Didacticiel :
LaTeX : les lettres (de motivation) !

Après avoir appris à compiler, à insérer des flottants, à mettre en forme les paragraphes et à insérer des mathématiques, il est temps de faire une petite pause hors de la classe article  et de se pencher sur les lettres (notamment parce que si mes prédictions sont justes, certain·e·s d'entre vous doivent écrire des lettres de motivation à l'heure qu'il est)...

Didacticiel :
Inkscape pour biologistes

Fini les rectangles pour faire des protéines ou les images pixelisées chopées sur des sites douteux !
Dans 10 minutes vous serez un pro d'Inkscape qui est un logiciel gratuit pour "dessiner" avec une prise en main très rapide permettant de réaliser des figures vectorielles, non construites en pixels, pouvant être alors redimensionnées à l'infini en conservant toutes leurs qualités visuelles...

Découverte :
Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas

Durant mon stage de M2, j’ai eu l’occasion de chatouiller ce drôle d’animal qu’est pandas. En effet, j’ai travaillé sur des données de protéomique contenues dans des fichiers tabulés. Il s'agissait de comparer la présence des protéines ou leur expression dans différents échantillons. Les abondances relatives (la variable étudiée) étaient indiquées pour les différentes protéines identifiées (plusieurs milliers et correspondant aux lignes du fichier) dans les différents échantillons analysés (correspondant aux colonnes)...

Didacticiel :
LaTeX : automatisez le traitement des CSV

Vous avez peut-être vu l'excellent article de Chopopope sur l'utilisation des flottants en LaTeX, et en particulier la partie sur la création de tableaux. Non ? Pour les retardataires, c'est par ici…
Vous vous êtes surement rendu compte que créer des tableaux peut être long et fastidieux. De plus, en bons bioinformaticiens, vos données tabulées sont écrites dans des fichiers Exc… CSV. Et vous trouvez un peu bête (pour ne pas dire plus) de devoir recopier votre fichier CSV dans LaTeX tout en formatant le tableau...

Astuce :
Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

Pour des raisons de reproduction de la science, il est important de conserver une trace de tout ce que l'on fait sur son ordinateur. Pour cela, faire des rapports est la meilleure manière que je connaisse qui permette d'inclure le code et les résultats d'une analyse. Pour faire ça bien avec R, on a déjà vu dans un article précédant que les rapports Rmarkdown étaient une très bonne solution...

Didacticiel :
LaTeX : les maths !

Après avoir appris à compiler, à insérer des flottants et à mettre en forme les paragraphes, on va s'attaquer à un truc plutôt coolish qui fait la force de LaTeX : la mise en forme de maths ! Comme c'est long et vaste, on va faire ça en plusieurs fois 😉 !
Tables des matières :
1. Ce qu'il faut ajouter au préambule
2. Types de formules (de base)
3. Fonctions
3.1. Aperçu des fonctions prédéfinies
3...

Didacticiel :
Jouer avec l'API de KEGG

Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récupérer des informations de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cette base de données fournit un nombre conséquent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais également sur les voies métaboliques ou les maladies. Dans ces cas là, bien souvent, nous passons directement par le site internet à l'adresse http://www...

Didacticiel :
Petite introduction sur... les éléments répétés

Suite à l'excellent billet proposé par un autre auteur du blog, de nombreuses questions sur ce que sont les éléments répétés sont restées en suspens. Après le séquençage du génome humain dans les années 2000, de nombreux chercheurs ont constaté que la majeure partie du génome n'était pas composée de gènes, mais d'ADN à l'époque qualifié de poubelle. Celui-ci contenant un grand nombre de motifs étranges qui ne semblaient alors pas avoir de sens...

Didacticiel :
LaTeX : la mise en forme du texte et des paragraphes

Bon maintenant qu'on sait compiler et insérer des flottants, un truc critique à voir c'est comment mettre en forme : mettre en italique, en emphase, en gras, souligner, faire des listes à puces, insérer du code…
Préparez-vous, ça risque d'être un peu long :). (Et par un peu long je veux aussi dire un peu enquiquinant, mais il faut y passer…)
Mise en forme du texte
Faire joujou avec la police
Par défaut, LaTeX met les caractères en forme droite en minuscule...

Didacticiel :
Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

Dans un précédent article, nous avions regardé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gencode. J'avais utilisé pour cela la puissante combinaison dplyr + ggplot2 (packages centraux du tidyverse), particulièrement adaptée à tout ce qui est manipulation et visualisation de données tabulaires.
Mais notre génome n'est pas constitué que de gènes, loin s'en faut ! Les éléments répétés sont en fait bien plus majoritaires...