En col­la­bo­ra­tion avec JeBiF et dans le cadre des bio­in­for­ma­tions , nous met­tons aujourd'hui des ini­tia­tives locales de mas­ters à l'honneur ! Plu­sieurs mas­ters ont, petit à petit, struc­tu­ré leurs acti­vi­tés et créé des jour­nées dédiées à la bio­in­for­ma­tique.

Nous par­ta­ge­rons (sans modé­ra­tion 😉 ) les retours que nous ont four­nis 3 villes : Rennes, Mont­pel­lier et Bor­deaux. Cha­cun de ces articles est la ver­sion com­plète de ceux pro­po­sés dans les bio­in­for­ma­tions du mois de mars pro­chain, qui, pour des rai­sons édi­to­riales, ne per­mettent pas de res­ti­tuer l'intégralité de ces retrans­crip­tions.

Nous ne sommes pas les auteur.e.s de ces articles, ils sont pré­ci­sés en début de chaque par­tie.

 

Retour du Big Day (Journée organisée à Rennes pour la remise des diplômes)

Auteur.e.s : Oli­vier Dame­ron, Chris­tian Dela­marche, Emma­nuelle Becker

La remise des diplômes aux étu­diants de la pro­mo­tion 2016 du mas­ter BIG (Bio­In­for­ma­tique et Géno­mique) a eu lieu lors du troi­sième Big Day le 18 novembre 2016. C'était éga­le­ment l'occasion de célé­brer la 15ème pro­mo­tion depuis la créa­tion de la for­ma­tion à Rennes. Pour l'événement, la mar­raine était Julie Thomp­son (ICube, Stas­bourg), après Fran­cis Gali­bert (IGDR, Rennes) en 2014 et Mano­lo Gouy (LBBE, Lyon) en 2015.

Fidèle à la tra­di­tion, ce troi­sième Big Day a été orga­ni­sé prin­ci­pa­le­ment par les étu­diants de seconde et de pre­mière année. C'était l'occasion de réunir les étu­diants nou­vel­le­ment diplô­més, leurs familles, les étu­diants actuels et les anciens, soit envi­ron une cen­taine de per­sonnes. Pour l'occasion, l'événement était orga­ni­sé dans le cadre remar­quable du "Pôle Numé­rique Rennes Beau­lieu (PNRB)".

La jour­née a été bien rem­plie, de 9h à presque 19h avec des inter­ven­tions d'anciens étu­diants venus pré­sen­ter leur par­cours d'avant et d'après mas­ter. De nom­breux anciens étu­diants n'ayant pu se dépla­cer avaient
envoyé des mes­sages ami­caux, écrits, dia­po­ri­sés ou fil­més qui ont été pré­sen­tés au cours de la jour­née. Dans la mati­née, le pro­fes­seur Pierre-Antoine Gour­raud  (UMR_​S 1064, Nantes) a don­né une confé­rence très appré­ciée sur la méde­cine per­son­na­li­sée appli­quée aux sclé­roses mul­tiples. La pause déjeu­ner était ani­mée par les étu­diants de pre­mière année dans le cadre d'une ses­sion de pos­ters sur leurs tra­vaux anté­rieurs ou sur les sujets de stages réa­li­sés par leurs aînés. L'après-midi, une table ronde a ser­vi de pré­texte pour dis­cu­ter des matières ensei­gnées et de celle qui pour­raient l'être.

Nous avons pro­fi­té du BIG DAY pour faire une pré­sen­ta­tion de la nou­velle for­mule du mas­ter (men­tion bio­in­for­ma­tique ) qui entre­ra en vigueur en sep­tembre 2017 avec les trois par­cours "Ana­lyse de don­nées géno­miques", "Bio­In­for­ma­tique en san­té" et "Infor­ma­tique et Bio­lo­gie Inté­gra­tive", avec des spé­cia­li­sa­tions res­pec­tives en géno­mique, san­té et infor­ma­tique.

Enfin, avant la remise des diplômes, Julie Thomp­son a don­né une confé­rence invi­tée sur la bio­in­for­ma­tique trans­la­tion­nelle et les leçons de la géno­mique com­pa­ra­tive. Mer­ci à elle pour sa pas­sion­nante inter­ven­tion ain­si pour son action de mar­rai­nage de la pro­mo­tion 2016 du mas­ter BIG. Féli­ci­ta­tions aux diplô­més et encore mer­ci aux étu­diants pour leur impli­ca­tion et leur moti­va­tion qui ont fait que cette jour­née a été riche en échanges.

