Étiquette : Hi-C

  • Meet-4EU+, le bilan !

    Meet-4EU+, le bilan !

    Bien le bon­jour amis lec­teurs. Pour le billet du jour je vous pro­pose une visite dans les cou­lisses d'un cours/​projet dérou­lé cette année à l'université de la Sor­bonne : Meet-4EU+. J'apporterai ain­si mon regard sur l'organisation de cette année, agré­men­tée de quelques petites anec­dotes sub­jec­tives. L'idée de ce cours est de pro­po­ser aux étu­diants de mas­ter…

  • Qu'est ce qu'un TAD ? (Topological associated domain)

    Qu'est ce qu'un TAD ? (Topological associated domain)

    Dans l'article pré­cé­dent, j'ai par­lé des dif­fé­rentes échelles d'organisation de la chro­ma­tine mais me suis attar­dé sur les éche­lons les plus grands. Cette obser­va­tion glo­bale de la carte a alors per­mis de défi­nir la notion de com­par­ti­ment géno­mique. Mais com­ment l'ADN s'organise loca­le­ment ? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chro­mo­so­mique en zoo­mant fine­ment sur une…

  • Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D

    Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D

    Après vous avoir mon­tré tout un tas de choses sur com­ment visua­li­ser et extraire une carte, je vais vous mon­trer aujourd'hui com­ment une carte de contact chro­mo­so­mique peut être obser­vée sous la forme d'une struc­ture 3D à par­tir de VMD. Pour cela nous allons par­tir de la méthode déve­lop­pée dans mon labo­ra­toire : Shrec3D. Cet article…

  • Quelques publications importantes récentes autour de la chromatine

    Quelques publications importantes récentes autour de la chromatine

    Pour ceux qui tra­vaillent sur la struc­ture 3D de l'ADN et son com­por­te­ment dans le noyau cel­lu­laire, l'année 2017 a été une riche année. Com­prendre les liens entre une séquence d'ADN et son replie­ment reste aujourd'hui un enjeu majeur pour cette com­mu­nau­té. Pour tous ceux qui ne savent pas ce qui se passe dans notre…

  • Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique

    Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique

    Vous ne connais­sez pas le Hi‑C ? Avant de com­men­cer cette lec­ture, peut être vous faut-il la base, pré­cé­dem­ment expli­quée (mal­adroi­te­ment certes, pre­mier article oblige) sur cet autre article.   Sur la fin de mon stage de Mas­ter 2, j'ai eu la joie de reve­nir faire un tour dans les cartes de contacts chro­mo­so­miques (Hi‑C) pour diverses…

  • Hi‑C : Quelques bases

    Hi‑C : Quelques bases

    Aujourd'hui on va décou­vrir ensemble une des petites der­nières dans la famille des tech­niques hauts débits : le High Chro­mo­some Contact map (Hi C)[1] . Reve­nons sur quelques bases : un gène ne pour­ra être expri­mé que si l'ADN qui le code est déplié. Par consé­quent les régions dans les­quelles les gènes ne sont pas expri­més sont…