Actualité :
Petit panel des journées bioinformatiques organisées par les masters en France!

En collaboration avec JeBiF et dans le cadre des bioinformations , nous mettons aujourd'hui des initiatives locales de masters à l'honneur ! Plusieurs masters ont, petit à petit, structuré leurs activités et créé des journées dédiées à la bioinformatique.

Nous partagerons (sans modération 😉 ) les retours que nous ont fournis 3 villes : Rennes, Montpellier et Bordeaux. Chacun de ces articles est la version complète de ceux proposés dans les bioinformations du mois de mars prochain, qui, pour des raisons éditoriales, ne permettent pas de restituer l'intégralité de ces retranscriptions.

Nous ne sommes pas les auteur.e.s de ces articles, ils sont précisés en début de chaque partie.

 

Retour du Big Day (Journée organisée à Rennes pour la remise des diplômes)

Auteur.e.s : Olivier Dameron, Christian Delamarche, Emmanuelle Becker

La remise des diplômes aux étudiants de la promotion 2016 du master BIG (BioInformatique et Génomique) a eu lieu lors du troisième Big Day le 18 novembre 2016. C'était également l'occasion de célébrer la 15ème promotion depuis la création de la formation à Rennes. Pour l'événement, la marraine était Julie Thompson (ICube, Stasbourg), après Francis Galibert (IGDR, Rennes) en 2014 et Manolo Gouy (LBBE, Lyon) en 2015.

Fidèle à la tradition, ce troisième Big Day a été organisé principalement par les étudiants de seconde et de première année. C'était l'occasion de réunir les étudiants nouvellement diplômés, leurs familles, les étudiants actuels et les anciens, soit environ une centaine de personnes. Pour l'occasion, l'événement était organisé dans le cadre remarquable du "Pôle Numérique Rennes Beaulieu (PNRB)".

La journée a été bien remplie, de 9h à presque 19h avec des interventions d'anciens étudiants venus présenter leur parcours d'avant et d'après master. De nombreux anciens étudiants n'ayant pu se déplacer avaient
envoyé des messages amicaux, écrits, diaporisés ou filmés qui ont été présentés au cours de la journée. Dans la matinée, le professeur Pierre-Antoine Gourraud  (UMR_S 1064, Nantes) a donné une conférence très appréciée sur la médecine personnalisée appliquée aux scléroses multiples. La pause déjeuner était animée par les étudiants de première année dans le cadre d'une session de posters sur leurs travaux antérieurs ou sur les sujets de stages réalisés par leurs aînés. L'après-midi, une table ronde a servi de prétexte pour discuter des matières enseignées et de celle qui pourraient l'être.

Nous avons profité du BIG DAY pour faire une présentation de la nouvelle formule du master (mention bioinformatique ) qui entrera en vigueur en septembre 2017 avec les trois parcours "Analyse de données génomiques", "BioInformatique en santé" et "Informatique et Biologie Intégrative", avec des spécialisations respectives en génomique, santé et informatique.

Enfin, avant la remise des diplômes, Julie Thompson a donné une conférence invitée sur la bioinformatique translationnelle et les leçons de la génomique comparative. Merci à elle pour sa passionnante intervention ainsi pour son action de marrainage de la promotion 2016 du master BIG. Félicitations aux diplômés et encore merci aux étudiants pour leur implication et leur motivation qui ont fait que cette journée a été riche en échanges.

Avis de Wesley Delage sur cette journée (représentant de E-Bigo, association de bioinformatique locale) :

"La collaboration entre des étudiants en master et une équipe d'enseignants chercheurs motivés a permis la mise en place d'un événement autour de la Bioinformatique à Rennes : le BIG DAY. Il serait difficile de décrire cet événement comme un simple colloque scientifique tant il regroupe et mobilise différents acteurs : étudiants, anciens étudiants, chercheurs ou toute personne intéressée par le domaine de la Bioinformatique.

La participation de l'association E-BIGO dans ce projet a permis de révéler la volonté des étudiants à sortir des sentiers battus de la formation pour organiser, apprendre, échanger, découvrir, rencontrer, débattre au cours de ce jour qu'est le BIG DAY.

Cette année sonnait les quinze ans du master Bioinformatique et Génomique de l'Université de Rennes 1. À cette occasion, les premières promotions du master aux dernières se sont mobilisées pour partager leurs expériences et faire un bilan sur comment la Bioinformatique avait évolué depuis leur formation.

Nous avons eu l’honneur d’accueillir Julie Thompson1 comme marraine et Pierre Antoine Gourraud2. Leurs conférences ont permis à tous de découvrir ou redécouvrir la portée du domaine de la Bioinformatique, mais aussi les limites et les verrous auxquels les chercheurs font face et que nous aurons à surpasser demain.

