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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Découverte

  • Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

    Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

    Titre incluant un moyen mné­mo­tech­nique ;D Avec ses cercles entre­croi­sés, on ne pré­sente plus le célèbre dia­gramme de Venn. Cette repré­sen­ta­tion est uti­li­sée dans le cas où l'on sou­haite repré­sen­ter le recou­pe­ment de don­nées de nombre fini selon plu­sieurs variables qua­li­ta­tives. De façon plus simple lorsqu'on a 2 variables qua­li­ta­tives : com­bien d'éléments pré­sents dans la…

  • Génomique des paysages

    Génomique des paysages

    Introduction « Géno­mique des pay­sages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une dis­ci­pline scien­ti­fique qui a connu une expan­sion ful­gu­rante au cours de la der­nière décen­nie. Les enjeux envi­ron­ne­men­taux et de conver­sa­tion actuels ont ren­dus pres­sante la néces­si­té de mieux com­prendre et décrire les espèces…

  • Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

    Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

    Le cinquième va vous étonner ! Introduction : l'olfaction, un sens assez bien compris et compréhensible L’olfaction n'est peut-être pas le plus noble des sens, com­pa­ré à la vue ou l’ouïe par exemple, mais il s'agit d'un sens assez bien com­pris aujourd'hui. C'est notam­ment grâce aux tra­vaux des bio­lo­gistes Lin­da B. Buck et Richard Axel, récom­pen­sés par…

  • Les tests en bioinformatique

    Les tests en bioinformatique

    Tester est-ce douter ? Aujourd'hui on va par­ler d'un truc très connu des infor­ma­ti­ciens mais encore trop peu connu en bio-infor­ma­tique : les tests. Cette pra­tique est pour­tant conseillée dans le guide du bon bro­in­for­ma­ti­cien . Alors, qu'est ce qu'un test ? Un test désigne une pro­cé­dure de véri­fi­ca­tion d'un sys­tème. Son objec­tif prin­ci­pal est d'identifier un nombre…

  • Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny

    Vous avez un script que vous sou­hai­tez par­ta­ger avec une équipe expé­ri­men­tale ? Vous ne vou­lez pas que les uti­li­sa­teurs modi­fient le code pour para­mé­trer votre pro­gramme ? Vous codez avec R ? Alors cet article est fait pour vous ! Nous allons voir com­ment créer une appli­ca­tion web avec R et per­mettre à votre uti­li­sa­teur d’exécuter votre code…

  • La programmation concurrente en python

    La programmation concurrente en python

    Ce tuto­riel est une tra­duc­tion infi­dèle d'un article de real​py​thon​.com https://​real​py​thon​.com/​p​y​t​h​o​n​-​c​o​n​c​u​r​r​e​n​c​y​/​#​w​h​e​n​-​t​o​-​u​s​e​-​c​o​n​c​u​r​r​e​ncy Mer­ci à eux pour leur for­mi­dable tra­vail et leur auto­ri­sa­tion. Vous avez cer­tai­ne­ment enten­du par­ler de la librai­rie asyn­cio qui a été ajou­té à Python 3 et vous êtes curieux de savoir com­ment elle se place par rap­port aux autres méthodes de pro­gram­ma­tions concur­rentes ?…

  • Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    L'étude de la régu­la­tion de l'expression des gènes est une dis­ci­pline com­plexe qui recoupe des don­nées pro­ve­nant de divers types d'expériences. Dans un pré­cé­dent article, nous avions vu trois tech­niques de bio­lo­gie molé­cu­laire cou­plées à du séquen­çage haut débit clas­si­que­ment employées pour mettre en évi­dence les régions acces­sibles de l'ADN, et donc poten­tiel­le­ment des régions…

  • ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans…