Archives par tags: alignement multiple

Découverte :
Les matrices de substitution

Dans les premiers billets de ce blog, nous avons présenté les alignements multiples de séquences d'une part du point de vue des logiciels et ensuite du calcul de la conservation. Je vous propose aujourd'hui de revenir sur un point important : les matrices de substitution.

Commençons par une définition très simple : une matrice de substitution permet, pour chaque acide aminé, de connaître sa capacité à être substitué par chaque autre acide aminé, y compris lui-même...

Découverte :
Alignements multiples : Calculer la conservation

Après le premier billet de Yoann introduisant les logiciels principaux permettant de produire des alignements multiples, je suis très heureux de continuer cette série d'articles en vous parlant du calcul de la conservation. Entendons-nous bien, je ne prétends pas vous donner la formule ultime permettant de calculer à coup sûr un score de conservation. De toutes façons, cette formule n'existe sans doute pas...

Découverte :
Alignements multiples : quels logiciels choisir ?

Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements).
Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences important et assez longues. Dans un premier temps, j'ai songé à appliquer mes connaissances acquises durant ma formation universitaire (Master de Bioinformatique de Bordeaux au passage, un peu de pub ne fera pas de mal à cette excellente formation française)...