Auteur/autrice : sacha schutz
Ses publications :
-
Conda le meilleur ami du bioinformaticien
Conda, le meilleur ami du bioinformaticien Conda est un package manager écrit en python, comme pypi. Mais contrairement à celui-ci, il permet d'installer des programmes écrits dans d'autres langages. Notamment vos outils bioinformatiques préférés par l’intermédiaire du dépôt bioconda. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit samtools, bwa, bowtie, trimmomatic, fastqc et j'en passe,…
-
Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3
Je découvre à l'instant genometools, un outil multifonction qui est capable de générer une image représentant des annotations sur un génome de référence. Idéal par exemple, si vous voulez vous passer d'un genome browser comme UCSC ou Ensembl pour incruster des images dans votre rapport. Installation Vous pouvez récupérer et compiler le code source depuis le site officiel. Pour…
-
La magie de LXD
Écrire un pipeline en bioinformatique, c'est bien ! Le rendre portable c'est encore mieux ! Les bioinformaticiens oublient souvent ce dernier point et rare sont les pipelines qui marchent du premier coup. À vrai dire les circonstances ne sont pas en leur faveur. Un pipeline c'est plein de dépendances d'applications dans telle ou telle version, qu'il faut…