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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Découverte

  • Alignement de séquences : bien comprendre l'incontournable algorithme de Needleman-Wunsch

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    par

    Évoluscope
    dans ,
    Alignement de séquences : bien comprendre l'incontournable algorithme de Needleman-Wunsch

    Introduction L'analyse des séquences bio­lo­giques (ADN, ARN ou pro­téines) est un sujet cen­tral de la bio­lo­gie molé­cu­laire et de la bio­in­for­ma­tique. Dans ce cadre, cher­cher à savoir à quel point deux séquences sont simi­laires ou dis­si­mi­laires est une des ques­tions qu'on se pose le plus sou­vent (par exemple dans le but d'analyser des rela­tions phy­lo­gé­né­tiques).…

  • Des molécules et des données !

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    par

    Léopold Carron
    dans
    Des molécules et des données !

    Vu que nous sommes sur un blog de bio-infor­ma­tique, je vous pro­pose aujourd'hui de par­ler chi­mie ! Enfin plu­tôt, ché­mo­in­for­ma­tique* et quelques notions de la façon dont une molé­cule est sto­ckée en ligne en fonc­tion des régle­men­ta­tions chi­miques et cos­mé­tiques. Je ne suis pas un expert de ce domaine, mais alors vrai­ment pas du tout. Par…

  • Software Heritage : l'archive universelle des codes sources logiciels

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    par

    Pierre Poulain
    dans ,
    Software Heritage : l'archive universelle des codes sources logiciels

    Dans cet article, je vous pro­pose de décou­vrir Soft­ware Heri­tage, l’archive uni­ver­selle dédiée à la col­lecte, la pré­ser­va­tion et le par­tage des codes sources logi­ciels. En 2021, je suis deve­nu ambas­sa­deur pour Soft­ware Heri­tage, c’est-à-dire repré­sen­tant de la com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique, dans l’infrastructure Soft­ware Heri­tage. Pourquoi archiver son code source ? Aujourd’hui, les scien­ti­fiques uti­lisent très sou­vent des…

  • ABSD : base de données d'anticorps non redondants et standardisés

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    par

    Nico M.
    dans , ,
    ABSD : base de données d'anticorps non redondants et standardisés

    Les anti­corps (immu­no­glo­bu­lines) jouent un rôle cru­cial dans la réponse immu­ni­taire contre les menaces exté­rieures, telles les infec­tions virales. Une immu­no­glo­bu­line est com­po­sée de deux molé­cules en inter­ac­tion appe­lées chaîne légère et chaîne lourde : la com­bi­nai­son d’une chaîne légère et d’une chaîne lourde donne une immu­no­glo­bu­line (voir Figure 1). Bien que le nombre théo­rique d'immunoglobulines…

  • Comment l'étude des intensités d'expression de gène a évolué avec les technologies de transcriptomique ?

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    par

    Gwenaelle
    dans
    Comment l'étude des intensités d'expression de gène a évolué avec les technologies de transcriptomique ?

    Cet article est en par­tie basé sur mon intro­duc­tion de thèse [0], refor­ma­tée pour conve­nir au for­mat du blog et agré­men­tée des nou­velles infor­ma­tions pour ne pas être un simple cata­logue de connais­sances. Qu'il s'agisse du génome entier, du génome de tis­sus ou du génome de cel­lules spé­ci­fiques, l'étude de la quan­ti­té de trans­crits pro­duits,…

  • Le jeu de la vie — comment un jeu peut-il aider la biologie ?

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    par

    Ista
    dans
    Le jeu de la vie — comment un jeu peut-il aider la biologie ?

    À la suite d'un pro­jet réa­li­sé durant ma deuxième année de mas­ter, et après avoir vu une excel­lente vidéo sur ce sujet, j'ai eu envie de par­ta­ger éga­le­ment ce jeu, aux règles simples, créant la com­plexi­té. Ce billet n'a aucun but exhaus­tif et j'espère qu'il appor­te­ra de nou­velles pistes de réflexion pour de futurs cher­cheurs…

  • La diversité des algorithmes de clustering

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    par

    Évoluscope
    dans ,
    La diversité des algorithmes de clustering

    Introduction Cette plante est-elle comestible ? Cet animal est-il dangereux ? Classer des choses similaires dans une même catégorie et des choses dissimilaires dans différentes catégories est une idée intuitive que les enfants pratiquent dès le plus jeune âge. On utilise ainsi le même mot, « une chaise » par exemple, pour désigner une très grande variété d’objets possédant…

  • R : représenter des genomic tracks avec Gviz

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    par

    Isabelle S. (ZaZo0o)
    dans ,
    R : représenter des genomic tracks avec Gviz

    Si vous ana­ly­sez des don­nées d'épigénomique telles que de l'ATAC-seq ou des ChIP-seq, vous sou­hai­tez sûre­ment pou­voir repré­sen­ter des exemples de pics sous forme de geno­mic tracks comme on en voit sou­vent dans les publi­ca­tions. Lorsque l'on ins­pecte ses don­nées de cove­rage (ou cou­ver­ture), on charge géné­ra­le­ment le fichier Bam ou le fichier Big­Wig dans…

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