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Découverte :
Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

Les fichiers .fastq finissant en _001.fastq.gz

Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se demandait pourquoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la plateforme de cloud computing d'Illumina BaseSpace. Mais avant de répondre à cette question pressante, repartons du début.

Les fichiers FASTQ

En cette période de domination du séquençage haut débit de l'ADN, le format de fichier ...

Astuce :
Analyses rapides de fichiers

Analyse de fichiers dans le bon vieux temps ! | Creative Commons 2.0, wikimedia

Langage : shell, sous GNU/Linux
Commandes présentées : wc, awk, sed, tr, head, nl, cut
Niveau : débutant
Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous assurer que nos fichiers sont bien formatés et contiennent bien le nombre de lignes, champs ou éléments attendus...