Auteur/autrice : Nico M.

Ses publications :

  • Bioconvert — simplifier les conversions de formats

    Bioconvert Qui n'a jamais eu à conver­tir un fichier de don­nées bio­lo­giques dans un autre for­mat ? Il y a bien sur le clas­sique fastq vers fas­ta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un conver­tis­seur "mai­son", pas for­cé­ment opti­mal. D'autres for­mats sont par­fois plus pro­blé­ma­tiques, par exemple la conver­sion vers et depuis GFF2/​GFF3. De ces dif­fé­rents…

  • Compareads et Commet

    Compareads et Commet

    Après vous avoir par­lé de Méta­gé­no­mique et de filtre de Bloom, voi­ci un article fusion­nant les deux concepts en un algo­rithme ! Pour rap­pel, la méta­gé­no­mique vise à étu­dier le conte­nu géné­tique et géno­mique d'un milieu don­né. On passe géné­ra­le­ment par un séquen­çage NGS et on récu­père un grand nombre de courtes séquences d'ADN (lec­tures, ou…

  • iPath partout !

    iPath partout !

    Depuis quelques mois j'utilise un outil nom­mé iPath2.0 qui peut être très utile pour cer­tains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, acces­sible à l'adresse http://​path​ways​.embl​.de/​i​P​a​t​h​2​.​cgi. Son prin­ci­pal inté­rêt est la visua­li­sa­tion et l'analyse de voies méta­bo­lique.

  • Filtre de Bloom

    Filtre de Bloom

    Comme vous le savez sans doute, la géno­mique tend à géné­rer de plus en plus de don­nées grâce à une forte réduc­tion des coûts (cf gra­phique ci des­sous). Depuis peu de temps, la géné­ra­tion des don­nées n’est plus for­ce­ment le point limi­tant d’une étude, mais c’est l’analyse des don­nées qui devient vrai­ment longue et coû­teuse.…

  • JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs

    JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs

    Tous les ans, les bio­in­for­ma­ti­ciens fran­co­phones de tout hori­zons sont conviés à JOBIM (Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques). Nous avons pro­fi­té de la proxi­mi­té des deux prin­ci­paux orga­ni­sa­teurs de l'évènement de cette année pour aller les ren­con­trer et leur poser quelques ques­tions…     Syl­vain P. : "Bon­jour Pierre Peter­lon­go et Claire Lemaitre,…

  • Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

    Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

    Qu'est ce que la métagénomique ?  Depuis quelques années, la méta­gé­no­mique semble s'installer de plus en plus par­mi les sciences du vivant. Bien que plu­sieurs tech­niques et modi ope­ran­di se cachent der­rière le terme "méta­gé­no­mique", on peut y appo­ser une défi­ni­tion géné­rale : la méta­gé­no­mique vise à étu­dier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ain­si que…