Auteur/autrice : tadaima

tadaima

Ses publications :

  • Command line Tips : passage de variable dans awk

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    par

    tadaima
    dans
    Command line Tips : passage de variable dans awk

    But : Dans un fichier orga­ni­sé en colonnes, nous allons extraire les lignes conte­nant un mot (don­né en argu­ment) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne). Pré­re­quis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice). Dif­fi­cul­té : 2/​5 (Facile) Exer­cice : Pour agré­men­ter la note, on extrai­ra dans quatre fichiers dis­tincts les lignes conte­nant les quatre mots les…

  • Débuter avec l'API Ensembl (Perl)

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    par

    tadaima
    dans
    Débuter avec l'API Ensembl (Perl)

    But : Décou­vrir com­ment on peut accé­der très sim­ple­ment aux infor­ma­tions d'Ensembl à l'aide d'un script Perl. Niveau : débu­tant. Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librai­ries. Avoir accès à une machine où les librai­ries Perl d'Ensembl sont ins­tal­lées. Par­mi les sites agré­geant de l'information bio­lo­gique, Ensem­bl four­nit une API (Appli­ca­tion Pro­gram­ming Inter­face)…