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Découverte :
Comparaison de structures : le TM-Score

Pour comparer des structures 3D de protéines, nous avons vu le RMSD dans un précédent article. Je vous propose cette semaine de parler du TM-Score décrit par Zhang et Skolnick en 2004.
Alignment of thioredoxins - Emw2012 (CC BY-SA 3.0)
Les bases
Le TM-Score a été développé afin de calculer la qualité des structures de protéines prédites lors de la compétition CASP5. Le but est donc de comparer une prédiction avec un modèle de référence...

Découverte :
Comparaison de structures : le RMSD

En 1973, Anfinsen montrait qu'une protéine se replie en une structure unique et stable. Même si des exceptions existent, cette règle s'applique à la plupart des petites protéines globulaires. La structure des protéines est non seulement stable mais aussi plus conservée que la séquence au cours de l'évolution. En effet, des protéines ayant des séquences très divergentes présentent des repliements similaires...