Brèves :
Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3

Je découvre à l'instant genometools, un outil multifonction qui est capable de générer une image représentant des annotations sur un génome de référence. Idéal par exemple, si vous voulez vous passer d'un genome browser comme UCSC ou Ensembl pour incruster des images dans votre rapport.
Installation
Vous pouvez récupérer et compiler le code source depuis le site officiel. Pour ma part j'ai directement récupéré le binaire après un échec de compilation...

Brèves :
AMBB : Colloque « Les futurs de la bio-informatique »

L’Association du Master Bio-informatique de Bordeaux (AMBB) organise son premier colloque sur la thématique : « Les futurs de la bio-informatique ». Il aura lieu Jeudi 08 Décembre 2016 de 13H à 17H30 dans l’amphithéâtre B du bâtiment A29 sur le campus de Talence de l’Université de Bordeaux (351 Cours de la Libération, 33800 Talence).
Cette demi-journée a pour but de donner l’occasion aux étudiants de biologie intéressés par le domaine de la bio-informatique de venir assister à des conférences de professionnels qui présenteront leurs différents parcours et montreront ainsi les différentes possibilités qui peuvent s’offrir dans la carrière d’un bio-informaticien...

Brèves :
4 ans ! Ou 1 an, selon les points de vue

Happy birthday to nous ! Le 29 février 2012 naissait bioinfo-fr.net sur un coup de tête, après un déjeuner animé entre anciens bordelais au Rolex Learning Center de l'EPFL (ça c'est pour le détail bling-bling de l'histoire). C'est ensuite sur IRC que tout s’accéléra et se mit en place (ça c'est pour le coté Geekus).
Cela fait donc 4 ans que nous essayons de vous transmettre la passion de notre métier, 4 ans que l'on répond avec joie à toutes vos questions, 4 ans que l'on apprend à se connaitre et à se découvrir, 4 ans que notre réseau ne cesse de s’agrandir...

Actualité :
3D XPoint : une nouvelle technologie de stockage

Vous n'avez pas encore équipé votre ordinateur de SSD ? Et bien vous pouvez abandonner le projet… En effet Intel, en partenariat avec Micron, a présenté le 28 juillet une nouvelle technologie de stockage 3D XPoint (prononcez trois dés ixe point three di cross point).
3D XPoint est bien plus rapide que le stockage flash équipant les SSD, mais aussi votre smartphone, votre clé usb ou votre montre connectée...

Actualité :
La bière décodée dans un Hackuarium

Vous aimez la bière et la science ? Vous voulez connaître la composition de votre mousse favorite ? Vous avez envie de goûter de nouvelles bières proches de celles que vous connaissez, ou complètement différentes ?
Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bioinformatique dans les laboratoires citoyens. Aujourd'hui, un projet sympathique de séquençage et d’analyse biochimique voit le jour à Renens (Suisse, VD)...

Brèves :
Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

Dans cet article, je vous présenterai un nouveau site qui peut être intéressant aussi bien pour les étudiants que pour les enseignants, voire également pour les bioinformaticiens déjà en fonction. Ici je ne vous noierai pas sous les lignes de code, mais je vous décrirai ce que le portail GOBLET vous propose en terme d'exercice. Prêts ? À vos claviers !
À propos de GOBLET
GOBLET, the Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training, est une fondation dont les mission sont, entre autres, de :

fournir un support global de formation à l'intention des étudiants et des formateurs en bioinformatique au travers d'un réseau structuré et stable ;
faciliter les capacités de développement en bioinformatique dans tous les pays ;
développer des standards et des guides pour la formation en bioinformatique...

Brèves :
Portrait ADN

Ce post est le premier d'une nouvelle catégorie du blog vous proposant des articles plus courts et plus légers sur la bioinformatique.

Je commence en douceur en vous encourageant à regarder les travaux d'une artiste : Heather Dewey-Hagborg.
Les questions posées par son travail et ses recherches sont intéressantes, et à mon avis ne sont plus du tout de la science fiction.
Voici une première vidéo (en anglais) où Heather y raconte sa récolte de cheveux dans des endroits publics ...