Archives par tags: Hi-C

Suivez l'guide :
Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D

Après vous avoir montré tout un tas de choses sur comment visualiser et extraire une carte, je vais vous montrer aujourd'hui comment une carte de contact chromosomique peut être observée sous la forme d'une structure 3D à partir de VMD. Pour cela nous allons partir de la méthode développée dans mon laboratoire : Shrec3D.
Cet article étant relativement technique, il se repose sur de nombreux concepts déjà expliqués dans d'autres articles du blog que je vous recommande fortement de lire : comprendre ce qu'on visualise, comment on traite les données en amont...

Journal Club :
Quelques publications importantes récentes autour de la chromatine

Pour ceux qui travaillent sur la structure 3D de l'ADN et son comportement dans le noyau cellulaire, l'année 2017 a été une riche année. Comprendre les liens entre une séquence d'ADN et son repliement reste aujourd'hui un enjeu majeur pour cette communauté.
Caryotype Humain des chromosomes de l'homme en 3D, réalisé par Julien Mozziconaci et Annick Lesne. Pré-projet de l’oeuvre Human Genomics, produite par Le Fresnoy-Studio national des arts contemporains avec le soutien de la Fondation Daniel et Nina Carasso...

Didacticiel :
Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique

Vous ne connaissez pas le Hi-C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article.
 
Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi-C) pour diverses raisons. Par amusement (on va le dire ainsi), j'ai joué avec les échelles de couleur afin d’étudier l'impact sur les images obtenues...

Découverte :
Hi-C: Quelques bases

Aujourd'hui on va découvrir ensemble une des petites dernières dans la famille des techniques hauts débits: le High Chromosome Contact map (Hi C)[1] . Revenons sur quelques bases : un gène ne pourra être exprimé que si l'ADN qui le code est déplié. Par conséquent les régions dans lesquelles les gènes ne sont pas exprimés sont quant à elles repliées et forment ce qu'on appelle les domaines topologiques (TADs)...