Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart.
Logo de BioMart. Image du domaine public
Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel...
But : Découvrir comment on peut accéder très simplement aux informations d'Ensembl à l'aide d'un script Perl.
Niveau : débutant.
Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librairies. Avoir accès à une machine où les librairies Perl d'Ensembl sont installées.
Parmi les sites agrégeant de l'information biologique, Ensembl fournit une API (Application Programming Interface) Perl qui permet de développer des programmes (en Perl donc) pour accéder à cette information...
