9 ans, c'est pas tout neuf ! Et si c'était la dernière ?

Cette année nous n'avons pas soufflé notre neuvième bougie car ce n'est "pas très COVID".

Cette année nous avons regardé derrière nous et nous avons été plutôt fiers de tout ce que nous avons pu faire ici, tous ensemble.

Et cette année enfin et surtout nous nous sommes demandés si cela n'allait pas être la dernière année pour nous. Le temps de tirer notre révérence.

Ce questionnement ne date pas d'aujourd'hui. Cela fait malheureusement depuis quelque temps qu'on remarque que bizarrement notre niveau d'audience monte encore et toujours à chaque nouvelle publication, que vos retours sont excellents via les commentaires et les mails que vous nous laissez mais que parallèlement à cela les nouveaux contributeurs se font de plus en plus rares.

Pour rappel, nous avions démarré cette aventure en 2012 avec une petite dizaine de contributeurs réguliers (qu'on ne remerciera jamais assez pour tout ce qu'ils ont apporté). Sur les premières années d'existence et de diffusion le turn-over des contributeurs s'est réalisé sans trop de problème. L'esprit de partage et de communauté étaient encore bien ancrés.

Mais c'est sur les quatre ou cinq dernières années que nous avons commencé à peiner pour trouver du sang neuf. Notre leitmotiv ayant toujours été de rester simples et sans prise de tête, nous avons fait en sorte de lancer et relancer des appels à contribution (unique ou régulière) sans rentrer dans une campagne excessive.

Force est de constater que notre société a changé : l'humain se referme sur lui et son nombril. L'esprit de communauté n'est peut-être plus aussi "cool" qu'avant, notre modèle (blog communautaire) n'a peut-être plus sa place dans ce monde.

Quoi qu'il en soit, nous avons décidé que cette année servirait de réflexion pour nous comme pour vous chers lecteurs qui souhaiteraient voir le blog se poursuivre. L'année de nos 10 ans sera celle du bilan.

Si jamais il s'avère que le projet intéresse toujours et qu'on trouve des personnes étant en capacité d'alimenter le blog sur des articles one-shot ou sur des séries d'articles, alors l'histoire continuera ! Sinon, on aura tenu 10 ans et on pourra déjà tous être fiers de cette belle aventure qu'aura été bioinfo-fr.net.

Trêve de paroles. Notre destin repose donc entre vos mains. A vous de jouer et de vous manifester si vous en ressentez l'envie. Les commentaires sont là pour les échanges et pour nous joindre par mail (nous répondons toujours) c'est toujours aux mêmes endroits : admin@adressedublog pour les messages généraux ou contribuer@adressedublog pour les demandes d'ouverture de comptes contributeurs. Nous sommes aussi très réactifs sur notre Twitter @BioinfoFr

A très vite !

Édito

Actualité :
Meet-4EU+, le bilan!

Bien le bonjour amis lecteurs. Pour le billet du jour je vous propose une visite dans les coulisses d'un cours/projet déroulé cette année à l'université de la Sorbonne : Meet-4EU+. J'apporterai ainsi mon regard sur l'organisation de cette année, agrémentée de quelques petites anecdotes subjectives.

L'idée de ce cours est de proposer aux étudiants de master 2 de bio-informatique un projet qu'ils devront réaliser et présenter à la fin du semestre à une conférence devant un jury d'experts...

Actualité :
Big Day 2020 : Invitation à un événement de partage autour de la bioinformatique

Que faites-vous le vendredi 27 novembre prochain ? Et pourquoi ne pas réserver ce jour pour découvrir le Big Day 2020 ? C’est un événement gratuit, organisé par des étudiant⋅e⋅s pour des étudiant⋅e⋅s, mais aussi pour n’importe quelle personne intéressée par le domaine de la bioinformatique.

Affiche de l'édition 2020 du BIG Day 2020

Qu'est-ce que le Big Day ?

Le Big Day se veut être une journée de découverte et de partage autour de la bioinformatique...

