Résultats de recherche pour « bloom »

  • Filtre de Bloom

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    par

    Nico M.
    dans
    Filtre de Bloom

    Comme vous le savez sans doute, la géno­mique tend à géné­rer de plus en plus de don­nées grâce à une forte réduc­tion des coûts (cf gra­phique ci des­sous). Depuis peu de temps, la géné­ra­tion des don­nées n’est plus for­ce­ment le point limi­tant d’une étude, mais c’est l’analyse des don­nées qui devient vrai­ment longue et coû­teuse.…

  • Compareads et Commet

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    par

    Nico M.
    dans
    Compareads et Commet

    Après vous avoir par­lé de Méta­gé­no­mique et de filtre de Bloom, voi­ci un article fusion­nant les deux concepts en un algo­rithme ! Pour rap­pel, la méta­gé­no­mique vise à étu­dier le conte­nu géné­tique et géno­mique d'un milieu don­né. On passe géné­ra­le­ment par un séquen­çage NGS et on récu­père un grand nombre de courtes séquences d'ADN (lec­tures, ou…

  • Assembler un génome sur un Raspberry Pi

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Assembler un génome sur un Raspberry Pi

    Assem­bler un génome est une tâche fas­ti­dieuse et sur­tout très coû­teuse. Pour un génome de 100 Mbp (Mil­lion de paires de bases), Vel­vet ou SOAP­de­no­vo uti­lisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je vou­drais par­ta­ger avec vous une idée com­plè­te­ment far­fe­lue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et…

  • Base de données — notions

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    par

    nahoy
    dans
    Base de données — notions

    Cet article a pour but d'introduire la notion de base de don­nées. Il sera utile pour toute per­sonne ayant déjà enten­du le terme, mais ne sachant pas vrai­ment ce que c'est, ou à quoi cela sert. Définition Une base de don­nées c'est tout sim­ple­ment une col­lec­tion d'informations diverses sto­ckées de manière pérenne sur un ordi­na­teur.…