Catégorie : Découverte

  • Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress

    Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress

    De nos jours, lors de la publi­ca­tion de résul­tats, il est néces­saire de rendre public les éven­tuelles don­nées de séquen­çage géné­rées. Si un faible nombre d’irréductibles conti­nuent à ne four­nir les don­nées que sur demande, les bonnes pra­tiques poussent à les dépo­ser dans des bases de don­nées libre­ment acces­sibles. Quatre grandes bases de don­nées de séquen­çage…

  • Le site du NCBI "un peu" plus moderne grâce aux extensions de navigateurs

    Le site du NCBI "un peu" plus moderne grâce aux extensions de navigateurs

    « Pour la semaine pro­chaine vous allez devoir trou­ver et étu­dier l’article sur le site du NCBI [insé­rer un nom bien com­pli­qué ici] » Pas­sée la décep­tion d’avoir à se plon­ger dans un article obs­cur en anglais, on ouvre l’article en ques­tion et là… on découvre un énorme pavé de texte ma foi fort inté­res­sant mais…

  • Créez vos documents collaboratifs en LaTeX

    Créez vos documents collaboratifs en LaTeX

    Aujourd'hui, on vous pré­sente une méthode pour créer vos docu­ments col­la­bo­ra­tifs en ligne, en uti­li­sant LaTeX, ain­si que quelques astuces qui pour­ront peut-être vous sim­pli­fier la vie ! Un petit peu de contexte Ima­gi­nons : vous êtes un jeune cher­cheur dyna­mique, et vous vou­lez rédi­ger un papier avec vos col­la­bo­ra­teurs. Ou bien vous êtes un étu­diant, et…

  • Virtualisez pour plus de reproductibilité

    Virtualisez pour plus de reproductibilité

    Virtualisez pour plus de reproductibilité Pour commencer Vous avez enten­du par­ler de repro­duc­ti­bi­li­té. Vous vou­lez vous y mettre ? Vous vous dites que la vir­tua­li­sa­tion vous aide­rait à uti­li­ser tou­jours la même ver­sion d'un outil pré­cis. En savoir plus sur Docker vous aide­rait bien ? Cet article est donc pour vous. Je pro­fite de l'occasion pour par­ler…

  • Identification des relations entre la variabilité génétique et le phénotype : cartographie QTL

    Identification des relations entre la variabilité génétique et le phénotype : cartographie QTL

    Les indi­vi­dus d’une même espèce, à moins qu’ils ne soient des clones iden­tiques, sont tous légè­re­ment dif­fé­rents les uns des autres. Cette dif­fé­rence s’exprime à tous les niveaux, de l’apparence (phé­no­type macro­sco­pique), au génome (dif­fé­rents allèles pour le même gène), en pas­sant par les phé­no­types micro­sco­piques (aus­si appe­lés molé­cu­laires — on pen­se­ra ici aux trans­crip­tomes,…

  • Eh toi ! rev_​comp, tu l'écris comment ?

    Eh toi ! rev_​comp, tu l'écris comment ?

    Écrire un algo­rithme de rev_​comp ou com­plé­ment inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est deve­nu un clas­sique des cours d'algorithmique en étude de bio­in­for­ma­tique, c'est un algo­rithme simple mais qui demande de savoir uti­li­ser les struc­tures de contrôle de base. À la fois un bon exer­cice pra­tique et péda­go­gique, doit-il cepen­dant res­ter implé­men­té comme…

  • Retour d'expérience : bonnes pratiques à appliquer en cas de déréférencement Google (et autres)

    Retour d'expérience : bonnes pratiques à appliquer en cas de déréférencement Google (et autres)

    Aver­tis­se­ment : cet article déroge excep­tion­nel­le­ment à la ligne édi­to­riale que nous nous sommes impo­sées depuis le début de l'aventure. Nous n'allons pas par­ler de bio­in­for­ma­tique de près ou de loin dans cet article. Quoique les plus enthou­siastes d'entre vous pour­raient dire que cela peut arri­ver à une appli­ca­tion web bioin­fo 🙂   Mise en bouche…

  • Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    La diver­si­té des ques­tions que se posent nos amis bio­lo­gistes entraîne une diver­si­té des don­nées : géno­miques, images, etc. De plus, ces don­nées sont géné­rées à des vitesses folles. Pour mani­pu­ler les don­nées et extraire les infor­ma­tions utiles, des solu­tions et outils bio­in­for­ma­tiques sont néces­saires. De nom­breux outils existent déjà pour répondre à de nom­breuses ques­tions.…

  • Conda le meilleur ami du bioinformaticien

    Conda le meilleur ami du bioinformaticien

    Conda, le meilleur ami du bioinformaticien Conda est un package mana­ger écrit en python, comme pypi. Mais contrai­re­ment à celui-ci, il per­met d'installer des pro­grammes écrits dans d'autres lan­gages. Notam­ment vos outils bio­in­for­ma­tiques pré­fé­rés par l’intermédiaire du dépôt bio­con­da. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit sam­tools, bwa, bow­tie, trim­mo­ma­tic, fast­qc et j'en passe,…