C'est la reprise !

Les jours rallongent et se réchauffent, nous sortons doucement de la torpeur hivernale pour te concocter de nouveaux articles.

On ne le répétera jamais assez, Bioinfo-fr est un blog communautaire, il vit grâce à la contribution de plusieurs dizaines de bénévoles. Si tu es curieux et que tu veux en apprendre plus sur comment contribuer, tu peux venir discuter en direct live avec nous sur le canal IRC ou bien nous contacter par e-mail à cette adresse : contribuerATbioinfo-fr.net*.

L'année 2018 en quelque chiffres:

132 507 : c'est le nombre de visiteurs total sur le blog en 2018 😎

623 : c'est le nombre moyen de vue par jour

75 : c'est le nombre de pays différents depuis lesquels vous nous avez lu

20 : c'est le nombre d'articles publiés, et il ne tient qu'à vous d'améliorer ce score !

Top 5 des articles les plus lus en 2018 :

  1. Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R, de  : 17 357 vues
  2. Les arbres phylogénétiques : construction et interprétation, de : 12 214 vues
  3. L'analyse en composantes principales (avec R), de : 8 943 vues
  4. L'analyse de données RNA-seq: mode d'emploi, de : 7 222 vues
  5. Git : cloner un projet, travailler à plusieurs et créer des branches, de Lucas Bourneuf et Olivier Dameron : 5 654 vues

 

Vous êtes de plus en plus nombreux à nous lire chaque jour, et nous vous en remercions ! Faisons de 2019 l'année de Bioinfo-fr et explosons les stats !

 

* Remplacez "AT" par "@"

Édito

Découverte :
Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

L'étude de la régulation de l'expression des gènes est une discipline complexe qui recoupe des données provenant de divers types d'expériences. Dans un précédent article, nous avions vu trois techniques de biologie moléculaire couplées à du séquençage haut débit classiquement employées pour mettre en évidence les régions accessibles de l'ADN, et donc potentiellement des régions régulatrices de l'expression de gènes, à savoir le DNase-seq, le FAIRE-seq et également le ChIP-seq (même si cette dernière a un usage plus large)...

Didacticiel :
Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape !
Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de posters scientifiques.
Pour d’autres articles sur les outils d’Inkscape voir les tutos déjà existants sur Inkscape l'outil idéal pour vos posters et Inkscape pour biologistes...

Opinion :
Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant

... et ses "presque" réponses !
 
Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives. Cela non pas, forcément, par manque de connaissance, mais plutôt par difficulté d'être très précis au vu de la variété des thèses et des thématiques en bioinformatique...

Découverte :
ViLoVar: un outil pour la visualisation de variations génétiques

Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans des myopathies congénitales...

Découverte :
Bioconvert - simplifier les conversions de formats

Bioconvert

Qui n'a jamais eu à convertir un fichier de données biologiques dans un autre format ? Il y a bien sur le classique fastq vers fasta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un convertisseur "maison", pas forcément optimal. D'autres formats sont parfois plus problématiques, par exemple la conversion vers et depuis GFF2/GFF3. De ces différents constats − convertisseurs "maison" (donc pas toujours parfaits), grande diversité de formats (parfois très complexes et peu documentés) nouveaux formats ou formats obsolètes, etc − est née l'idée de créer un outil de conversion dédié aux formats utilisés en bioinformatique : Bioconvert...

Suivez l'guide :
Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D

Après vous avoir montré tout un tas de choses sur comment visualiser et extraire une carte, je vais vous montrer aujourd'hui comment une carte de contact chromosomique peut être observée sous la forme d'une structure 3D à partir de VMD. Pour cela nous allons partir de la méthode développée dans mon laboratoire : Shrec3D.
Cet article étant relativement technique, il se repose sur de nombreux concepts déjà expliqués dans d'autres articles du blog que je vous recommande fortement de lire : comprendre ce qu'on visualise, comment on traite les données en amont...

Suivez l'guide :
#JOBIM2018 : une étude de réseau

Bonjour à tou·te·s !
Comme une partie de la communauté bioinformatique française, et probablement du lectorat de ce blog, je me suis rendu à la 19è édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM). Celle-ci se tenait à Marseille, au Palais du Pharo, et pour celles et ceux d'entre vous curieux·ses de connaître le contenu scientifique, voilà le résumé des interventions...

Découverte :
canSnippet : le voilà !

Nous vous l'avions annoncé il y a quasiment un an jour pour jour lors de notre présentation à JOBIM2017 à Lille. Il est maintenant là, disponible, consultable et à portée de tous : canSnippet Community Edition.
A vos marques pages, c'est ici que ça se passera dorénavant : https://cansnippet.bioinfo-fr.net/ !
Le principe
Avoir une collection de snippets (petits bouts de codes réutilisables) axés autour de la bioinformatique facilement trouvables et retrouvables pour le commun des bioinformaticiens...

Bioinformatique :
Enquête Bioinfo-fr 2018 : un portrait de la bioinfo

Après 1 mois et demi d'enquête et 1 mois et demi d'attente, voici donc l'article tant promis qui va décortiquer vos réponses!  Nous tenons par ailleurs à remercier tout les répondants qui ont donné de leur temps et qui auront partagé ce sondage dans leur entourage. Merci d'avoir contribué à cette enquête. 🙂
L'intégralité des données a été traitée via R dont les scripts sont disponibles sur le GitHub du blog...

Didacticiel :
LaTeX : les lettres (de motivation) !

Après avoir appris à compiler, à insérer des flottants, à mettre en forme les paragraphes et à insérer des mathématiques, il est temps de faire une petite pause hors de la classe article  et de se pencher sur les lettres (notamment parce que si mes prédictions sont justes, certain·e·s d'entre vous doivent écrire des lettres de motivation à l'heure qu'il est)...