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Étiquette : Biopython

  • Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython

    Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython

    La géno­mique com­pa­ra­tive per­met d'étudier l'évolution d'organismes par com­pa­rai­son de leur génome. La repré­sen­ta­tion de la proxi­mi­té entre les orga­nismes, élé­ment essen­tiel de la géno­mique com­pa­ra­tive, repose sur des arbres phy­lo­gé­né­tiques. Mais com­ment mani­pu­ler ces arbres faci­le­ment ? Quand il n’y en a qu’un, pas de pro­blème : on uti­lise un visua­li­sa­teur comme ceux pro­po­sés dans l’article sur les…

  • BLAST en pratique

    BLAST en pratique

    Cet article a pour but de vous mon­trer une appli­ca­tion pra­tique de BLAST, le fameux pro­gramme d'ali­gne­ment de séquences déte­nant un record de cita­tions, avec cer­tains pro­blèmes qu'on peut ren­con­trer et ce qu'on peut tirer de son résul­tat. BLAST a au moins deux usages typiques en géno­mique : Pour les ini­tiés, le pre­mier point est à…