Archives par tags: Structure de données

Découverte :
Assembler un génome sur un Raspberry Pi

Assembler un génome est une tâche fastidieuse et surtout très coûteuse. Pour un génome de 100 Mbp (Million de paires de bases), Velvet ou SOAPdenovo utilisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je voudrais partager avec vous une idée complètement farfelue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et moi-même) le prix du meilleur poster lors de JOBIM 2013 : et si on faisait de l'assemblage de génome sur un Raspberry Pi ?

Remettons-nous d'abord dans le contexte...

Découverte :
Filtre de Bloom

Comme vous le savez sans doute, la génomique tend à générer de plus en plus de données grâce à une forte réduction des coûts (cf graphique ci dessous). Depuis peu de temps, la génération des données n’est plus forcement le point limitant d’une étude, mais c’est l’analyse des données qui devient vraiment longue et coûteuse. De ce fait, les nouveaux logiciels que nous autre, bio-informaticien(ne)s, sommes amené(e)s à développer doivent prendre cette évolution en compte...