Les fichiers .fastq finissant en _001.fastq.gz
Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se demandait pourquoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la plateforme de cloud computing d'Illumina BaseSpace. Mais avant de répondre à cette question pressante, repartons du début.
Les fichiers FASTQ
En cette période de domination du séquençage haut débit de l'ADN, le format de fichier ...
Analyse de fichiers dans le bon vieux temps ! | Creative Commons 2.0, wikimedia
Langage : shell, sous GNU/Linux
Commandes présentées : wc, awk, sed, tr, head, nl, cut
Niveau : débutant
Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous assurer que nos fichiers sont bien formatés et contiennent bien le nombre de lignes, champs ou éléments attendus...
