Putain, 10 ans !

The birthday cat | Harry Whittier Frees

Voilà une décennie que ce blog existe, et même deux ans de plus pour le canal IRC qui était sa genèse !

Ce projet a été rendu possible grâce à une communauté d'une trentaine d'auteurs initialement motivés pour faire découvrir la bioinfo au monde francophone et répondre aux questions les plus fréquentes qu'ils pouvaient entendre. La pérennité a ensuite été assurée par le renfort de nouveaux venus, apportant avec eux de nouvelles idées d'articles, de formats, et son lot de discussions. Avec cet édito, nous souhaitons remercier chacun d'entre vous, auteurs et lecteurs, nous l'équipe d'admin qui a également variée au cours du temps.

À l'occasion de cet anniversaire exceptionnel, nous allons effectuer une rétrospective sur ces années de connaissances couchées sur pixels. Elle sera également accompagnée des retours de nos anciens auteurs qu'on aura pu recontacter, ainsi que de nos auteurs actuels. N'hésitez pas à nous contacter à admin(AT)bioinfo-fr.net si vous n'avez pas reçu notre mail !

Longue vie au blog !

Édito

Suivez l'guide :
Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles

L'analyse de séquences est au cœur de nombreux domaines de la bio-informatique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se proposant de compter la fréquence en dinucléotides dans quelques génomes d'organismes modèles (avec une petite arrière-pensée derrière la tête).

Qu'est-ce qu'un dinucléotide ?

L'ADN double brins est classiquement structuré sous forme de double hélice, avec deux brins de direction opposée...

Actualité :
Bioinfo-fr.net débarque sur Discord

TLDR; pour les impatients, c'est par là : https://bioinfo-fr.net/discord

On sait, on sait, ça fait des années qu'on nous répète que notre IRC c'est un truc de vieux barbus, que plus personne ne veut s'y mettre, que c'est dépassé. On y pense depuis un moment à rajouter ce nouveau canal de communication, mais il nous fallait d'abord, par respect pour ceux qui chaque jour font l'esprit constant de bioinfo-fr...

Didacticiel :
Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur

Overleaf est le successeur de ShareLaTeX, il résulte de la fusion de l'ancienne version d'Overleaf avec ShareLaTeX.

Il permet d'éditer des documents LaTeX en collaboratif [1].

L'interface se divise en trois parties. Un bandeau pour naviguer dans les fichiers du projet, un éditeur de texte avec coloration syntaxique, et suggestion de commandes LaTeX au fur et à mesure de la saisie, et enfin, un visionneur de pdf pour voir le rendu du code source...

Suivez l'guide :
Manipulation d'intervalles génomiques dans R

Introduction

Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R.

Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des intervalles génomiques. Au niveau le plus basique, un intervalle est défini par deux nombres entiers positifs délimitant son début et sa fin. Nous allons pouvoir ajouter des couches supplémentaires d'informations, telles que les chromosomes et leurs tailles ainsi que le brin...

Opinion :
Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt

Vous venez de finir votre outil sur lequel vous travaillez depuis 1 semaine/1 mois/1 an/10 ans (rayez la mention inutile) qui va révolutionner votre domaine.

Votre code est versionné, formaté, commenté, documenté, testé, les résultats sont évalués selon le gold standard de la discipline sur des jeux de données représentatifs de la réalité, votre publication est prête, vous allez l'envoyer sur le dépôt de preprint et au journal, le thread Twitter d'annonce est rédigé...

Suivez l'guide :
Introduction à la manipulation d'intervalles dans R

Introduction

"Quelle est la profondeur de ce séquençage ?"

"Quelle proportion de SNPs se situent dans des exons ?"

"Y a-t-il des pics dans ces données de ChIP-seq ?"

"Quelle proportion de promoteurs chevauchent des îlots CpG ?"

Voilà le genre de questions rencontrées fréquemment en bioinformatique. Nous pouvons y répondre à l'aide de la manipulation d'intervalles...

Découverte :
Métabarcodes de l'ADN environnemental

L'une des technologies en génomique les plus prometteuses pour l'évaluation de la biodiversité est le métabarcode (de l'anglais metabarcoding) de l'ADN environnemental (ADNe). J'ai travaillé longuement sur ces méthodes et développé plusieurs workflows pour traiter et analyser les données de métabarcodes. J'ai notamment été en charge du traitement des données génomiques récoltées par l’expédition scientifique d'exploration marine de Monaco entre 2018 et 2020...

Opinion :
Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain

Qui sommes-nous ?

Tous les deux passionnés par l’enseignement, les problématiques de big data et d’analyse de données en biologie, nous nous côtoyons professionnellement depuis 15 ans, avec écoute et bienveillance. Si l’étiquette de « bioinformaticien » nous est souvent attribuée, nous sommes pourtant très différents.

Je (Gaëlle) travaille sur des problématiques de génomique fonctionnelle des champignons...

Opinion :
Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?

7 ans... 7 ans entre l'écriture de mon premier article ici et aujourd'hui. De cette longue route m'est venue l'envie de faire un billet personnel sur pourquoi à mon sens, un blog communautaire a plus d'importance qu'un blog personnel.

Et si tu venais participer toi aussi ?

Les réflexions qui suivent sont totalement personnelles et n'engagent que moi. *

Mon histoire sur ce blog

Sans aucune prétention de profiter de ce billet pour m'auto-interviewer, il me semble important de raconter un peu mon chemin sur cette plateforme avant de donner quelques arguments plus concrets...