Catégorie : Découverte

  • Qu'est-ce que la toxicogénomique ?

    Qu'est-ce que la toxicogénomique ?

    Oyez, oyez humble lec­teur, aujourd'hui je vous pro­pose de par­tir en voyage dans le monde de la toxi­co­lo­gie. À quoi peut bien ser­vir les don­nées OMICS pour un toxi­co­logue ? Hé bien, à faire de la toxi­co­gé­no­mique par­di ! Dans ce billet je vous pro­pose une petite porte sur ce domaine d'application des omics et de se…

  • Les mystérieuses cités d'or

    Les mystérieuses cités d'or

    La bio­in­for­ma­tique est un domaine de recherche donc, avec régu­liè­re­ment de nou­veaux logi­ciels et très souvent​​*​ votre pre­mier contact avec ce nou­veau logi­ciel se fait via la forge logi­ciel GitHub. Sur GitHub la pre­mière chose que l'utilisateur voit c'est le Readme (pour plus de détails sur ce fichier aller lire cet excellent billet de blog).…

  • Métabarcodes de l'ADN environnemental

    Métabarcodes de l'ADN environnemental

    L'une des tech­no­lo­gies en géno­mique les plus pro­met­teuses pour l'évaluation de la bio­di­ver­si­té est le méta­bar­code (de l'anglais meta­bar­co­ding) de l'ADN envi­ron­ne­men­tal (ADNe). J'ai tra­vaillé lon­gue­ment sur ces méthodes et déve­lop­pé plu­sieurs work­flows pour trai­ter et ana­ly­ser les don­nées de méta­bar­codes. J'ai notam­ment été en charge du trai­te­ment des don­nées géno­miques récol­tées par l’expédition scien­ti­fique…

  • Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

    Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

    Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se deman­dait pour­quoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la pla­te­forme de cloud com­pu­ting d'Illumina BaseS­pace. Mais avant de répondre à cette ques­tion pres­sante, repar­tons du début. Les fichiers FASTQ En cette période de domi­na­tion du séquen­çage haut débit de l'ADN,…

  • La transcriptomique spatiale

    La transcriptomique spatiale

    Non, on ne va pas par­tir faire du RNA-seq dans la sta­tion spa­tiale inter­na­tio­nale, ras­su­rez-vous. Je vais vous par­ler de cette (rela­ti­ve­ment) nou­velle tech­nique qui per­met en une seule expé­rience de mesu­rer l'expression des gènes et de loca­li­ser cette expres­sion dans un organe plus ou moins com­plexe. Pour faire une ana­lyse à large échelle du…

  • 1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

    1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

    Une cel­lule euca­ryote com­porte un noyau qui contient l’information géné­tique por­tée par les chro­mo­somes, eux même com­po­sés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chro­mo­somes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce maté­riel géné­tique doit tenir dans le noyau des cel­lules, qui lui mesure 5 à 7 micro­mètres de dia­mètre (en moyenne…

  • Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

    Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

    Titre incluant un moyen mné­mo­tech­nique ;D Avec ses cercles entre­croi­sés, on ne pré­sente plus le célèbre dia­gramme de Venn. Cette repré­sen­ta­tion est uti­li­sée dans le cas où l'on sou­haite repré­sen­ter le recou­pe­ment de don­nées de nombre fini selon plu­sieurs variables qua­li­ta­tives. De façon plus simple lorsqu'on a 2 variables qua­li­ta­tives : com­bien d'éléments pré­sents dans la…

  • Génomique des paysages

    Génomique des paysages

    Introduction « Géno­mique des pay­sages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une dis­ci­pline scien­ti­fique qui a connu une expan­sion ful­gu­rante au cours de la der­nière décen­nie. Les enjeux envi­ron­ne­men­taux et de conver­sa­tion actuels ont ren­dus pres­sante la néces­si­té de mieux com­prendre et décrire les espèces…

  • Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

    Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

    Le cinquième va vous étonner ! Introduction : l'olfaction, un sens assez bien compris et compréhensible L’olfaction n'est peut-être pas le plus noble des sens, com­pa­ré à la vue ou l’ouïe par exemple, mais il s'agit d'un sens assez bien com­pris aujourd'hui. C'est notam­ment grâce aux tra­vaux des bio­lo­gistes Lin­da B. Buck et Richard Axel, récom­pen­sés par…