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La fin du génome linéaire : Bienvenue dans l'ère (complexe) du Pangénome
Lire la suite : La fin du génome linéaire : Bienvenue dans l'ère (complexe) du PangénomeQue vous soyez bio-informaticien aguerri, étudiant en master ou simplement curieux ayant déjà manipulé un fichier FASTA un jour dans votre vie, ce billet de blog est pour vous. Nous allons explorer pourquoi et comment nos repères actuels en génomique sont en train de changer de forme. Le génome de référence classique Prenons l'exemple du […]
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Le changement de mentalité en passant en R&D
Lire la suite : Le changement de mentalité en passant en R&DMes très chers amis, mes bien-aimés collègues, les autres, comme vous le savez j’adore écrire des articles d’opinion sur ce blog sur tout ce qui nous concerne. Ici j’aimerais évoquer des exemples de ce qui a changé concrètement dans ma manière de penser professionnellement. En passant de chercheur en contrat postdoctoral à data scientist en […]
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La complexité inattendue des systèmes de coordonnées en bioinformatique
Lire la suite : La complexité inattendue des systèmes de coordonnées en bioinformatiqueEn bioinformatique, quand on manipule des génomes, des annotations, des fichiers d’alignement, des variants ou des intervalles (exons, régions régulatrices, etc.), on est rapidement confronté à deux notions fondamentales qui conditionnent la manière dont les positions sont décrites et interprétées : Ces deux dimensions définissent ensemble le système de coordonnées utilisé. Les maîtriser permet d’interpréter correctement […]
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Trois exemples concrets qui m'ont fait m'intéresser à la reproductibilité entre langages
Lire la suite : Trois exemples concrets qui m'ont fait m'intéresser à la reproductibilité entre langagesMes très chers confrères adorés, Comme vous le savez si vous lisez mes excellents articles d'opinion, tous géniaux (hum !), cela fait quelques années maintenant que je travaille pour des toxicologues. Alors, c'est bien, j'ai appris plein de choses, au point de me définir aujourd'hui comme « computational toxicologist ». Mais j'ai surtout mis mon nez dans […]
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L'alignement multiple en étoile ⭐
Lire la suite : L'alignement multiple en étoile ⭐Introduction Dans le domaine de la bioinformatique l'alignement de séquences est une opération courante pour comparer des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines). Nous avons vu dans un précédent article le principe de l'algorithme de Needleman-Wunsch qui produit un alignement global optimal de deux séquences. Au-delà de l'alignement par paire, l'alignement multiple de séquences (Multiple Sequence […]
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Bonne rentrée 2025 à tous 🎓
Lire la suite : Bonne rentrée 2025 à tous 🎓À tous les p'tits veinards qui ont profité de vacances cet été 🌴— et aux autres aussi — on vous souhaite une belle rentrée 🎓. C’est cette période de l’année où l’on prend un nouvel élan : on planifie, on se projette, on fixe de nouveaux objectifs. Peut-être un nouveau poste pour certains, une formation pour […]
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Licence Bio-Informatique, Statistique et Modélisation (BISM) à Lyon 1
Lire la suite : Licence Bio-Informatique, Statistique et Modélisation (BISM) à Lyon 1Cet article est une mise à jour de https://bioinfo-fr.net/presentation-de-la-licence-miv-a-lyon-1. Cette formation pluridisciplinaire existe depuis 2010 (ex. Modélisation et Informatique du Vivant), et bénéficie de la recherche historique lyonnaise en analyses de données biologiques et notamment en biométrie et statistiques. Les aspects liés à la bioinformatique ont été renforcés à partir de 2018, en lien avec […]
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Alignement de séquences : bien comprendre l'incontournable algorithme de Needleman-Wunsch
Lire la suite : Alignement de séquences : bien comprendre l'incontournable algorithme de Needleman-WunschIntroduction L'analyse des séquences biologiques (ADN, ARN ou protéines) est un sujet central de la biologie moléculaire et de la bioinformatique. Dans ce cadre, chercher à savoir à quel point deux séquences sont similaires ou dissimilaires est une des questions qu'on se pose le plus souvent (par exemple dans le but d'analyser des relations phylogénétiques). […]
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