Didacticiel :
Jouer avec l'API de KEGG

Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récupérer des informations de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cette base de données fournit un nombre conséquent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais également sur les voies métaboliques ou les maladies. Dans ces cas là, bien souvent, nous passons directement par le site internet à l'adresse http://www...

Didacticiel :
Petite introduction sur... les éléments répétés

Suite à l'excellent billet proposé par un autre auteur du blog, de nombreuses questions sur ce que sont les éléments répétés sont restées en suspens. Après le séquençage du génome humain dans les années 2000, de nombreux chercheurs ont constaté que la majeure partie du génome n'était pas composée de gènes, mais d'ADN à l'époque qualifié de poubelle. Celui-ci contenant un grand nombre de motifs étranges qui ne semblaient alors pas avoir de sens...

Didacticiel :
LaTeX : la mise en forme du texte et des paragraphes

Bon maintenant qu'on sait compiler et insérer des flottants, un truc critique à voir c'est comment mettre en forme : mettre en italique, en emphase, en gras, souligner, faire des listes à puces, insérer du code…
Préparez-vous, ça risque d'être un peu long :). (Et par un peu long je veux aussi dire un peu enquiquinant, mais il faut y passer…)
Mise en forme du texte
Faire joujou avec la police
Par défaut, LaTeX met les caractères en forme droite en minuscule...

Didacticiel :
Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

Dans un précédent article, nous avions regardé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gencode. J'avais utilisé pour cela la puissante combinaison dplyr + ggplot2 (packages centraux du tidyverse), particulièrement adaptée à tout ce qui est manipulation et visualisation de données tabulaires.
Mais notre génome n'est pas constitué que de gènes, loin s'en faut ! Les éléments répétés sont en fait bien plus majoritaires...

Découverte :
Créez vos documents collaboratifs en LaTeX

Aujourd'hui, on vous présente une méthode pour créer vos documents collaboratifs en ligne, en utilisant LaTeX, ainsi que quelques astuces qui pourront peut-être vous simplifier la vie !
Un petit peu de contexte
Imaginons : vous êtes un jeune chercheur dynamique, et vous voulez rédiger un papier avec vos collaborateurs. Ou bien vous êtes un étudiant, et vous devez rendre un rapport quelconque à partir d'un travail fait en groupe...

Didacticiel :
Pimp my workstation: avoir le terminal le plus classe du bureau !

Mise en place de zsh et d'un dossier .dotfiles

 
Introduction
Qu'est-ce que c'est que zsh ?
Il s'agit (comme nous indique aimablement sa page Wikipédia) d'un shell unix. En gros, il s'agit d'un remplaçant potentiel pour votre vénérable interpréteur bash.
Mais pourquoi se casser le beignet à installer zsh, alors que j'ai déjà bash ?
zsh a plusieurs atouts sur bash :
- Une autocomplétion avancée (incluant une correction orthographique)...

Astuce :
Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des axes et légendes illisibles. La critique est facile me direz-vous, j'avoue avoir moi aussi présenté ce genre de graphique assez souvent...

Didacticiel :
"IRC ? Mais c'est quoi en fait ?"

Cette question, je l'entends maintenant depuis pas mal de temps quand je parle du blog à mon entourage (étudiants de mon ex-master, personnes rencontrées aux JeBiF Pubs et TOBi, collègues, bioinformaticiens croisés, etc.). C'en est arrivé au point que je me sens vieille je me suis dit que faire un article de présentation de cet outil qu'est IRC, adjoint d'un mini tutoriel serait une bonne idée...

Découverte :
Eh toi ! rev_comp, tu l'écris comment ?

Écrire un algorithme de rev_comp ou complément inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est devenu un classique des cours d'algorithmique en étude de bioinformatique, c'est un algorithme simple mais qui demande de savoir utiliser les structures de contrôle de base. À la fois un bon exercice pratique et pédagogique, doit-il cependant rester implémenté comme à nos débuts ? Cette question m'a traversé l'esprit durant un cours où mon implémentation et celles de mes camarades étaient toutes différentes avec à chaque fois différents algorithmes de base...

Didacticiel :
Vous ne savez pas comment analyser vos données Hi-C? Exemple d'utilisation de HiC-pro

Partir de quelconques données de séquençage haut débit brutes pour arriver à une analyse complète demande au mieux, une certaine pratique de ces technologies. Dans bien des cas, on va alors mettre en place un pipeline reposant sur tout un tas d'outils. Il faudra probablement des heures pour comprendre les paramètres de chacun d’entre eux et regrouper l'ensemble en une jolie chaine de traitement pour arriver au résultat souhaité (qui restera bien sûr à interpréter hum...