Auteur/autrice : nahoy
Ses publications :
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Résultat du concours IFB
Le tirage au sort ayant été effectué par nos experts, nous sommes heureux d'annoncer que la place pour la formation de l'Institut Français de Bioinformatique, à savoir : IBI‑1 — Utilisation de base du cloud IFB a été remportée par Julien Fumey ! Nous lui enverrons donc plus de précisions en privé dans la journée. Bravo à lui et…
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Open Refine
Un grand coup de balai Le nettoyage de données est un défi en bioinformatique. Entre les personnes qui veulent réinventer les standards et les personnes qui ne savent pas les suivre, nous nous trouvons souvent en train de nettoyer, de formater et de changer la structure de nos données pour qu'elles soient conformes à une…
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Python fait la numba
Suite à cet article, j'ai eu envie de comparer les temps d'exécution de Cython et Numba. Il est toujours intéressant de faire des tests de performances (benchmarks) de temps à autre, pour voir si on ne peut pas améliorer certains de nos algorithmes 🙂 Cython est un très bon moyen pour optimiser vos programmes, mais…
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Portrait ADN bioinformatique
Ce post est le premier d'une nouvelle catégorie du blog vous proposant des articles plus courts et plus légers sur la bioinformatique. Je commence en douceur en vous encourageant à regarder les travaux d'une artiste : Heather Dewey-Hagborg. Les questions posées par son travail et ses recherches sont intéressantes, et à mon avis ne sont plus…
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Les vacances
L'été est enfin arrivé et nous allons prendre des vacances bien méritées. Ne vous inquiétez pas, nous serons de retour en septembre avec de nouveaux articles toujours plus intéressants sur le FBA, l'EMBL ou encore un tutoriel sur l'analyse de données RNAseq, mais nous n'en dirons pas plus car ils sont encore en préparation. Nous…
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Jouez avec vos données : utilisez un ORM
Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données. Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de…
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SQLite
Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que…
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Les indices.…
Les indices sont là !!! Précipitez vous ! Vous avez encore des chances de gagner. Clôture du concours le vendredi 21 décembre 23h59 (avant la fin du monde). Nous annoncerons les gagnants le lundi 7 janvier. En vous souhaitant de bonnes fêtes de fin d'année. L'équipe bioinfo-fr.net, en vacances (bien méritées) jusqu'au 7 janvier 2013.
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J’ai lu : Quand la vie remplace le silicium
Auteurs Dennis Shasha, professeur d'informatique au Courant institute, Université de New York et Cathy Lazere, écrivaine spécialisée en sciences et technologies. Sujet Cet ouvrage retrace le profil d’une quinzaine de scientifiques et s’intéresse aux problématiques et enjeux auxquels ils font face aux frontières de la bioinformatique. Résumé En parallèle avec la carrière de plusieurs chercheurs,…