Se perfectionnant d'année en année, cet événement est amené à devenir un incontournable pour les personnes intéressées de près ou de loin au domaine de la Bioinformatique aussi large soit-il.

1 Directeur de Recherche CNRS au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie de l'Université de Strasbourg.

2 Professeur à l'Université de Californie San Francisco (UCSF - Etats-Unis)

Les "Montpellier Omics Days" (MOD) - 6 et 7 février 2017 : « Le futur du séquençage NGS et Cancer »

Auteurs : Organisateurs des MOD2017

Les 6 et 7 février dernier a eu lieu la 5èmeédition des « Montpellier Omics Days » sur le campus de la Faculté des Sciences. Les MODs sont des manifestations scientifiques gratuites ouvertes à tout public intéressé par les dernières avancées technologiques et approches d’analyse des données issues des Sciences du Omique.

Les MODs est une Initiative lancée en 2013 par Alban Mancheron. Cette initiative a été ensuite reprise dès 2014 par Anna-Sophie Fiston-Lavier, qui de part son expertise, a su donner de l’ampleur au mouvement. Le nombre de participants a doublé chaque année pour atteindre cette année les 250 participants.

La particularité des MOD est que ce sont les étudiants de Master de la Faculté des Sciences de l’Université de Montpellier qui ont la lourde charge de l’organiser.

Encadrés par Anna-Sophie Fiston-Lavier, les étudiants M2 du parcours « Bioinformatique, Connaissances, Données » (BCD) du Master Sciences et Numérique pour la Santé (SNS), rejoints depuis 2016 par les étudiants de M1 du Master Statistique pour les Sciences de la Vie (SSV) ont organisé les MOD2017 incluant la recherche de finances à la mise en place du programme scientifique.

Pour cette 5ème édition, les étudiants ont proposé une manifestation sur deux jours :

  • Le lundi 6 février a eu lieu une journée séminaire avec des orateurs invités qui ont parlé des dernières avancées en terme de séquençage et en terme de recherche contre le Cancer. Les participants ont ainsi pu écouter Mickael Ploquin, le représentant français de la nouvelle compagnie 10X genomics, qui propose une nouvelle approche de séquençage basée sur du séquençage Illumina pour l’obtention de long reads synthétique ou encore Jacques Colinge qui a montré la puissance et complexité de la protéomique pour la recherche contre le cancer. Cette journée s’est finie par une table ronde autour de l’e-science et des BigData animée par Julien Maupetit (TailorDev) et Pascal Poncelet.
  • Le mardi 7 février a eu lieu une journée de formation toujours organisée par les étudiants. Cette année, les étudiants se sont organisés en deux groupes de niveau. Ils ont proposé une formation à l’environnement UNIX, avec découverte de la plateforme Galaxie et initiation à R pour le premier niveau, et pour le deuxième niveau une formation à l’analyse de données de séquençage (NGS).

Pour de plus amples informations, nous vous invitons à visiter le site des MOD2017 : https://mod2017.fr.

Un grand bravo aux organisateurs pour cette belle manifestation de formation et scientifique !

Retour du Colloque ”Les Futurs de la Bioinformatique” (Journée organisé à Bordeaux)

Auteur.e.s : Association du Master de Bioinformatique de Bordeaux  (représenté par Léo Grosjean)

L’Association du Master Bioinformatique de Bordeaux (AMBB) a organisé son premier colloque sur la thématique : ”Les futurs de la bioinformatique ”. Il a eu lieu le Jeudi 08 Décembre 2016, sur le campus de Talence de l’Université de Bordeaux.

Cette demi-journée avait pour but de donner l’occasion aux étudiants du master de bioinformatique de Bordeaux, ainsi qu’aux étudiants de biologie intéressés par le domaine de la bioinformatique de venir assister à des conférences de professionnels qui ont présenté leurs différents parcours et ont ainsi montré les différentes possibilités qui peuvent s’offrir dans la carrière d’un bioinformaticien.
Furent présents en tant qu’intervenants :

  • Yoann Mouscaz, Bioinformaticien/Software developer au sein de l’Institut de Recherche Technologique BIOASTER et créateur du site Bioinfo-fr.net
  • Stéphane Rouillé, manager de projet dans la société Parametric Technology Corporation
  • David Peyruc, président et directeur général de DEXSTR
  • Carlo Lucchesi, coordinateur de projets bioinformatique à l’institut Bergonié
  • Philippe Monget, Docteur vétérinaire, directeur de recherches Inra, responsable du GIS AGENAE (Analyse du Genome des Animaux d’Elevage)

Déroulement de la journée

Après un repas le midi entre les intervenants, les membres organisateurs de l’AMBB, et les professeurs du master bioinformatique présents, qui a permis de faire connaissance, et de goûter aux chef-d’oeuvres culinaires préparés avec soin par l’AMBB, les interventions ont commencés en amphithéâtre, sous le format de 30 minutes de présentation par intervenant.

