Je me suis amusé à écrire une mini librairie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vecteurs, ...) et j'ai eu envie de générer une documentation à partir du code source.
Je me suis renseigné un peu et j'ai découvert Doxygen, un outil écrit en C++ qui permet de générer de la documentation à partir des codes sources de différents langages (C++, Java, etc.).
Cela fonctionne bien, mais la sortie HTML n'est vraiment pas terrible...
Overleaf est le successeur de ShareLaTeX, il résulte de la fusion de l'ancienne version d'Overleaf avec ShareLaTeX.
Il permet d'éditer des documents LaTeX en collaboratif [1].
L'interface se divise en trois parties. Un bandeau pour naviguer dans les fichiers du projet, un éditeur de texte avec coloration syntaxique, et suggestion de commandes LaTeX au fur et à mesure de la saisie, et enfin, un visionneur de pdf pour voir le rendu du code source...
Vous connaissez sans doute déjà les notebooks Jupyter [1], ces documents web où l'on peut
rédiger du contenu en Markdown, pouvant contenir des formules mathématiques en LaTeX, mêlées à des cellules de code
Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exécuter au cas par cas de façon interactive. Ils sont pas mal utilisés en
data science pour explorer un jeu de données où créer un modèle de machine learning progressivement, par exemple...
Télétravail et visioconférence, notre nouveau quotidien (source: pixabay)
Organiser une conférence est complexe. Mais organiser une conférence en ligne... c'est TRÈS complexe. Si l'ordinateur qui diffuse la conférence plante... comment prévenir l'audience ? La moindre erreur technique fait d'avantage peur car il devient plus difficile de rebondir et d’expliquer l'issue à la 'salle'...
Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager (ou paqueter en français) proprement cet ensemble de scripts R.
Non on ne largue pas une nuée de scripts non commentés, non documentés, avec juste un mail disant "Non mais tu changes tel et tel paramètres et ça fonctionne"...
"Trans-Alaska Pipeline" by Ted LaBar
Pour avoir été client des articles ("Snakemake pour les nuls", "Formaliser ses protocoles avec Snakemake" et "Snakemake, aller plus loin avec la parallélisation") de mon prédécesseur lelouar, j'ai décidé d'apporter ma pierre à l'édifice et de continuer cette série sur Snakemake. Je vais ici vous parler de généralisation de pipeline pour l'utilisation intensive au sein d'une plateforme par exemple...
Dans la première partie de ce tutoriel , j'ai expliqué ce qu’était la programmation concurrente et parallèle, ainsi que détaillé les différents types de programmation concurrente et leurs spécificités. Si vous ne l'avez pas lue, je vous conseille de la lire avant de démarrer. Dans cette deuxième partie, nous allons nous concentrer sur l'optimisation d'un programme limité par les entrées/sorties grâce à la programmation concurrente...
Toi petit étudiant de M1 qui arrive en premier jour de stage... Viens par ici... Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récupérer les données de séquençage d'un article vachement bien, sans que tu saches le faire... TOI!
Toi le physicien qui se met à la biologie mais qui ignore comment les bio-informaticiens rangent les données... VOUS ! VOUS RESTEZ ICI, TOUT de suite !
Aujourd'hui, on va parler de l'archivage des données de génomique...
Bonjour à tous !
Vous avez un script que vous souhaitez partager avec une équipe expérimentale? Vous ne voulez pas que les utilisateurs modifient le code pour paramétrer votre programme? Vous codez avec R ? Alors cet article est fait pour vous ! Nous allons voir comment créer une application web avec R et permettre à votre utilisateur d’exécuter votre code sans le voir.
Shiny
Le package que nous utiliserons est shiny...
Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape !
Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de posters scientifiques.
Pour d’autres articles sur les outils d’Inkscape voir les tutos déjà existants sur Inkscape l'outil idéal pour vos posters et Inkscape pour biologistes...
