Partage ta bioinfo !

Une bien belle affiche à imprimer

Nous venons de fêter nos 7 ans d'existence sur les Internets. Ce n'est pas rien !
En 7 ans, c'est 317 articles qui ont été publiés. 317 articles qui ont été relus avant publication par au moins 2 personnes. 317 articles qui n'auraient pas pu être lus sans le temps que chacun de leurs auteurs respectifs leur ont consacré. 317 articles qui résultent chacun d'un "et si je partageais à la communauté ?".
C'est grâce à ces presque 100 contributeurs que bioinfo-fr.net vit encore aujourd'hui. Nous profitons de cet édito pour leur re-adresser à toutes et à tous un grand merci.
Et vous dans tout ça ? Si vous aussi votre quotidien est fait de nouveautés, de découvertes et d'astuces en rapport de près ou de loin avec la bioinfo pourquoi ne pas participer et apporter votre pierre à l'édifice ?
La première des petites choses que chacun peut faire très facilement, c'est imprimer cette belle affiche (télécharger au format PDF) (merci ZaZo0o) et l'afficher sur votre panneau des annonces scientifiques dans votre labo. Avec ce geste vous participez déjà à la diffusion de bioinfo-fr et peut-être même à la naissance de nouveaux articles via de nouveaux auteurs.


On lance d'ailleurs le croisi-mot #PartageTaBioinfo sur Twitter : imprimez l'affiche, placardez-la dans votre labo, prenez-la en photo et tweetez tout ça avec le nom de votre labo suivi de #PartageTaBioinfo !

Et pour tout cela, merci d'avance. C'est à vous de jouer maintenant !
Faîtes chauffer vos imprimantes !

Édito

Opinion :
Pourquoi vous avez besoin d'un blog scientifique !

Mon titre étant volontairement provocateur je vais commencer par le modérer et l'expliquer.

Vous n'avez pas forcément besoin de votre blog, vous avez besoin d'un espace ou vous pouvez écrire des textes structurés avec des tableaux, des images et la possibilité de les rendre publics facilement. Un dépôt Github comme un compte Twitter peuvent ainsi convenir. Si ces plateformes peuvent apparaître comme ayant des contraintes différentes, elles sont en réalité complémentaires...

Didacticiel :
Les problèmes limités par les entrées/sorties (IObound)

Dans la première partie de ce tutoriel , j'ai expliqué ce qu’était la programmation concurrente et parallèle, ainsi que détaillé les différents types de programmation concurrente et leurs spécificités. Si vous ne l'avez pas lue, je vous conseille de la lire avant de démarrer. Dans cette deuxième partie, nous allons nous concentrer sur l'optimisation d'un programme limité par les entrées/sorties grâce à la programmation concurrente...

Didacticiel :
Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants!

Toi petit étudiant de M1 qui arrive en premier jour de stage... Viens par ici... Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récupérer les données de séquençage d'un article vachement bien, sans que tu saches le faire... TOI!
Toi le physicien qui se met à la biologie mais qui ignore comment les bio-informaticiens rangent les données...  VOUS ! VOUS RESTEZ ICI, TOUT de suite !
Aujourd'hui, on va parler de l'archivage des données de génomique...

Découverte :
Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny

Bonjour à tous !

Vous avez un script que vous souhaitez partager avec une équipe expérimentale? Vous ne voulez pas que les utilisateurs modifient le code pour paramétrer votre programme? Vous codez avec R ? Alors cet article est fait pour vous ! Nous allons voir comment créer une application web avec R et permettre à votre utilisateur d’exécuter votre code sans le voir.

Shiny

Le package que nous utiliserons est shiny...

Formation :
Présentation du parcours de bio-informatique BIM à Nice

crédits: Université Côte d'Azur

Le parcours bio-informatique BIM existe en licence et en master, à Nice, depuis plus de 10 ans. À l'occasion de sa refonte en 2019, une petite présentation s'impose !

Présentation

Le parcours bio-informatique BIM a pour objectif de former des étudiants ayant une formation initiale en biologie et/ou bio-informatique aux approches de bio-informatique, d'analyse de données de grande dimension, et de modélisation, notamment pour des applications dans les domaines des Omiques et de l'Imagerie...

Découverte :
La programmation concurrente en python

Python (source : wikimedia commons, licence CC-BY-SA-4.0 )

Ce tutoriel est une traduction infidèle d'un article de realpython.com https://realpython.com/python-concurrency/#when-to-use-concurrency

Merci à eux pour leur formidable travail et leur autorisation.

Vous avez certainement entendu parler de la librairie asyncio qui a été ajouté à Python 3 et vous êtes curieux de savoir comment elle se place par rapport aux autres méthodes de programmations concurrentes ? Vous voulez savoir ce qu'est la programmation concurrente et comment cela pourrait accélérer vos programmes ? Vos données sont trop grosses et vos calculs ou vos requêtes prennent des heures ? Vous êtes au bon endroit !Dans ce tutoriel nous allons voir :- ce qu'est la programmation concurrente- ce qu'est la parallélisation- les différence entre les méthodes de programmation concurrente (threading, asyncio et multiprocessing)- comment utiliser la programmation concurrente dans vos programmes...

Suivez l'guide :
La data visualisation sans aucune compétence en programmation (et en graphisme)

Aujourd'hui, la visualisation des données est une chose qui est complètement intégrée dans notre quotidien. Que cela soit dans notre vie de tous les jours ou dans notre univers professionnel. Pas un jour ne passe sans que nous soyons confrontés à une représentation visuelle d'une enquête, d'un sondage, d'une succession d'événements chronologiques ou non. C'est un fait : l'explication par l'image à tendance à mieux passer qu'un gros pavé de texte accompagné de plusieurs tableaux de chiffres en colonne...

Astuce :
Trouver un emploi/une thèse en bioinformatique : quelques pistes [maj]

Job Search (Nick Youngson CC BY-SA 3.0 Alpha Stock Images)

Comme le disait Estel en 2012, trouver un job en bioinfo n'est pas évident. Contrairement à certains métiers qui concentrent l'entièreté des offres d'emploi de leur pays en une seule plateforme, les emplois de bioinfo sont distribuées aléatoirement entre des dizaines de sites d'annonces plus ou moins spécifiques à la bioinformatique...

Actualité :
La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

En ces temps hivernaux, virus et infections bactériennes sont de retour (pour vous jouer un mauvais tour...). Les campagnes de prévention et de soin sont donc de sortie, et parmi elles la célèbre : "Les antibiotiques, c'est pas automatique". Si ce slogan est bien rentré dans la tête des gens, la raison pour laquelle il a été édicté l'est moins. Je vous propose donc d'explorer celle-ci à travers le spectre bio-informatique !
 
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Découverte :
Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

L'étude de la régulation de l'expression des gènes est une discipline complexe qui recoupe des données provenant de divers types d'expériences. Dans un précédent article, nous avions vu trois techniques de biologie moléculaire couplées à du séquençage haut débit classiquement employées pour mettre en évidence les régions accessibles de l'ADN, et donc potentiellement des régions régulatrices de l'expression de gènes, à savoir le DNase-seq, le FAIRE-seq et également le ChIP-seq (même si cette dernière a un usage plus large)...