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Catégorie : Découverte

  • Les tests en bioinformatique

    Les tests en bioinformatique

    Tester est-ce douter ? Aujourd'hui on va par­ler d'un truc très connu des infor­ma­ti­ciens mais encore trop peu connu en bio-infor­ma­tique : les tests. Cette pra­tique est pour­tant conseillée dans le guide du bon bro­in­for­ma­ti­cien . Alors, qu'est ce qu'un test ? Un test désigne une pro­cé­dure de véri­fi­ca­tion d'un sys­tème. Son objec­tif prin­ci­pal est d'identifier un nombre…

  • Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny

    Vous avez un script que vous sou­hai­tez par­ta­ger avec une équipe expé­ri­men­tale ? Vous ne vou­lez pas que les uti­li­sa­teurs modi­fient le code pour para­mé­trer votre pro­gramme ? Vous codez avec R ? Alors cet article est fait pour vous ! Nous allons voir com­ment créer une appli­ca­tion web avec R et per­mettre à votre uti­li­sa­teur d’exécuter votre code…

  • La programmation concurrente en python

    La programmation concurrente en python

    Ce tuto­riel est une tra­duc­tion infi­dèle d'un article de real​py​thon​.com https://​real​py​thon​.com/​p​y​t​h​o​n​-​c​o​n​c​u​r​r​e​n​c​y​/​#​w​h​e​n​-​t​o​-​u​s​e​-​c​o​n​c​u​r​r​e​ncy Mer­ci à eux pour leur for­mi­dable tra­vail et leur auto­ri­sa­tion. Vous avez cer­tai­ne­ment enten­du par­ler de la librai­rie asyn­cio qui a été ajou­té à Python 3 et vous êtes curieux de savoir com­ment elle se place par rap­port aux autres méthodes de pro­gram­ma­tions concur­rentes ?…

  • Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    L'étude de la régu­la­tion de l'expression des gènes est une dis­ci­pline com­plexe qui recoupe des don­nées pro­ve­nant de divers types d'expériences. Dans un pré­cé­dent article, nous avions vu trois tech­niques de bio­lo­gie molé­cu­laire cou­plées à du séquen­çage haut débit clas­si­que­ment employées pour mettre en évi­dence les régions acces­sibles de l'ADN, et donc poten­tiel­le­ment des régions…

  • ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans…

  • Bioconvert — simplifier les conversions de formats

    Bioconvert Qui n'a jamais eu à conver­tir un fichier de don­nées bio­lo­giques dans un autre for­mat ? Il y a bien sur le clas­sique fastq vers fas­ta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un conver­tis­seur "mai­son", pas for­cé­ment opti­mal. D'autres for­mats sont par­fois plus pro­blé­ma­tiques, par exemple la conver­sion vers et depuis GFF2/​GFF3. De ces dif­fé­rents…

  • canSnippet : le voilà !

    canSnippet : le voilà !

    Nous vous l'avions annon­cé il y a qua­si­ment un an jour pour jour lors de notre pré­sen­ta­tion à JOBIM2017 à Lille. Il est main­te­nant là, dis­po­nible, consul­table et à por­tée de tous : canS­nip­pet Com­mu­ni­ty Edi­tion. A vos marques pages, c'est ici que ça se pas­se­ra doré­na­vant : https://​cans​nip​pet​.bioin​fo​-fr​.net/ ! Le principe Avoir une col­lec­tion de snip­pets…

  • Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas

    Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas

    Durant mon stage de M2, j’ai eu l’occasion de cha­touiller ce drôle d’animal qu’est pan­das. En effet, j’ai tra­vaillé sur des don­nées de pro­téo­mique conte­nues dans des fichiers tabu­lés. Il s'agissait de com­pa­rer la pré­sence des pro­téines ou leur expres­sion dans dif­fé­rents échan­tillons. Les abon­dances rela­tives (la variable étu­diée) étaient indi­quées pour les dif­fé­rentes pro­téines…

  • Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?

    Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?

    Comment je me suis posé la question. Chez les euca­ryotes, l'ADN est orga­ni­sé en domaines plus ou moins com­pac­tés, avec des taux de trans­crip­tion plus ou moins éle­vés, et qui sont mar­qués dif­fé­ren­tiel­le­ment par un cer­tain nombre de marques épi­gé­né­tiques (méthy­la­tion de l'ADN, modi­fi­ca­tions post-tra­duc­tion­nelles des his­tones, variants d'histones, etc.). Il est fré­quent d'essayer de…