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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : awk

  • Analyses rapides de fichiers

    Analyses rapides de fichiers

    Lan­gage : shell, sous GNU/​Linux Com­mandes pré­sen­tées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débu­tant Dans le cadre de notre tra­vail, nous sommes sou­vent ame­nés à mani­pu­ler de nom­breux fichiers conte­nant des mil­liers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons sou­vent ten­dance à virer à la para­noïa et à vou­loir nous…

  • Command line Tips : passage de variable dans awk

    Command line Tips : passage de variable dans awk

    But : Dans un fichier orga­ni­sé en colonnes, nous allons extraire les lignes conte­nant un mot (don­né en argu­ment) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne). Pré­re­quis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice). Dif­fi­cul­té : 2/​5 (Facile) Exer­cice : Pour agré­men­ter la note, on extrai­ra dans quatre fichiers dis­tincts les lignes conte­nant les quatre mots les…

  • Commandline Tips : Extraction du x‑ième champ d'un fichier organisé en colonne

    But : Dans un fichier orga­ni­sé en colonne, extraire la (ou les) colonne(s) qui nous inté­ressent Pré­re­quis : Savoir uti­li­ser grep est un plus. Dif­fi­cul­té : 1/​5 (Facile) Nous sou­hai­tons dans le fichier PDB 6CSC  extraire la pre­mière et la qua­trième colonne des lignes débu­tant par le mot clef "ATOM" Pré­pa­ra­tion des don­nées : La pre­mière chose à faire…