Rentrée masquée

Nos jolis masques pour la rentrée

Tout comme cet été la rentrée 2020 s'annonce très spéciale. Nous revenons malgré tout pour entamer la route vers notre 9ème année à vos côtés.
On espère que vous et vos proches allez tous bien et que le coronavirus aura su vous laisser tranquille.
Comme beaucoup de scientifiques, nous préconisons le port du masque comme mesure barrière contre la COVID19 et nous nous sommes même amusés à vous en proposer quelques modèles dans notre boutique. Nous espérons qu'ils réussiront au moins à vous faire sourire et au mieux à vous faire craquer. Pour information nous pensons que le prix proposé par Tunetoo est abusif (environ 15 euros par masque...) mais nous voulions quand même vous les proposer pour marquer la rentrée. De plus ça nous permet de faire un petit bilan transparence des ventes réalisées jusqu'à ce jour via notre boutique : 12 ventes ont été faites pour un bénéfice total de 12,27€. Merci à celles et ceux qui auront participé à leur manière aux frais du blog. Pour rappel, cet argent sera utilisé en priorité pour payer l'hébergement et le serveur puis s'il y a des restes nous les utiliserons pour récompenser nos auteurs en cadeaux.
Très bonne rentrée à toutes et tous, en espérant que cette année soit fructueuse en articles de qualité !

Édito

Découverte :
La transcriptomique spatiale

Non, on ne va pas partir faire du RNA-seq dans la station spatiale internationale, rassurez-vous. Je vais vous parler de cette (relativement) nouvelle technique qui permet en une seule expérience de mesurer l'expression des gènes et de localiser cette expression dans un organe plus ou moins complexe.
Pour faire une analyse à large échelle du niveau d'expression des gènes dans un tissu, rien ne vaut la transcriptomique...

Suivez l'guide :
Qu'est ce qu'un TAD? (Topological associated domain)

Dans l'article précédent, j'ai parlé des différentes échelles d'organisation de la chromatine mais me suis attardé sur les échelons les plus grands. Cette observation globale de la carte a alors permis de définir la notion de compartiment génomique. Mais comment l'ADN s'organise localement? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chromosomique en zoomant finement sur une région plutôt que regarder un chromosome entier? Aujourd'hui je vous propose de continuer d'en apprendre plus sur le sujet en essayant de comprendre ce qu'est un TAD (pour topological associated domain)...

Didacticiel :
Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager (ou paqueter en français) proprement cet ensemble de scripts R.

Non on ne largue pas une nuée de scripts non commentés, non documentés, avec juste un mail disant "Non mais tu changes tel et tel paramètres et ça fonctionne"...

Astuce :
Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous utilisez. Par exemples, si vous avez une matrice de 50 colonnes et de 20 000 lignes (cas assez fréquent quand il y a une ligne par gène), il y a de forte chances que cette matrice aura plus de lignes qu'il n'y a de pixels sur votre écran -- 1080 pixels verticaux sur un écran HD (à moins bien sûr que vous lisiez ceci dans un futur lointain d'hyper haute définition)...

Suivez l'guide :
Qu'est-ce qu'un compartiment génomique ?

Cette question est la première que m'a posé mon jury de thèse lors de ma soutenance. Aujourd'hui, je vous propose d'y répondre le plus simplement possible.

Pour comprendre cet article, il est probablement nécessaire de connaître les bases du Hi-C, déjà résumées par votre humble serviteur en visualisation, ou en analyse sur ce blog au cours des années passées.

L'organisation spatiale de la chromatine dans le noyau

Définir un compartiment génomique, c'est définir la répartition spatiale (organisation 3D) de la chromatine dans le noyau...

Découverte :
1... 2... 3... 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

Une cellule eucaryote comporte un noyau qui contient l’information génétique portée par les chromosomes, eux même composés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chromosomes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce matériel génétique doit tenir dans le noyau des cellules, qui lui mesure 5 à 7 micromètres de diamètre (en moyenne chez l'Homme). Pour cela, l'ADN va être compacté à l'aide de protéines pour former la chromatine (Fig...

Actualité :
Covid-19 : Des liens utiles pour aider à la recherche contre le SARS-CoV-2

Image par pasja1000 ( licence Pixabay)

Pendant cette pandémie du Covid-19, bon nombre de personnel scientifique voudrait pouvoir apporter un peu d'aide. Voici une liste des liens qui nous sont parvenus.

Covid-19 est la maladie causée par le virus SARS-CoV2, vous verrez apparaître ces deux termes dans les liens ci-bas.

De l'aide à la recherche

Crowd Fight Covid19 :

Des scientifiques demandent de l'aide, et d'autres scientifiques peuvent répondre à leur demandes...

Actualité :
Blagues de bioinformaticiens

Plutôt que de vous coller un poisson en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est difficile avec le confinement), je vous propose plutôt une collection de blagues dont la qualité générale n'est pas nécessairement à la hauteur de la réputation de ce blog.

Un petit rébus : votre code doit l'être.

Les blagounettes

Savez-vous quel est le meilleur ami du biologiste computationnel ? uǝıɥɔ-ıʇɐɯɹoɟuıoıq ǝ˥

Deux bio-informaticiens discutent en marchant, au retour d'une conférence...

Actualité :
La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

Blennie de roux (Parablennius rouxi), poisson cryptobenthique connu en Méditerranée, photographié dans le Parc National des Calanques.Crédit: Emilie Boulanger

Introduction

En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la première carte mondiale de la diversité génétique des poissons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un instrument important pour la préservation des espèces...

Brèves :
Bioinformaticien•ne : un métier toujours d’avenir

Qui d’entre nous ne s’est pas un jour trouvé en situation d’expliquer son métier de bioinformaticien·ne à ses (grand-)parents/cousins/boulangers/copains d’enfance, etc. ?

La Société Française de BioInformatique (SFBI) a initié en 2016 un groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBif). L'objectif principal est de mieux caractériser nos métiers et de les faire connaître aussi bien au grand public qu'aux acteurs en lien avec notre communauté...