Avis de Wes­ley Delage sur cette jour­née (repré­sen­tant de E‑Bigo, asso­cia­tion de bio­in­for­ma­tique locale) :

"La col­la­bo­ra­tion entre des étu­diants en mas­ter et une équipe d'enseignants cher­cheurs moti­vés a per­mis la mise en place d'un évé­ne­ment autour de la Bio­in­for­ma­tique à Rennes : le BIG DAY. Il serait dif­fi­cile de décrire cet évé­ne­ment comme un simple col­loque scien­ti­fique tant il regroupe et mobi­lise dif­fé­rents acteurs : étu­diants, anciens étu­diants, cher­cheurs ou toute per­sonne inté­res­sée par le domaine de la Bio­in­for­ma­tique.

La par­ti­ci­pa­tion de l'association E‑BIGO dans ce pro­jet a per­mis de révé­ler la volon­té des étu­diants à sor­tir des sen­tiers bat­tus de la for­ma­tion pour orga­ni­ser, apprendre, échan­ger, décou­vrir, ren­con­trer, débattre au cours de ce jour qu'est le BIG DAY.

Cette année son­nait les quinze ans du master Bio­in­for­ma­tique et Géno­mique de l'Université de Rennes 1. À cette occa­sion, les pre­mières pro­mo­tions du mas­ter aux der­nières se sont mobi­li­sées pour par­ta­ger leurs expé­riences et faire un bilan sur com­ment la Bio­in­for­ma­tique avait évo­lué depuis leur for­ma­tion.

Nous avons eu l’honneur d’accueillir Julie Thomp­son¹ comme mar­raine et Pierre Antoine Gour­raud². Leurs confé­rences ont per­mis à tous de décou­vrir ou redé­cou­vrir la por­tée du domaine de la Bio­in­for­ma­tique, mais aus­si les limites et les ver­rous aux­quels les cher­cheurs font face et que nous aurons à sur­pas­ser demain.

Se per­fec­tion­nant d'année en année, cet évé­ne­ment est ame­né à deve­nir un incon­tour­nable pour les per­sonnes inté­res­sées de près ou de loin au domaine de la Bio­in­for­ma­tique aus­si large soit-il.

¹ Direc­teur de Recherche CNRS au Labo­ra­toire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie de l'Université de Stras­bourg.

² Pro­fes­seur à l'Université de Cali­for­nie San Fran­cis­co (UCSF — Etats-Unis)

Les "Montpellier Omics Days" (MOD) — 6 et 7 février 2017 : « Le futur du séquençage NGS et Cancer »

Auteurs : Orga­ni­sa­teurs des MOD2017

Les 6 et 7 février der­nier a eu lieu la 5^èmeédi­tion des « Mont­pel­lier Omics Days » sur le cam­pus de la Facul­té des Sciences. Les MODs sont des mani­fes­ta­tions scien­ti­fiques gra­tuites ouvertes à tout public inté­res­sé par les der­nières avan­cées tech­no­lo­giques et approches d’analyse des don­nées issues des Sciences du Omique.

Les MODs est une Ini­tia­tive lan­cée en 2013 par Alban Man­che­ron. Cette ini­tia­tive a été ensuite reprise dès 2014 par Anna-Sophie Fis­ton-Lavier, qui de part son exper­tise, a su don­ner de l’ampleur au mou­ve­ment. Le nombre de par­ti­ci­pants a dou­blé chaque année pour atteindre cette année les 250 par­ti­ci­pants.

La par­ti­cu­la­ri­té des MOD est que ce sont les étu­diants de Mas­ter de la Facul­té des Sciences de l’Uni­ver­si­té de Mont­pel­lier qui ont la lourde charge de l’organiser.

Enca­drés par Anna-Sophie Fis­ton-Lavier, les étu­diants M2 du par­cours « Bio­in­for­ma­tique, Connais­sances, Don­nées » (BCD) du Mas­ter Sciences et Numé­rique pour la San­té (SNS), rejoints depuis 2016 par les étu­diants de M1 du Mas­ter Sta­tis­tique pour les Sciences de la Vie (SSV) ont orga­ni­sé les MOD2017 incluant la recherche de finances à la mise en place du pro­gramme scien­ti­fique.

Pour cette 5ème édi­tion, les étu­diants ont pro­po­sé une mani­fes­ta­tion sur deux jours :

• Le lun­di 6 février a eu lieu une jour­née sémi­naire avec des ora­teurs invi­tés qui ont par­lé des der­nières avan­cées en terme de séquen­çage et en terme de recherche contre le Can­cer. Les par­ti­ci­pants ont ain­si pu écou­ter Mickael Plo­quin, le repré­sen­tant fran­çais de la nou­velle com­pa­gnie 10X geno­mics, qui pro­pose une nou­velle approche de séquen­çage basée sur du séquen­çage Illu­mi­na pour l’obtention de long reads syn­thé­tique ou encore Jacques Colinge qui a mon­tré la puis­sance et com­plexi­té de la pro­téo­mique pour la recherche contre le can­cer. Cette jour­née s’est finie par une table ronde autour de l’e‑science et des Big­Da­ta ani­mée par Julien Mau­pe­tit (Tai­lor­Dev) et Pas­cal Pon­ce­let.
• Le mar­di 7 février a eu lieu une jour­née de for­ma­tion tou­jours orga­ni­sée par les étu­diants. Cette année, les étu­diants se sont orga­ni­sés en deux groupes de niveau. Ils ont pro­po­sé une for­ma­tion à l’environnement UNIX, avec décou­verte de la pla­te­forme Galaxie et ini­tia­tion à R pour le pre­mier niveau, et pour le deuxième niveau une for­ma­tion à l’analyse de don­nées de séquen­çage (NGS).

