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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Bioinformatique

  • Les pièges mentaux à éviter pour les plus jeunes chercheurs

    Les pièges mentaux à éviter pour les plus jeunes chercheurs

    Aujourd'hui, j'aimerais expri­mer une opi­nion que je ne vois pas et qui fait suite à quelques conseils don­nées aux doc­to­rants dans ce blog. Ce mes­sage s'adresse à tous, dans une com­mu­nau­té à laquelle je n'appartiens plus vrai­ment n'étant plus dans l'académique. Nous évo­que­rons ici cer­tains cli­chés que j'ai enten­du. Un jour on est jeune, on…

  • Les IA génératives ne sont pas vos amies !

    Les IA génératives ne sont pas vos amies !

    Cher jour­nal, je t'écris pour répondre à un billet que tu as publié plus tôt. Pour le résu­mer avec un peu de mau­vaise foi : uti­li­ser des IA géné­ra­tives, c'est trop cool. Contexte ? Je ne vais ici par­ler que d'IA géné­ra­tive, pas d'autres méthodes d'IA comme celles qui per­mettent de faire de la clas­si­fi­ca­tion ou du…

  • Les Bioinformations n°39 sont là !

    Les Bioinformations n°39 sont là !

    Quelles sont les der­nières actua­li­tés des com­mu­nau­tés fran­çaises de bio­in­for­ma­tique ? Vous sau­rez tout dans ce nou­veau numé­ro des Bio­in­for­ma­tions : https://​www​.bio​in​for​ma​tions​.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une news­let­ter tri­mes­trielle créée en 2012, à l'initiative de la Socié­té Fran­çaise de Bio­in­for­ma­tique (SFBI), l'association de Jeunes Bio­in­for­ma­ti­ciens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog col­la­bo­ra­tif Bioin​fo​-fr​.net,…

  • La diversité des algorithmes de clustering

    La diversité des algorithmes de clustering

    Introduction Cette plante est-elle comestible ? Cet animal est-il dangereux ? Classer des choses similaires dans une même catégorie et des choses dissimilaires dans différentes catégories est une idée intuitive que les enfants pratiquent dès le plus jeune âge. On utilise ainsi le même mot, « une chaise » par exemple, pour désigner une très grande variété d’objets possédant…

  • R : Convertir des Ensembl IDs en symboles de gènes

    R : Convertir des Ensembl IDs en symboles de gènes

    Lorsque l'on traite des don­nées de RNA-seq, il arrive très sou­vent de se retrou­ver avec une matrice de quan­ti­fi­ca­tion de l'expression des gènes (un tableau avec le nombre de reads par gène) dont le nom des gènes est repré­sen­té par leur iden­ti­fiant (ou ID) de chez Ensem­bl (ex. : "ENSG00000128573") et non par leurs sym­boles…

  • Dans l'antre des réseaux : Principes et perspectives dans la biologie

    Dans l'antre des réseaux : Principes et perspectives dans la biologie

    Avant d'aller plus loin sur ce billet, je sou­haite pré­ci­ser que je ne connais abso­lu­ment pas tout sur la théo­rie des graphes. Ceci n'est qu'une modeste intro­duc­tion, visant soit à ins­pi­rer de nou­velles idées pour de futurs articles, soit à sus­ci­ter un simple "Hmmm… inté­res­sant." chez le lec­teur. Mes connais­sances sont assez limi­tées à ce…

  • Les Bioinformations n°38 sont là !

    Les Bioinformations n°38 sont là !

    Quelles sont les der­nières actua­li­tés des com­mu­nau­tés fran­çaises de bio­in­for­ma­tique ? Vous sau­rez tout dans ce nou­veau numé­ro des Bio­in­for­ma­tions : https://​www​.bio​in​for​ma​tions​.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une news­let­ter tri­mes­trielle créée en 2012, à l'initiative de la Socié­té Fran­çaise de Bio­in­for­ma­tique (SFBI), l'association de Jeunes Bio­in­for­ma­ti­ciens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog col­la­bo­ra­tif Bioin​fo​-fr​.net,…

  • Caricature de la bioinformatique pour mon collègue IT

    Caricature de la bioinformatique pour mon collègue IT

    Ce blog n'est pas tou­jours lisible pour ma mère. Ce blog n'est pas lisible pour mes grands-parents, mais sur­tout, il ne l'est pas pour toi, mon col­lègue infor­ma­ti­cien. Toi qui ne me com­prends pas quand je te dis que je tra­vaille sur des don­nées de grande dimen­sion et qui ima­gines des images ou du texte.…