bed & fasta
Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine.
Biologiste en mal de connaissances de programmation ou pro de R, vous trouverez ici de quoi vous amuser avec un fichier Fasta ou un Bed.
Nous allons voir comment faire un alignement multiple de séquences (voir ici pour un état de l'art des logiciels existants), produire un logo, analyser les motifs enrichis dans des pics de CHiP, et plus encore...
L'ADN renferme le secret de la vie| Public Domain CC0
L'analyse de séquences est une mission centrale de la bioinformatique. Quelques mots sur celle de l'ADN, un domaine incontournable dans lequel les chercheurs s’attèlent à comprendre la fonction des régions régulatrices du génome et des gènes grâce aux nouvelles technologies.
Le credo de la bio
Nombre de publications par année à propos de l'analyse de séquences ADN dans Pubmed
En biologie, il existe de nombreuses macromolécules renfermant un code permettant d’exécuter des processus cellulaires et moléculaires...
Dans les premiers billets de ce blog, nous avons présenté les alignements multiples de séquences d'une part du point de vue des logiciels et ensuite du calcul de la conservation. Je vous propose aujourd'hui de revenir sur un point important : les matrices de substitution.
by Roumpf (CC-by-SA 3.0)
Commençons par une définition très simple : une matrice de substitution permet, pour chaque acide aminé, de connaître sa capacité à être substitué par chaque autre acide aminé, y compris lui-même...
Après le premier billet de Yoann introduisant les logiciels principaux permettant de produire des alignements multiples, je suis très heureux de continuer cette série d'articles en vous parlant du calcul de la conservation. Entendons-nous bien, je ne prétends pas vous donner la formule ultime permettant de calculer à coup sûr un score de conservation. De toutes façons, cette formule n'existe sans doute pas...
Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements).
Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences important et assez longues. Dans un premier temps, j'ai songé à appliquer mes connaissances acquises durant ma formation universitaire (Master de Bioinformatique de Bordeaux au passage, un peu de pub ne fera pas de mal à cette excellente formation française)...