Pour de plus amples infor­ma­tions, nous vous invi­tons à visi­ter le site des MOD2017 : https://​mod2017​.fr.

Un grand bra­vo aux orga­ni­sa­teurs pour cette belle mani­fes­ta­tion de for­ma­tion et scien­ti­fique !

Retour du Colloque ”Les Futurs de la Bioinformatique” (Journée organisé à Bordeaux)

Auteur.e.s : Asso­cia­tion du Mas­ter de Bio­in­for­ma­tique de Bor­deaux  (repré­sen­té par Léo Gros­jean)

L’Association du Mas­ter Bio­in­for­ma­tique de Bor­deaux (AMBB) a orga­ni­sé son pre­mier col­loque sur la thé­ma­tique : ”Les futurs de la bio­in­for­ma­tique ”. Il a eu lieu le Jeu­di 08 Décembre 2016, sur le cam­pus de Talence de l’Université de Bor­deaux.

Cette demi-jour­née avait pour but de don­ner l’occasion aux étu­diants du mas­ter de bio­in­for­ma­tique de Bor­deaux, ain­si qu’aux étu­diants de bio­lo­gie inté­res­sés par le domaine de la bio­in­for­ma­tique de venir assis­ter à des confé­rences de pro­fes­sion­nels qui ont pré­sen­té leurs dif­fé­rents par­cours et ont ain­si mon­tré les dif­fé­rentes pos­si­bi­li­tés qui peuvent s’offrir dans la car­rière d’un bio­in­for­ma­ti­cien.
Furent pré­sents en tant qu’intervenants :

• Yoann Mous­caz, Bioinformaticien/​Software deve­lo­per au sein de l’Institut de Recherche Tech­no­lo­gique BIOASTER et créa­teur du site Bioin​fo​-fr​.net
• Sté­phane Rouillé, mana­ger de pro­jet dans la socié­té Para­me­tric Tech­no­lo­gy Cor­po­ra­tion
• David Pey­ruc, pré­sident et direc­teur géné­ral de DEXSTR
• Car­lo Luc­che­si, coor­di­na­teur de pro­jets bio­in­for­ma­tique à l’ins­ti­tut Ber­go­nié
• Phi­lippe Mon­get, Doc­teur vété­ri­naire, direc­teur de recherches Inra, res­pon­sable du GIS AGENAE (Ana­lyse du Genome des Ani­maux d’Elevage)

Déroulement de la journée

Après un repas le midi entre les inter­ve­nants, les membres orga­ni­sa­teurs de l’AMBB, et les pro­fes­seurs du mas­ter bio­in­for­ma­tique pré­sents, qui a per­mis de faire connais­sance, et de goû­ter aux chef‑d’oeuvres culi­naires pré­pa­rés avec soin par l’AMBB, les inter­ven­tions ont com­men­cés en amphi­théâtre, sous le for­mat de 30 minutes de pré­sen­ta­tion par inter­ve­nant.

Cela a per­mis aux étu­diants de décou­vrir un large panel de domaines ayant recours à des bio­in­for­ma­ti­ciens, ain­si que de se confron­ter à la réa­li­té du monde pro­fes­sion­nel, sou­vent oubliée mais pour­tant essen­tielle pour une bonne inser­tion dans la vie active. Suite à leurs inter­ven­tions, et après une petite col­la­tion pré­pa­rée par les étu­diants du mas­ter bio­in­for­ma­tique, une séance de questions/​réponses sous forme d’une ”table ronde” de 1H30 avec les dif­fé­rents inter­ve­nants à per­mis au public de poser toutes les ques­tions appor­tées suites aux inter­ven­tions sur le domaine de la bio­in­for­ma­tique.

Cela a per­mis d’instaurer un débat sur l’avenir de la bio­in­for­ma­tique en tant que telle. La ques­tion la plus sou­vent reprise étant de savoir si ce domaine ten­dait plus vers la bio­lo­gie ou l’informatique. Enfin, la jour­née s’est ache­vée A 19H, par un JEBIF Pub orga­ni­sé au Melt­down de Bor­deaux qui a per­mis, jusqu’à 1H et dans une ambiance déten­due, de conti­nuer les dis­cus­sions sur les dif­fé­rents sujets abor­dés. La pré­sence de Yoann Mous­caz a aus­si per­mis aux per­sonnes pré­sentes d’obtenir plus de ren­sei­gne­ments, et des conseils sur l’évolution du monde pro­fes­sion­nel et du mar­ché du tra­vail.

