Catégorie : Bioinformatique
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Trois exemples concrets qui m'ont fait m'intéresser à la reproductibilité entre langages
Mes très chers confrères adorés, Comme vous le savez si vous lisez mes excellents articles d'opinion, tous géniaux (hum !), cela fait quelques années maintenant que je travaille pour des toxicologues. Alors, c'est bien, j'ai appris plein de choses, au point de me définir aujourd'hui comme « computational toxicologist ». Mais j'ai surtout mis mon nez dans…
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L'alignement multiple en étoile ⭐
Introduction Dans le domaine de la bioinformatique l'alignement de séquences est une opération courante pour comparer des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines). Nous avons vu dans un précédent article le principe de l'algorithme de Needleman-Wunsch qui produit un alignement global optimal de deux séquences. Au-delà de l'alignement par paire, l'alignement multiple de séquences (Multiple Sequence…
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Alignement de séquences : bien comprendre l'incontournable algorithme de Needleman-Wunsch
Introduction L'analyse des séquences biologiques (ADN, ARN ou protéines) est un sujet central de la biologie moléculaire et de la bioinformatique. Dans ce cadre, chercher à savoir à quel point deux séquences sont similaires ou dissimilaires est une des questions qu'on se pose le plus souvent (par exemple dans le but d'analyser des relations phylogénétiques).…
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Software Heritage : l'archive universelle des codes sources logiciels
Dans cet article, je vous propose de découvrir Software Heritage, l’archive universelle dédiée à la collecte, la préservation et le partage des codes sources logiciels. En 2021, je suis devenu ambassadeur pour Software Heritage, c’est-à-dire représentant de la communauté bioinformatique, dans l’infrastructure Software Heritage. Pourquoi archiver son code source ? Aujourd’hui, les scientifiques utilisent très souvent des…
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Conda et le piège de la licence Anaconda
Conda est apparu en 2012 et a été distribué par Continuum Analytics, connue sous le nom d’Anaconda Inc depuis 2017. Conda est distribué sous la licence MIT, l’une des licences open-source les plus permissives, permettant aux utilisateurs d’adopter, d’adapter et de partager le logiciel presque sans restrictions. Conda a été conçu pour gérer les environnements…
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ABSD : base de données d'anticorps non redondants et standardisés
Les anticorps (immunoglobulines) jouent un rôle crucial dans la réponse immunitaire contre les menaces extérieures, telles les infections virales. Une immunoglobuline est composée de deux molécules en interaction appelées chaîne légère et chaîne lourde : la combinaison d’une chaîne légère et d’une chaîne lourde donne une immunoglobuline (voir Figure 1). Bien que le nombre théorique d'immunoglobulines…
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Les Bioinformations n°40 sont là !
Quelles sont les dernières actualités des communautés françaises de bioinformatique ? Vous saurez tout dans ce nouveau numéro des Bioinformations : https://www.bioinformations.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une newsletter trimestrielle créée en 2012, à l'initiative de la Société Française de Bioinformatique (SFBI), l'association de Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog collaboratif Bioinfo-fr.net,…
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Chronique d'une soumission de données à GEO
Je vais vous raconter étape par étape ma soumission de données de séquençage à la base de données de génomique GEO (Gene Expression Omnibus) d'un projet en cours de finition. Sommaire GEO, Qu'est-ce que c'est ? Lorsque l'on veut publier les résultats d'une étude comprenant du séquençage haut débit, nous devons publier les données brutes et…