Découverte :
La transcriptomique spatiale

Non, on ne va pas partir faire du RNA-seq dans la station spatiale internationale, rassurez-vous. Je vais vous parler de cette (relativement) nouvelle technique qui permet en une seule expérience de mesurer l'expression des gènes et de localiser cette expression dans un organe plus ou moins complexe.
Pour faire une analyse à large échelle du niveau d'expression des gènes dans un tissu, rien ne vaut la transcriptomique...

Suivez l'guide :
Qu'est ce qu'un TAD? (Topological associated domain)

Dans l'article précédent, j'ai parlé des différentes échelles d'organisation de la chromatine mais me suis attardé sur les échelons les plus grands. Cette observation globale de la carte a alors permis de définir la notion de compartiment génomique. Mais comment l'ADN s'organise localement? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chromosomique en zoomant finement sur une région plutôt que regarder un chromosome entier? Aujourd'hui je vous propose de continuer d'en apprendre plus sur le sujet en essayant de comprendre ce qu'est un TAD (pour topological associated domain)...

Didacticiel :
Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager (ou paqueter en français) proprement cet ensemble de scripts R.

Non on ne largue pas une nuée de scripts non commentés, non documentés, avec juste un mail disant "Non mais tu changes tel et tel paramètres et ça fonctionne"...

Astuce :
Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous utilisez. Par exemples, si vous avez une matrice de 50 colonnes et de 20 000 lignes (cas assez fréquent quand il y a une ligne par gène), il y a de forte chances que cette matrice aura plus de lignes qu'il n'y a de pixels sur votre écran -- 1080 pixels verticaux sur un écran HD (à moins bien sûr que vous lisiez ceci dans un futur lointain d'hyper haute définition)...

Suivez l'guide :
Qu'est-ce qu'un compartiment génomique ?

Cette question est la première que m'a posé mon jury de thèse lors de ma soutenance. Aujourd'hui, je vous propose d'y répondre le plus simplement possible.

Pour comprendre cet article, il est probablement nécessaire de connaître les bases du Hi-C, déjà résumées par votre humble serviteur en visualisation, ou en analyse sur ce blog au cours des années passées.

L'organisation spatiale de la chromatine dans le noyau

Définir un compartiment génomique, c'est définir la répartition spatiale (organisation 3D) de la chromatine dans le noyau...

Découverte :
1... 2... 3... 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

Une cellule eucaryote comporte un noyau qui contient l’information génétique portée par les chromosomes, eux même composés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chromosomes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce matériel génétique doit tenir dans le noyau des cellules, qui lui mesure 5 à 7 micromètres de diamètre (en moyenne chez l'Homme). Pour cela, l'ADN va être compacté à l'aide de protéines pour former la chromatine (Fig...

Actualité :
Covid-19 : Des liens utiles pour aider à la recherche contre le SARS-CoV-2

Image par pasja1000 ( licence Pixabay)

Pendant cette pandémie du Covid-19, bon nombre de personnel scientifique voudrait pouvoir apporter un peu d'aide. Voici une liste des liens qui nous sont parvenus.

Covid-19 est la maladie causée par le virus SARS-CoV2, vous verrez apparaître ces deux termes dans les liens ci-bas.

De l'aide à la recherche

Crowd Fight Covid19 :

Des scientifiques demandent de l'aide, et d'autres scientifiques peuvent répondre à leur demandes...

Actualité :
Blagues de bioinformaticiens

Plutôt que de vous coller un poisson en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est difficile avec le confinement), je vous propose plutôt une collection de blagues dont la qualité générale n'est pas nécessairement à la hauteur de la réputation de ce blog.

Un petit rébus : votre code doit l'être.

Les blagounettes

Savez-vous quel est le meilleur ami du biologiste computationnel ? uǝıɥɔ-ıʇɐɯɹoɟuıoıq ǝ˥

Deux bio-informaticiens discutent en marchant, au retour d'une conférence...