En Automne, les articles tombent des arbres

Feuille d'Automne | Tracy Ducasse

Nous revoilà de notre pause estivale !

C'est l'Automne et nous distinguons déjà quelques articles prêts à tomber de notre bel arbre !

Nous en profitons pour rappeler que sans le travail des auteurs et des relecteurs, ce blog n'en serait pas là aujourd'hui.

Nous sommes toujours ouverts à de nouvelles collaborations, chacun d'entre nous ayant quelque chose à partager, nous en sommes convaincus.

Alors ? Qu'attendez-vous pour proposer votre pierre à l'édifice et devenir contributeur officiel sur bioinfo-fr.net ? 🙂

 

Édito

Didacticiel :
Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape !
Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de posters scientifiques.
Pour d’autres articles sur les outils d’Inkscape voir les tutos déjà existants sur Inkscape l'outil idéal pour vos posters et Inkscape pour biologistes...

Opinion :
Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant

... et ses "presque" réponses !
 
Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives. Cela non pas, forcément, par manque de connaissance, mais plutôt par difficulté d'être très précis au vu de la variété des thèses et des thématiques en bioinformatique...

Découverte :
ViLoVar: un outil pour la visualisation de variations génétiques

Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans des myopathies congénitales...

Découverte :
Bioconvert - simplifier les conversions de formats

Bioconvert

Qui n'a jamais eu à convertir un fichier de données biologiques dans un autre format ? Il y a bien sur le classique fastq vers fasta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un convertisseur "maison", pas forcément optimal. D'autres formats sont parfois plus problématiques, par exemple la conversion vers et depuis GFF2/GFF3. De ces différents constats − convertisseurs "maison" (donc pas toujours parfaits), grande diversité de formats (parfois très complexes et peu documentés) nouveaux formats ou formats obsolètes, etc − est née l'idée de créer un outil de conversion dédié aux formats utilisés en bioinformatique : Bioconvert...

Suivez l'guide :
Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D

Après vous avoir montré tout un tas de choses sur comment visualiser et extraire une carte, je vais vous montrer aujourd'hui comment une carte de contact chromosomique peut être observée sous la forme d'une structure 3D à partir de VMD. Pour cela nous allons partir de la méthode développée dans mon laboratoire : Shrec3D.
Cet article étant relativement technique, il se repose sur de nombreux concepts déjà expliqués dans d'autres articles du blog que je vous recommande fortement de lire : comprendre ce qu'on visualise, comment on traite les données en amont...

Suivez l'guide :
#JOBIM2018 : une étude de réseau

Bonjour à tou·te·s !
Comme une partie de la communauté bioinformatique française, et probablement du lectorat de ce blog, je me suis rendu à la 19è édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM). Celle-ci se tenait à Marseille, au Palais du Pharo, et pour celles et ceux d'entre vous curieux·ses de connaître le contenu scientifique, voilà le résumé des interventions...

Découverte :
canSnippet : le voilà !

Nous vous l'avions annoncé il y a quasiment un an jour pour jour lors de notre présentation à JOBIM2017 à Lille. Il est maintenant là, disponible, consultable et à portée de tous : canSnippet Community Edition.
A vos marques pages, c'est ici que ça se passera dorénavant : https://cansnippet.bioinfo-fr.net/ !
Le principe
Avoir une collection de snippets (petits bouts de codes réutilisables) axés autour de la bioinformatique facilement trouvables et retrouvables pour le commun des bioinformaticiens...

Bioinformatique :
Enquête Bioinfo-fr 2018 : un portrait de la bioinfo

Après 1 mois et demi d'enquête et 1 mois et demi d'attente, voici donc l'article tant promis qui va décortiquer vos réponses!  Nous tenons par ailleurs à remercier tout les répondants qui ont donné de leur temps et qui auront partagé ce sondage dans leur entourage. Merci d'avoir contribué à cette enquête. 🙂
L'intégralité des données a été traitée via R dont les scripts sont disponibles sur le GitHub du blog...

Didacticiel :
LaTeX : les lettres (de motivation) !

Après avoir appris à compiler, à insérer des flottants, à mettre en forme les paragraphes et à insérer des mathématiques, il est temps de faire une petite pause hors de la classe article  et de se pencher sur les lettres (notamment parce que si mes prédictions sont justes, certain·e·s d'entre vous doivent écrire des lettres de motivation à l'heure qu'il est)...

Journal Club :
Quelques publications importantes récentes autour de la chromatine

Pour ceux qui travaillent sur la structure 3D de l'ADN et son comportement dans le noyau cellulaire, l'année 2017 a été une riche année. Comprendre les liens entre une séquence d'ADN et son repliement reste aujourd'hui un enjeu majeur pour cette communauté.

Pour tous ceux qui ne savent pas ce qui se passe dans notre petit monde, nous allons parler aujourd'hui de quelques publications sorties au cours de 2017 et début 2018 sur le sujet...