Catégorie : Découverte
-
Alignement de séquences : bien comprendre l'incontournable algorithme de Needleman-Wunsch
Introduction L'analyse des séquences biologiques (ADN, ARN ou protéines) est un sujet central de la biologie moléculaire et de la bioinformatique. Dans ce cadre, chercher à savoir à quel point deux séquences sont similaires ou dissimilaires est une des questions qu'on se pose le plus souvent (par exemple dans le but d'analyser des relations phylogénétiques).…
-
Des molécules et des données !
Vu que nous sommes sur un blog de bio-informatique, je vous propose aujourd'hui de parler chimie ! Enfin plutôt, chémoinformatique* et quelques notions de la façon dont une molécule est stockée en ligne en fonction des réglementations chimiques et cosmétiques. Je ne suis pas un expert de ce domaine, mais alors vraiment pas du tout. Par…
-
Software Heritage : l'archive universelle des codes sources logiciels
Dans cet article, je vous propose de découvrir Software Heritage, l’archive universelle dédiée à la collecte, la préservation et le partage des codes sources logiciels. En 2021, je suis devenu ambassadeur pour Software Heritage, c’est-à-dire représentant de la communauté bioinformatique, dans l’infrastructure Software Heritage. Pourquoi archiver son code source ? Aujourd’hui, les scientifiques utilisent très souvent des…
-
ABSD : base de données d'anticorps non redondants et standardisés
Les anticorps (immunoglobulines) jouent un rôle crucial dans la réponse immunitaire contre les menaces extérieures, telles les infections virales. Une immunoglobuline est composée de deux molécules en interaction appelées chaîne légère et chaîne lourde : la combinaison d’une chaîne légère et d’une chaîne lourde donne une immunoglobuline (voir Figure 1). Bien que le nombre théorique d'immunoglobulines…
-
Comment l'étude des intensités d'expression de gène a évolué avec les technologies de transcriptomique ?
Cet article est en partie basé sur mon introduction de thèse [0], reformatée pour convenir au format du blog et agrémentée des nouvelles informations pour ne pas être un simple catalogue de connaissances. Qu'il s'agisse du génome entier, du génome de tissus ou du génome de cellules spécifiques, l'étude de la quantité de transcrits produits,…
-
Le jeu de la vie — comment un jeu peut-il aider la biologie ?
À la suite d'un projet réalisé durant ma deuxième année de master, et après avoir vu une excellente vidéo sur ce sujet, j'ai eu envie de partager également ce jeu, aux règles simples, créant la complexité. Ce billet n'a aucun but exhaustif et j'espère qu'il apportera de nouvelles pistes de réflexion pour de futurs chercheurs…
-
La diversité des algorithmes de clustering
Introduction Cette plante est-elle comestible ? Cet animal est-il dangereux ? Classer des choses similaires dans une même catégorie et des choses dissimilaires dans différentes catégories est une idée intuitive que les enfants pratiquent dès le plus jeune âge. On utilise ainsi le même mot, « une chaise » par exemple, pour désigner une très grande variété d’objets possédant…
-
R : représenter des genomic tracks avec Gviz
Si vous analysez des données d'épigénomique telles que de l'ATAC-seq ou des ChIP-seq, vous souhaitez sûrement pouvoir représenter des exemples de pics sous forme de genomic tracks comme on en voit souvent dans les publications. Lorsque l'on inspecte ses données de coverage (ou couverture), on charge généralement le fichier Bam ou le fichier BigWig dans…