We are still alive !

Rising sun | Adrian Scottow

Cela faisait trop longtemps que nous n'avions pas posté de nouvel édito !
Pour faire court :

  • Suite à notre article sur notre déréférencement, c'est en bonne voie ! Nous remontons la pente et nous atteignons depuis régulièrement les 800 visites/jours. L'exercice a au final été bénéfique et très formateur pour nous. Merci à tous pour votre soutien.
  • Nous serons à JOBIM 2017 du 3 au 6 juillet, nous aurons un poster et même le droit à un peu de temps de parole le 3 juillet en fin de journée. Si vous y êtes, n'hésitez pas à venir nous rencontrer !
  • Nous avons rejoint le réseau social libre Mastodon, n'hésitez pas à nous suivre. Nous sommes également toujours présents sur Twitter.

 

Très bon ensoleillement à tous !

Édito

Découverte :
Virtualisez pour plus de reproductibilité

Virtualisez pour plus de reproductibilité
Pour commencer
Vous avez entendu parler de reproductibilité. Vous voulez vous y mettre ? Vous vous dites que la virtualisation vous aiderait à utiliser toujours la même version d'un outil précis. En savoir plus sur Docker vous aiderait bien ? Cet article est donc pour vous. Je profite de l'occasion pour parler aussi de Singularity. Mais pour bien commencer, on va expliquer le concept des Machines Virtuelles...

Didacticiel :
Pimp my workstation: avoir le terminal le plus classe du bureau !

Mise en place de zsh et d'un dossier .dotfiles

 
Introduction
Qu'est-ce que c'est que zsh ?
Il s'agit (comme nous indique aimablement sa page Wikipédia) d'un shell unix. En gros, il s'agit d'un remplaçant potentiel pour votre vénérable interpréteur bash.
Mais pourquoi se casser le beignet à installer zsh, alors que j'ai déjà bash ?
zsh a plusieurs atouts sur bash :
- Une autocomplétion avancée (incluant une correction orthographique)...

Entretien :
Questions à… Jean-Marc Victor

Retranscription de la Table Ouverte en bioinformatique (TOBi) du mois d'avril 2017 avec Jean-Marc Victor, directeur de recherche CNRS au LPTMC et responsable du GdR ADN.
Pouvez-vous vous présenter ?
Jean-Marc Victor : Je ne suis pas bioinformaticien. Je suis un peu bio, mais pas trop informaticien. Et je suis physicien. Et il parait que c'est la première fois qu'un physicien vient.
Alors je sais d'expérience que si vous avez fait de la bioinfo, c'est qu'en particulier vous ne vouliez pas faire de physique...

Découverte :
Identification des relations entre la variabilité génétique et le phénotype : cartographie QTL

Les individus d’une même espèce, à moins qu’ils ne soient des clones identiques, sont tous légèrement différents les uns des autres. Cette différence s’exprime à tous les niveaux, de l’apparence (phénotype macroscopique), au génome (différents allèles pour le même gène), en passant par les phénotypes microscopiques (aussi appelés moléculaires - on pensera ici aux transcriptomes, (phospho)protéomes, ou encore metabolomes)...

Astuce :
Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des axes et légendes illisibles. La critique est facile me direz-vous, j'avoue avoir moi aussi présenté ce genre de graphique assez souvent...

Entretien :
Questions à... Marie Beurton Aimar

Retrouvez ici la retranscription de la première Table Ouverte en  BIonformatique (TOBi) organisée à Lyon le 16 mars 2017

Clément DELESTRE (CD) : Merci d'être présente pour ce premier TOBi à Lyon, est-ce que tu peux nous présenter ta formation, ton parcours, etc ?

Marie Beurton-Aimar (MBA) : On va rire là... Alors moi je suis informaticienne, un peu atypique parce que je suis allée à l'université tard, j'ai fait ma thèse tard ; j'ai passé ma thèse en 2000 donc il n'y a pas très longtemps, même si pour vous ça  parait peut-être loin...

Didacticiel :
"IRC ? Mais c'est quoi en fait ?"

Cette question, je l'entends maintenant depuis pas mal de temps quand je parle du blog à mon entourage (étudiants de mon ex-master, personnes rencontrées aux JeBiF Pubs et TOBi, collègues, bioinformaticiens croisés, etc.). C'en est arrivé au point que je me sens vieille je me suis dit que faire un article de présentation de cet outil qu'est IRC, adjoint d'un mini tutoriel serait une bonne idée...

Découverte :
Eh toi ! rev_comp, tu l'écris comment ?

Écrire un algorithme de rev_comp ou complément inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est devenu un classique des cours d'algorithmique en étude de bioinformatique, c'est un algorithme simple mais qui demande de savoir utiliser les structures de contrôle de base. À la fois un bon exercice pratique et pédagogique, doit-il cependant rester implémenté comme à nos débuts ? Cette question m'a traversé l'esprit durant un cours où mon implémentation et celles de mes camarades étaient toutes différentes avec à chaque fois différents algorithmes de base...

Découverte :
Retour d'expérience : bonnes pratiques à appliquer en cas de déréférencement Google (et autres)

Avertissement : cet article déroge exceptionnellement à la ligne éditoriale que nous nous sommes imposées depuis le début de l'aventure. Nous n'allons pas parler de bioinformatique de près ou de loin dans cet article. Quoique les plus enthousiastes d'entre vous pourraient dire que cela peut arriver à une application web bioinfo 🙂

 
Mise en bouche
Nous avons malheureusement, et à notre grande surprise, vécu récemment un déréférencement inattendu de tous les plus gros moteurs de recherche connus et reconnus : Google, Duckduckgo, Yahoo, Bing, Lycos, ...

Didacticiel :
Vous ne savez pas comment analyser vos données Hi-C? Exemple d'utilisation de HiC-pro

Partir de quelconques données de séquençage haut débit brutes pour arriver à une analyse complète demande au mieux, une certaine pratique de ces technologies. Dans bien des cas, on va alors mettre en place un pipeline reposant sur tout un tas d'outils. Il faudra probablement des heures pour comprendre les paramètres de chacun d’entre eux et regrouper l'ensemble en une jolie chaine de traitement pour arriver au résultat souhaité (qui restera bien sûr à interpréter hum...