Cela a permis aux étudiants de découvrir un large panel de domaines ayant recours à des bioinformaticiens, ainsi que de se confronter à la réalité du monde professionnel, souvent oubliée mais pourtant essentielle pour une bonne insertion dans la vie active. Suite à leurs interventions, et après une petite collation préparée par les étudiants du master bioinformatique, une séance de questions/réponses sous forme d’une ”table ronde” de 1H30 avec les différents intervenants à permis au public de poser toutes les questions apportées suites aux interventions sur le domaine de la bioinformatique.

Cela a permis d’instaurer un débat sur l’avenir de la bioinformatique en tant que telle. La question la plus souvent reprise étant de savoir si ce domaine tendait plus vers la biologie ou l’informatique. Enfin, la journée s’est achevée A 19H, par un JEBIF Pub organisé au Meltdown de Bordeaux qui a permis, jusqu’à 1H et dans une ambiance détendue, de continuer les discussions sur les différents sujets abordés. La présence de Yoann Mouscaz a aussi permis aux personnes présentes d’obtenir plus de renseignements, et des conseils sur l’évolution du monde professionnel et du marché du travail.

Retours étudiants

Même si la majorité de l’auditoire était composée des étudiants du master bioinformatique de Bordeaux, l’évènement à quand même réussi a toucher quelques personnes extérieures, curieuses d’en découvrir plus. Il a été plaisant pour nous de constater que ce colloque a vraiment été apprécié par les étudiants qui se sont révélés curieux et attentifs à chaque présentation, et n’ont pas hésité à avancer leur point de vue, arguments et questions lors de la table ronde. Nous sommes aussi ravis de voir que le JeBif Pub ait bien fonctionné. De quoi prouver encore plus la motivation et la curiosité entourant les étudiants du cursus.
Retours intervenants

Nous sommes heureux de constater que les retours des intervenants sont tout aussi positifs, comme le prouvent ces quelques mails :

c’est à moi de vous remercier encore une fois pour l’invitation, l’accueil et l’organisation de ce très bon colloque ! Continuez comme ça, vous êtes vraiment en train de monter quelque chose de super utile et important. Je vous le redis : n’hésitez pas à me contacter si vous avez besoin de prendre contact avec d’autres anciens. Yoann Mouscaz

 

Je tiens à mon tour à vous féliciter pour l’organisation du colloque qui a été vraiment un très agréable moment pour moi.[...]Concernant votre association, continuez à la développer même si au début c’est beaucoup de travail mais vous êtes sur la bonne voie. Si vous avez besoin d’avis extérieurs n’hésitez pas à me solliciter. David Peyruc

 

j’ai eu le temps de repenser à la journée d’hier et tenais à vous remercier pour l’organisation. J’ai bcp apprécié l’échange que nous avons eu avec l’ensemble des participants. J’espère que nous avons répondu à vos attentes/questions. Nous serions également preneurs de tous les retours que vous , et l’ensemble des participants pourrez nous faire. Cela nous permettra d’améliorer nos interventions à l’avenir. Encore merci, ayez confiance en vous et en vos capacités ! Vous les avez déjà démontrées hier ! Stéphane Rouillé

Tout ces avis positifs ne font que nous encourager pour réitérer un événement similaire l’année prochaine. En espérant pouvoir faire tout aussi bien voir même mieux !

Remerciements

Je tiens à remercier tout d’abord Stéphane Rouillé, David Peyruc, Carlo Lucchesi et Philippe Monget, pour avoir participé à ce colloque et fait découvrir leurs expériences professionnelles respectives, à Yoann Mouscaz pour avoir eu la gentillesse de rester pour le JeBif pub et ainsi continuer les discussions quant à son parcours avec les étudiants présents. Je remercie également Savandara Besse, Sapho Aupetit, et Jérémy Le Coz, pour avoir organisé brillamment ce premier colloque de l’AMBB, et ce dés la première année d’existence de l’AMBB, ainsi que Pierre Ortalo et Amélie Laporte pour leur aide apportée, notamment au niveau de l’organisation et de la préparation des repas.

De plus, je remercie Marie Beurton-Aimar, Jean-Christophe Taveau et Patricia Thébaud pour leur soutien apporté dans l’organisation de la journée, et permis la tenue de cet événement en libérant les étudiant du master de tout cours lors de l’après-midi. Enfin un grand merci à toutes les personnes que ce colloque a rassemblé, qui nous prouvent que cette première expérience n’est que le début de ce que l’on espère être un événement pérenne dans le temps. Je vous dit à l’année prochaine, car nous travaillons déjà pour préparer la suite !

  • À propos de
  • Après une prépa BCPST et une licence de bio à l'ENS Cachan, j'ai suivi le master BIBS à l'Université Paris-Sud je suis actuellement des cours de la licence d'informatique de l'ENS Cachan

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