Quelques publications importantes récentes autour de la chromatine

Pour ceux qui tra­vaillent sur la struc­ture 3D de l'ADN et son com­por­te­ment dans le noyau cel­lu­laire, l'année 2017 a été une riche année. Com­prendre les liens entre une séquence d'ADN et son replie­ment reste aujourd'hui un enjeu majeur pour cette com­mu­nau­té.

Pour tous ceux qui ne savent pas ce qui se passe dans notre petit monde, nous allons par­ler aujourd'hui de quelques publi­ca­tions sor­ties au cours de 2017 et début 2018 sur le sujet. L'objectif n'est pas de vous faire une revue biblio­gra­phique com­plète sur le sujet (sinon je ferais une revue scien­ti­fique hum…) mais sim­ple­ment de vous par­ta­ger quelques idées du domaine à tra­vers des articles que j'ai pu lire cette année. C'est par­ti !

Avant de lire cet article et si vous êtes un/​une novice dans le domaine, je vous conseille gran­de­ment de jeter un coup d’œil à cet article et celui-là.

Des don­nées, tou­jours plus de don­nées, et des belles je vous prie !

Com­men­çons par les fon­da­tions. Dans ce domaine comme dans beau­coup d'autres, avoir des don­nées de qua­li­té est essen­tiel. Bien sou­vent, un data­set sera réuti­li­sé dans de nom­breuses ana­lyses par la suite, aus­si la com­mu­nau­té sur­veille atten­ti­ve­ment les nou­velles ana­lyses avec les­quelles on peut 'jouer'. Jusqu'à pré­sent, seule Ara­bi­dop­sis Tha­lia­na avait été étu­diée chez les plantes. Aujourd'hui, une équipe nous pro­pose d'avoir des cartes de contacts chro­mo­so­miques sur les génomes du riz, du maïs, de la tomate, du sor­gho et du millet, per­met­tant d'avoir une véri­table vue d'ensemble de com­ment la chro­ma­tine se com­porte dans ce taxon évo­lu­tif, com­plé­tant la vision évo­lu­tive de la struc­ture 3D des génomes que l’on peut avoir.

Un autre data­set inté­res­sant est celui pro­po­sé par l'équipe Caval­li en octobre. Il pro­pose d'étudier trois types cel­lu­laires neu­ro­naux chez la sou­ris avec une excel­lente réso­lu­tion. L'équipe der­rière cette recherche a récem­ment sor­ti des don­nées sur la dro­so­phile, éga­le­ment en très haute réso­lu­tion.

On pour­ra aus­si remar­quer la sor­tie récente d'un papier avec plein de types cel­lu­laires du sys­tème immu­ni­taire : l'équipe Kos­zul fait des études sur des modèles bac­té­riens avec des don­nées de E. coli. Ils ont aus­si réa­li­sé une étude pous­sée sur le génome de levure au cours du cycle cel­lu­laire.

CTCF, encore et toujours

Pen­dant un temps, pas une semaine n'est pas­sée sans qu'un article ne vienne nous par­ler du rôle de la cohé­sine, du CTCF ou d'autre fac­teurs de trans­crip­tion venant se fixer à la chro­ma­tine et chan­ger son com­por­te­ment. Voi­ci quelques papiers impor­tants à citer et pro­po­sés par Mir­ny : à tra­vers dif­fé­rentes colo­ra­tions, ils ont, dans un pre­mier temps, pu étu­dier fine­ment ce qui se pas­sait dans le noyau en l'absence de cohé­sine, ou de CTCF. Une autre ana­lyse sur le sujet est éga­le­ment parue. Pour résu­mer rapi­de­ment, dans ces articles, les auteurs font varier la pré­sence de cohé­sine ou de CTCF et regardent l'effet sur la struc­ture du génome. CTCF va fixer les boucles de chro­ma­tines et les main­te­nir là où la cohé­sine va jouer un rôle plus large et régu­ler autant les amas de chro­ma­tines, que les com­par­ti­ments géno­miques.

Pour com­prendre com­ment CTCF fonc­tionne, je vous invite à lire le der­nier papier mon­trant les effets de l'épigénétique sur cette pro­téine, écrit par Corces.

Et sinon ?

Voi­ci quelques lec­tures inté­res­santes, en vrac, et sans expli­ca­tions détaillées, mais qui pour­raient vous inté­res­ser :

• Côté assem­blage de génome par Hi‑C, on a pu voir la fram­boise il y a pas long­temps. La bataille des outils sur le sujet conti­nue dou­ce­ment, pro­po­sant pas mal de moyen de détec­ter les domaines topo­lo­giques. Une bonne revue à ce sujet est dis­po­nible ici.
• Très récem­ment, une publi­ca­tion étu­diant la proxi­mi­té spa­tiale entre chro­mo­somes à l'aide de CRISPR et de Hi‑C est sor­ti. Un autre montre le posi­tion­ne­ment des chro­mo­somes de la lami­na au centre du noyau et com­ment la chro­ma­tine s'organise en com­par­ti­ment dans cet espace. Un autre papier tente de démys­ti­fier les niveaux de com­pac­tions de la chro­ma­tine pen­dant la vie des cel­lules.
• Côté simu­la­tion, on peut citer le der­nier papier du duo Jost/​Vaillant expli­quant com­ment la colo­ca­li­sa­tion des régu­la­teurs épi­gé­né­tiques est induite par la com­par­ti­men­ta­tion de la chro­ma­tine. Un autre papier tente d’inférer les para­mètres phy­siques aux­quels la chro­ma­tine est sou­mise pen­dant la vie de la cel­lule.

Un petit mot de la fin

Si j'ai fait cet article, c'est que j'aimerai acti­ve­ment en voir d'autres du même style sur ce blog, sur des sujets que je ne connais pas. Je pour­rai me construire un regard rapide et sub­jec­tif sur ce qui se fait et avoir des d'articles à lire au coin du feu.

Si l'envie vous prend, pour­quoi ne pas vous prê­ter à l'exercice ? Nos bons admi­nis­tra­teurs se feront un plai­sir de vous aider dans cette démarche !

Mer­ci aux relec­teurs : Kevin Mul­ler, Norore

Mer­ci aux admins m'ayant pous­sé à sor­tir cette brève : Kum­qua­tum et Yo !

PS : oui, quand je dois faire de la biblio­gra­phie pour ma thèse, j'en fais un article pour le blog, pre­nez donc exemple !