Auteur/autrice : NiGoPol
Ses publications :
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Métagénomique et Graphique de Recrutement : chercher l'aiguille dans la botte de foin !
Un intérêt certain se développe pour la compréhension d'écosystèmes complexes comme les eaux, les sols ou encore les microbiomes (plus de 90% des cellules du corps humain sont en fait les bactéries qui peuplent son tube digestif). Plusieurs difficultés se posent : la plupart des organismes présents ne sont pas facilement cultivables et donc individualisables. tous…
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Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch Entrez
Prérequis : Savoir 'un peu' se servir d'un shell et avoir installé Python et son module Bio. But : Redécouper des multi-genbank ou des multi-FASTA en un fichier par entrée. Difficulté : 2/5 (Facile) Principe : Le NCBI propose un outil très pratique pour récupérer facilement des jeux de données diversifiés : BatchEntrez, vous trouverez plus d'information ici. On télécharge ainsi un…
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Récupérez facilement des données hébergées par le NCBI : BatchEntrez
But : Les bases de données du NCBI abritent de très nombreuses informations : génomes, protéines, références bibliographiques, etc. Si vous souhaitez récupérer l'une d'entre-elles, une recherche sur le site est la solution la plus simple, mais si vous avez besoin de récupérer de nombreuses données dans un des formats proposés, alors le NCBI a mis l'outil…