensible

L’olfaction n'est peut-être pas le plus noble des sens, comparé à la vue ou l’ouïe par exemple, mais il s'agit d'un sens assez bien compris aujourd'hui. C'est notamment grâce aux travaux des biologistes Linda B. Buck et Richard Axel, récompensés par un prix Nobel de physiologie et de médecine en 2004...

Lire la suite...

Opinion :
L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

Opinion 4

"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin".
Proverbe africain

Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme associé y soit pour quelque chose. Mais discuter de tout cela ici serait totalement hors-sujet et inadapté à la ligne éditoriale de notre blog bio-informatique...

Lire la suite...

Didacticiel :
Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

Didacticiel 0

"Trans-Alaska Pipeline" by Ted LaBar
Pour avoir été client des articles ("Snakemake pour les nuls",  "Formaliser ses protocoles avec Snakemake" et "Snakemake, aller plus loin avec la parallélisation") de mon prédécesseur lelouar, j'ai décidé d'apporter ma pierre à l'édifice et de continuer cette série sur Snakemake. Je vais ici vous parler de généralisation de pipeline pour l'utilisation intensive au sein d'une plateforme par exemple...

Lire la suite...

Conférence :
ISMB/ECCB 2019 & live-tweet : comment raconter l'un en utilisant l'autre avec R ?

Conférence 0

En cette magnifique rentrée 2019/2020, laissez-moi vous parler encore un peu de cet été, et plus particulièrement de la conférence ISMB/ECCB, référence en bio-informatique, qui s'est déroulée du 21 au 25 juillet dernier à Bâle. Et pour cela, je vais allier l'utile à l'agréable en vous présentant ce qu'est le live-tweet et comment bien le réussir à une conférence pour en ressortir un rapport de celle-ci avec quelques visualisations sympathiques...

Lire la suite...

Découverte :
Les tests en bioinformatique

Découverte 5

Tester est-ce douter ?

Aujourd'hui on va parler d'un truc très connu des informaticiens mais encore trop peu connu en bio-informatique : les tests.
Cette pratique est pourtant conseillée dans le guide du bon broinformaticien . Alors, qu'est ce qu'un test ?
Un test désigne une procédure de vérification d'un système. Son objectif principal est d'identifier un nombre maximum de comportements problématiques du logiciel afin d'en augmenter la qualité (si les problèmes identifiés lors des tests sont corrigés)...

Lire la suite...

Opinion :
Pourquoi vous avez besoin d'un blog scientifique !

Opinion 5

Mon titre étant volontairement provocateur je vais commencer par le modérer et l'expliquer.

Vous n'avez pas forcément besoin de votre blog, vous avez besoin d'un espace ou vous pouvez écrire des textes structurés avec des tableaux, des images et la possibilité de les rendre publics facilement. Un dépôt Github comme un compte Twitter peuvent ainsi convenir. Si ces plateformes peuvent apparaître comme ayant des contraintes différentes, elles sont en réalité complémentaires...

Lire la suite...

Didacticiel :
Les problèmes limités par les entrées/sorties (IObound)

Didacticiel 0

Dans la première partie de ce tutoriel , j'ai expliqué ce qu’était la programmation concurrente et parallèle, ainsi que détaillé les différents types de programmation concurrente et leurs spécificités. Si vous ne l'avez pas lue, je vous conseille de la lire avant de démarrer. Dans cette deuxième partie, nous allons nous concentrer sur l'optimisation d'un programme limité par les entrées/sorties grâce à la programmation concurrente...

Lire la suite...

Didacticiel :
Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants!

Didacticiel, Suivez l'guide 2

Toi petit étudiant de M1 qui arrive en premier jour de stage... Viens par ici... Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récupérer les données de séquençage d'un article vachement bien, sans que tu saches le faire... TOI!
Toi le physicien qui se met à la biologie mais qui ignore comment les bio-informaticiens rangent les données...  VOUS ! VOUS RESTEZ ICI, TOUT de suite !
Aujourd'hui, on va parler de l'archivage des données de génomique...

Lire la suite...