Retours étudiants

Même si la majo­ri­té de l’auditoire était com­po­sée des étu­diants du mas­ter bio­in­for­ma­tique de Bor­deaux, l’évènement à quand même réus­si a tou­cher quelques per­sonnes exté­rieures, curieuses d’en décou­vrir plus. Il a été plai­sant pour nous de consta­ter que ce col­loque a vrai­ment été appré­cié par les étu­diants qui se sont révé­lés curieux et atten­tifs à chaque pré­sen­ta­tion, et n’ont pas hési­té à avan­cer leur point de vue, argu­ments et ques­tions lors de la table ronde. Nous sommes aus­si ravis de voir que le JeBif Pub ait bien fonc­tion­né. De quoi prou­ver encore plus la moti­va­tion et la curio­si­té entou­rant les étu­diants du cur­sus.
Retours inter­ve­nants

Nous sommes heu­reux de consta­ter que les retours des inter­ve­nants sont tout aus­si posi­tifs, comme le prouvent ces quelques mails :

c’est à moi de vous remer­cier encore une fois pour l’invitation, l’accueil et l’organisation de ce très bon col­loque ! Conti­nuez comme ça, vous êtes vrai­ment en train de mon­ter quelque chose de super utile et impor­tant. Je vous le redis : n’hésitez pas à me contac­ter si vous avez besoin de prendre contact avec d’autres anciens. Yoann Mous­caz

 

Je tiens à mon tour à vous féli­ci­ter pour l’organisation du col­loque qui a été vrai­ment un très agréable moment pour moi.[…]Concernant votre asso­cia­tion, conti­nuez à la déve­lop­per même si au début c’est beau­coup de tra­vail mais vous êtes sur la bonne voie. Si vous avez besoin d’avis exté­rieurs n’hésitez pas à me sol­li­ci­ter. David Pey­ruc

 

j’ai eu le temps de repen­ser à la jour­née d’hier et tenais à vous remer­cier pour l’organisation. J’ai bcp appré­cié l’échange que nous avons eu avec l’ensemble des par­ti­ci­pants. J’espère que nous avons répon­du à vos attentes/​questions. Nous serions éga­le­ment pre­neurs de tous les retours que vous , et l’ensemble des par­ti­ci­pants pour­rez nous faire. Cela nous per­met­tra d’améliorer nos inter­ven­tions à l’avenir. Encore mer­ci, ayez confiance en vous et en vos capa­ci­tés ! Vous les avez déjà démon­trées hier ! Sté­phane Rouillé

Tout ces avis posi­tifs ne font que nous encou­ra­ger pour réité­rer un évé­ne­ment simi­laire l’année pro­chaine. En espé­rant pou­voir faire tout aus­si bien voir même mieux !

Remerciements

Je tiens à remer­cier tout d’abord Sté­phane Rouillé, David Pey­ruc, Car­lo Luc­che­si et Phi­lippe Mon­get, pour avoir par­ti­ci­pé à ce col­loque et fait décou­vrir leurs expé­riences pro­fes­sion­nelles res­pec­tives, à Yoann Mous­caz pour avoir eu la gen­tillesse de res­ter pour le JeBif pub et ain­si conti­nuer les dis­cus­sions quant à son par­cours avec les étu­diants pré­sents. Je remer­cie éga­le­ment Savan­da­ra Besse, Sapho Aupe­tit, et Jéré­my Le Coz, pour avoir orga­ni­sé brillam­ment ce pre­mier col­loque de l’AMBB, et ce dés la pre­mière année d’existence de l’AMBB, ain­si que Pierre Orta­lo et Amé­lie Laporte pour leur aide appor­tée, notam­ment au niveau de l’organisation et de la pré­pa­ra­tion des repas.

De plus, je remer­cie Marie Beur­ton-Aimar, Jean-Chris­tophe Taveau et Patri­cia Thé­baud pour leur sou­tien appor­té dans l’organisation de la jour­née, et per­mis la tenue de cet évé­ne­ment en libé­rant les étu­diant du mas­ter de tout cours lors de l’après-midi. Enfin un grand mer­ci à toutes les per­sonnes que ce col­loque a ras­sem­blé, qui nous prouvent que cette pre­mière expé­rience n’est que le début de ce que l’on espère être un évé­ne­ment pérenne dans le temps. Je vous dit à l’année pro­chaine, car nous tra­vaillons déjà pour pré­pa­rer la suite !