Introduction
"Quelle est la profondeur de ce séquençage ?"
"Quelle proportion de SNPs se situent dans des exons ?"
"Y a-t-il des pics dans ces données de ChIP-seq ?"
"Quelle proportion de promoteurs chevauchent des îlots CpG ?"
Voilà le genre de questions rencontrées fréquemment en bioinformatique. Nous pouvons y répondre à l'aide de la manipulation d'intervalles...
Dans l'article précédent, j'ai parlé des différentes échelles d'organisation de la chromatine mais me suis attardé sur les échelons les plus grands. Cette observation globale de la carte a alors permis de définir la notion de compartiment génomique. Mais comment l'ADN s'organise localement? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chromosomique en zoomant finement sur une région plutôt que regarder un chromosome entier? Aujourd'hui je vous propose de continuer d'en apprendre plus sur le sujet en essayant de comprendre ce qu'est un TAD (pour topological associated domain)...
Cette question est la première que m'a posé mon jury de thèse lors de ma soutenance. Aujourd'hui, je vous propose d'y répondre le plus simplement possible.
Pour comprendre cet article, il est probablement nécessaire de connaître les bases du Hi-C, déjà résumées par votre humble serviteur en visualisation, ou en analyse sur ce blog au cours des années passées.
L'organisation spatiale de la chromatine dans le noyau
Définir un compartiment génomique, c'est définir la répartition spatiale (organisation 3D) de la chromatine dans le noyau...
Toi petit étudiant de M1 qui arrive en premier jour de stage... Viens par ici... Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récupérer les données de séquençage d'un article vachement bien, sans que tu saches le faire... TOI!
Toi le physicien qui se met à la biologie mais qui ignore comment les bio-informaticiens rangent les données... VOUS ! VOUS RESTEZ ICI, TOUT de suite !
Aujourd'hui, on va parler de l'archivage des données de génomique...
Aujourd'hui, la visualisation des données est une chose qui est complètement intégrée dans notre quotidien. Que cela soit dans notre vie de tous les jours ou dans notre univers professionnel. Pas un jour ne passe sans que nous soyons confrontés à une représentation visuelle d'une enquête, d'un sondage, d'une succession d'événements chronologiques ou non. C'est un fait : l'explication par l'image à tendance à mieux passer qu'un gros pavé de texte accompagné de plusieurs tableaux de chiffres en colonne...
Après vous avoir montré tout un tas de choses sur comment visualiser et extraire une carte, je vais vous montrer aujourd'hui comment une carte de contact chromosomique peut être observée sous la forme d'une structure 3D à partir de VMD. Pour cela nous allons partir de la méthode développée dans mon laboratoire : Shrec3D.
Cet article étant relativement technique, il se repose sur de nombreux concepts déjà expliqués dans d'autres articles du blog que je vous recommande fortement de lire : comprendre ce qu'on visualise, comment on traite les données en amont...
Bonjour à tou·te·s !
Comme une partie de la communauté bioinformatique française, et probablement du lectorat de ce blog, je me suis rendu à la 19è édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM). Celle-ci se tenait à Marseille, au Palais du Pharo, et pour celles et ceux d'entre vous curieux·ses de connaître le contenu scientifique, voilà le résumé des interventions...
Aujourd'hui, on vous présente une méthode pour créer vos documents collaboratifs en ligne, en utilisant LaTeX, ainsi que quelques astuces qui pourront peut-être vous simplifier la vie !
Un petit peu de contexte
Imaginons : vous êtes un jeune chercheur dynamique, et vous voulez rédiger un papier avec vos collaborateurs. Ou bien vous êtes un étudiant, et vous devez rendre un rapport quelconque à partir d'un travail fait en groupe...
Mise en place de zsh et d'un dossier .dotfiles
Introduction
Qu'est-ce que c'est que zsh ?
Il s'agit (comme nous indique aimablement sa page Wikipédia) d'un shell unix. En gros, il s'agit d'un remplaçant potentiel pour votre vénérable interpréteur bash.
Mais pourquoi se casser le beignet à installer zsh, alors que j'ai déjà bash ?
zsh a plusieurs atouts sur bash :
- Une autocomplétion avancée (incluant une correction orthographique)...
Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des axes et légendes illisibles. La critique est facile me direz-vous, j'avoue avoir moi aussi présenté ce genre de graphique assez souvent...
