Putain, 10 ans !

The birthday cat | Harry Whittier Frees

Voilà une décennie que ce blog existe, et même deux ans de plus pour le canal IRC qui était sa genèse !

Ce projet a été rendu possible grâce à une communauté d'une trentaine d'auteurs initialement motivés pour faire découvrir la bioinfo au monde francophone et répondre aux questions les plus fréquentes qu'ils pouvaient entendre. La pérennité a ensuite été assurée par le renfort de nouveaux venus, apportant avec eux de nouvelles idées d'articles, de formats, et son lot de discussions. Avec cet édito, nous souhaitons remercier chacun d'entre vous, auteurs et lecteurs, nous l'équipe d'admin qui a également variée au cours du temps.

À l'occasion de cet anniversaire exceptionnel, nous allons effectuer une rétrospective sur ces années de connaissances couchées sur pixels. Elle sera également accompagnée des retours de nos anciens auteurs qu'on aura pu recontacter, ainsi que de nos auteurs actuels. N'hésitez pas à nous contacter à admin(AT)bioinfo-fr.net si vous n'avez pas reçu notre mail !

Longue vie au blog !

Édito

Opinion :
Pourquoi je ne lis pas tous les CVs de la même manière

Dans un précédent billet je me suis laissé vagabonder autour de l'idée qu'un bioinformaticien était un data truc comme un autre. Dans ces lignes je vais exprimer pourquoi il est important à mon sens de bien travailler son CV... et ce qui personnellement me fait réfléchir sur la forme de CV liée à nos métiers. On tentera grâce aux humbles relecteurs d'évoquer tous les cas concernant notre formidable métier!

/!\ Warning : Comme toujours dans un article d'opinion, ces paroles n'engagent que moi...

Découverte :
Les mystérieuses cités d'or

La bioinformatique est un domaine de recherche donc, avec régulièrement de nouveaux logiciels et très souvent​​*​ votre premier contact avec ce nouveau logiciel se fait via la forge logiciel GitHub. Sur GitHub la première chose que l'utilisateur voit c'est le Readme (pour plus de détails sur ce fichier aller lire cet excellent billet de blog). Ce fichier qui résume l'objectif du projet/outil, comment le compiler/l'installer/l'utiliser (rayer les mentions inutiles), mais aussi quand c'est un outil de recherche, quelle publication citer quand on a utilisé l'outil...

Suivez l'guide :
Bioinformatique et IA : un premier pas

Intelligence Artificielle, Machine Learning, Deep-Learning, quid du Data-Scientist

DNA matrix genetics | TheDigitalArtist

Intelligence artificielle (IA), Machine learning (Apprentissage machine, pour les francophones), Deep-learning (Apprentissage profond), autant de termes si étrangers et familiers à la fois... Comment se retrouver dans cette jungle de termes techniques ?

Commençons par définir ce qu'est l'IA...

Opinion :
De bioinformaticien à data scientist, un simple pas?

Nombreux parmi nous se retrouvent un jour en fin de master/thèse ou postdoc de bioinformatique. A ce moment là, dans les difficultés de la recherche d'emplois on vient à se demander : "Et si je postulais à toutes ces offres de data scientist ?"Dans ces lignes, je vais donner mon avis de manière libre, sur pourquoi à mon sens c'est possible.

Petite provocation volontaire fortement inspirée d'autres dessins qui permet d'illustrer mon propos

Il n'existe pas un seul profil de bioinformaticien

On va se poser une petite minute et réfléchir tous ensemble à nos amis bioinformaticiens, nos collègues et sur nous même...

Didacticiel :
Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/CD GitLab

Je me suis amusé à écrire une mini librairie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vecteurs, ...) et j'ai eu envie de générer une documentation à partir du code source.

Je me suis renseigné un peu et j'ai découvert Doxygen, un outil écrit en C++ qui permet de générer de la documentation à partir des codes sources de différents langages (C++, Java, etc.).

Cela fonctionne bien, mais la sortie HTML n'est vraiment pas terrible...

Suivez l'guide :
Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles

L'analyse de séquences est au cœur de nombreux domaines de la bio-informatique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se proposant de compter la fréquence en dinucléotides dans quelques génomes d'organismes modèles (avec une petite arrière-pensée derrière la tête).

Qu'est-ce qu'un dinucléotide ?

L'ADN double brins est classiquement structuré sous forme de double hélice, avec deux brins de direction opposée...

Actualité :
Bioinfo-fr.net débarque sur Discord

TLDR; pour les impatients, c'est par là : https://bioinfo-fr.net/discord

On sait, on sait, ça fait des années qu'on nous répète que notre IRC c'est un truc de vieux barbus, que plus personne ne veut s'y mettre, que c'est dépassé. On y pense depuis un moment à rajouter ce nouveau canal de communication, mais il nous fallait d'abord, par respect pour ceux qui chaque jour font l'esprit constant de bioinfo-fr...

Didacticiel :
Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur

Overleaf est le successeur de ShareLaTeX, il résulte de la fusion de l'ancienne version d'Overleaf avec ShareLaTeX.

Il permet d'éditer des documents LaTeX en collaboratif [1].

L'interface se divise en trois parties. Un bandeau pour naviguer dans les fichiers du projet, un éditeur de texte avec coloration syntaxique, et suggestion de commandes LaTeX au fur et à mesure de la saisie, et enfin, un visionneur de pdf pour voir le rendu du code source...

Suivez l'guide :
Manipulation d'intervalles génomiques dans R

Introduction

Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R.

Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des intervalles génomiques. Au niveau le plus basique, un intervalle est défini par deux nombres entiers positifs délimitant son début et sa fin. Nous allons pouvoir ajouter des couches supplémentaires d'informations, telles que les chromosomes et leurs tailles ainsi que le brin...