Migration de notre IRC de Freenode vers Libera

Vous le savez sûrement, Bioinfo-fr ce n'est pas qu'un blog, c'est aussi un salon de discussion (ou chat) en ligne pour discuter en direct. Historiquement, notre salon IRC (Internet Relay Chat) #bioinfo-fr était hébergé sur un réseau nommé Freenode, dédié aux projets et logiciels libres en tous genres. Ce réseau fondé en 1994, comptait en moyenne jusqu'à 50 000 utilisateurs connectés.

Oiseaux qui migrent
Migrons! (CC BY-SA par Nasser Akabab)

En ce mois de juin 2021, suite à un rachat du réseau par une compagnie privée, une majeur partie des administrateurs ont démissionné par crainte du non respect de la philosophie open source du réseau originel. Ces mêmes administrateurs ont créé un nouveau réseau nommé Libera afin que l'esprit Freenode perdure. De nombreux administrateurs se sont posés la question de la migration de leurs canaux de discussion vers le réseau Libera, ce fût également notre cas. Mais récemment, les nouveaux administrateurs Freenode ont décidé de faire table rase et ont supprimé tous les comptes utilisateurs et tous les canaux, nous forçant à réagir.

C'est ainsi que nous avons décidé de migrer vers Libera.

Nous vous demandons donc de ne plus venir vous connecter sur le salon Freenode historique du blog. Ce salon n'est plus modéré par la communauté Bioinfo-fr.

Comment se connecter sur Libera ?

Si vous n'avez aucune idée de comment vous connecter à IRC, n'hésitez pas à relire notre excellent article sur le sujet.

Pour vous connecter via un navigateur web, la nouvelle adresse est: https://web.libera.chat/#bioinfo-fr 

Si vous utilisez un client IRC, vous devrez changer l'adresse du réseau dans les réglages :

  • Serveur: irc.libera.chat (TLS doit être activé!)
  • Port: 6697 ou 6667 (à votre guise)
  • Salon: #bioinfo-fr

Enfin, si vous avez des soucis pour vous connecter, ils ont une FAQ bien faite : https://libera.chat/guides. Par ailleurs on reste évidemment disponibles sur l'adresse admin[@t]bioinfo-fr[d0t]net 😉

Merci à vous tous pour toutes ces années de riches discussions et à très vite sur Libera !

Édito

Opinion :
Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?

7 ans... 7 ans entre l'écriture de mon premier article ici et aujourd'hui. De cette longue route m'est venue l'envie de faire un billet personnel sur pourquoi à mon sens, un blog communautaire a plus d'importance qu'un blog personnel.

Et si tu venais participer toi aussi ?

Les réflexions qui suivent sont totalement personnelles et n'engagent que moi. *

Mon histoire sur ce blog

Sans aucune prétention de profiter de ce billet pour m'auto-interviewer, il me semble important de raconter un peu mon chemin sur cette plateforme avant de donner quelques arguments plus concrets...

Découverte :
Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

Les fichiers .fastq finissant en _001.fastq.gz

Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se demandait pourquoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la plateforme de cloud computing d'Illumina BaseSpace. Mais avant de répondre à cette question pressante, repartons du début.

Les fichiers FASTQ

En cette période de domination du séquençage haut débit de l'ADN, le format de fichier ...

Didacticiel :
Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

Vous connaissez sans doute déjà les notebooks Jupyter [1], ces documents web où l'on peut
rédiger du contenu en Markdown, pouvant contenir des formules mathématiques en LaTeX, mêlées à des cellules de code
Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exécuter au cas par cas de façon interactive. Ils sont pas mal utilisés en
data science pour explorer un jeu de données où créer un modèle de machine learning progressivement, par exemple...

Astuce :
Organiser une conférence en ligne : trucs et astuces

Télétravail et visioconférence, notre nouveau quotidien (source: pixabay)

Organiser une conférence est complexe. Mais organiser une conférence en ligne... c'est TRÈS complexe. Si l'ordinateur qui diffuse la conférence plante... comment prévenir l'audience ? La moindre erreur technique fait d'avantage peur car il devient plus difficile de rebondir et d’expliquer l'issue à la 'salle'...

Actualité :
Meet-4EU+, le bilan!

Bien le bonjour amis lecteurs. Pour le billet du jour je vous propose une visite dans les coulisses d'un cours/projet déroulé cette année à l'université de la Sorbonne : Meet-4EU+. J'apporterai ainsi mon regard sur l'organisation de cette année, agrémentée de quelques petites anecdotes subjectives.

L'idée de ce cours est de proposer aux étudiants de master 2 de bio-informatique un projet qu'ils devront réaliser et présenter à la fin du semestre à une conférence devant un jury d'experts...

Actualité :
Big Day 2020 : Invitation à un événement de partage autour de la bioinformatique

Que faites-vous le vendredi 27 novembre prochain ? Et pourquoi ne pas réserver ce jour pour découvrir le Big Day 2020 ? C’est un événement gratuit, organisé par des étudiant⋅e⋅s pour des étudiant⋅e⋅s, mais aussi pour n’importe quelle personne intéressée par le domaine de la bioinformatique.

Affiche de l'édition 2020 du BIG Day 2020

Qu'est-ce que le Big Day ?

Le Big Day se veut être une journée de découverte et de partage autour de la bioinformatique...

Découverte :
La transcriptomique spatiale

Non, on ne va pas partir faire du RNA-seq dans la station spatiale internationale, rassurez-vous. Je vais vous parler de cette (relativement) nouvelle technique qui permet en une seule expérience de mesurer l'expression des gènes et de localiser cette expression dans un organe plus ou moins complexe.
Pour faire une analyse à large échelle du niveau d'expression des gènes dans un tissu, rien ne vaut la transcriptomique...

Suivez l'guide :
Qu'est ce qu'un TAD? (Topological associated domain)

Dans l'article précédent, j'ai parlé des différentes échelles d'organisation de la chromatine mais me suis attardé sur les échelons les plus grands. Cette observation globale de la carte a alors permis de définir la notion de compartiment génomique. Mais comment l'ADN s'organise localement? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chromosomique en zoomant finement sur une région plutôt que regarder un chromosome entier? Aujourd'hui je vous propose de continuer d'en apprendre plus sur le sujet en essayant de comprendre ce qu'est un TAD (pour topological associated domain)...

Didacticiel :
Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager (ou paqueter en français) proprement cet ensemble de scripts R.

Non on ne largue pas une nuée de scripts non commentés, non documentés, avec juste un mail disant "Non mais tu changes tel et tel paramètres et ça fonctionne"...

Astuce :
Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous utilisez. Par exemples, si vous avez une matrice de 50 colonnes et de 20 000 lignes (cas assez fréquent quand il y a une ligne par gène), il y a de forte chances que cette matrice aura plus de lignes qu'il n'y a de pixels sur votre écran -- 1080 pixels verticaux sur un écran HD (à moins bien sûr que vous lisiez ceci dans un futur lointain d'hyper haute définition)...