ECCB — le bilan

Cet article a été rédi­gé par Guillaume Col­let, Max et Yoann M. Les auteurs tiennent à remer­cier Haut­bit pour sa relec­ture et ses com­men­taires pré-publi­ca­tion.

Les 8, 9, 10, 11, et 12 sep­tembre der­niers, nous étions à la confé­rence ECCB 2012 (Euro­pean Confe­rence on Com­pu­ta­tio­nal Bio­lo­gy). Nous vous pro­po­sons, un mois après, un bilan de ces quelques jours. Évi­dem­ment, nous n'avons pas pu assis­ter à toutes les ses­sions paral­lèles, n'hésitez donc pas à par­ta­ger vos impres­sions si vous étiez par­mi nous.

Dimanche 9 septembre

Le same­di 8 sep­tembre avait lieu plu­sieurs évè­ne­ments aux­quels nous n'avons pas par­ti­ci­pé, en par­ti­cu­lier les 10 ans d'Uniprot et le Euro­pean Student Coun­cil Sym­po­sium (ESCS). Des work­shops et tuto­riaux étaient éga­le­ment pro­po­sés le same­di et le dimanche. J'ai pu par­ti­ci­per au tuto­rial inti­tu­lé "Pro­tein Evo­lu­tion : From Sequence to Struc­ture to Func­tion," qui était inté­res­sant et m'a per­mis de décou­vrir des outils comme Fun­Di, Badasp, et TDG09 (main­te­nant en ver­sion 2012 : TDG12).

La confé­rence a débu­té en fin d'après-midi par le dis­cours de bien­ve­nue du Prof. Dr. Tors­ten Schwede du Bio­zen­trum de  l'Université de Bâle. Le nombre de par­ti­ci­pants était assez impres­sion­nant, plus de 1000 per­sonnes et envi­ron 500 pos­ters. Nous avons eu quelques petits mots sur twit­ter et les règles de bien­séance à suivre (#ECCB12 pour le hash­tag). D'ailleurs en par­lant de twit­ter, les échanges furent nom­breux tout au long de la confé­rence. Cer­tains d'entre nous, étaient d'ailleurs plus bavards que d'autres…

Nous avons com­men­cé par une key­note de Aaron Cie­cha­no­ver, prix Nobel de chi­mie. Il nous a pré­sen­té un his­to­rique des recherches sur l'ubiquitine, petite pro­téine ser­vant à mar­quer les pro­téines qui seront éli­mi­nées de l'organisme. Nous avons ensuite eu deux pré­sen­ta­tions : une sur la modu­la­ri­té et l'évolution des "inter­ac­tomes" entre dif­fé­rentes espèces par Colm J. Ryan (ref), et une autre sur la pré­dic­tion de struc­ture de pro­téines mem­bra­naires (evfold​.org) grâce à la co-évo­lu­tion des colonnes d'un ali­gne­ment mul­tiple par Chris San­der (ref).

La pre­mière ses­sion s'est ter­mi­née vers 19h et nous sommes par­tis en tram pour la récep­tion d'accueil à Eli­sa­be­then­kirche. Ne par­lant pas Alle­mand, je n'avais pas com­pris que la récep­tion se pas­se­rai dans une église (kirche)… mais c'était bien le cas. Nous avons donc bu et man­gé dans une église avec un petit orchestre en fond sonore. Ama­zing !

Lundi 10 septembre

Après avoir ins­tal­lé nos pos­ters, la confé­rence s'est ouverte avec Gene Myers, que beau­coup connaissent pour sa contri­bu­tion à la concep­tion du logi­ciel BLAST (mais si : année 1990 voyons, un petit effort 😉 ), et sa key­note "Buil­ding Cel­lu­lar Models with Light Micro­sco­py." Une très belle pré­sen­ta­tion sur l'utilisation de la micro­sco­pie pour obser­ver les être vivants. En par­ti­cu­lier des images et une ani­ma­tion impres­sion­nante de la com­mu­ni­ca­tion entre neu­rones dans un cer­veau de mouche (plus d'infos sur sa page).

Ont sui­vi plu­sieurs ses­sions en paral­lèle, dont une ses­sion dédiée aux indus­triels (Tech Track) au cours de laquelle a été pré­sen­té IMPROVER (Indus­trial Metho­do­lo­gy for Pro­cess Veri­fi­ca­tion in Research), un pro­jet com­mu­nau­taire finan­cé par PMI et IBM dont le but est de garan­tir la fia­bi­li­té des don­nées bio­lo­giques pour la recherche. Le chal­lenge est ouvert à tous et si vous déci­dez d'y par­ti­ci­per avec votre labo­ra­toire, ils vous garan­tissent un accès à des don­nées de très bonne qua­li­té, une éva­lua­tion de vos méthodes, ain­si qu'une bourse de 50 000$ pour le finan­ce­ment des recherches.

Après une pause café, nous avons repris les ses­sions paral­lèles. D'un coté une ses­sion autour de la bio­lo­gie des sys­tèmes, avec en par­ti­cu­lier une élé­gante méthode uti­li­sant la stœ­chio­mé­trie pour décou­vrir des réac­tion dans les réseaux méta­bo­liques par Georg Bas­ler, de l'autre un Tech Track, et enfin, une ses­sion sur la visua­li­sa­tion de don­nées bio­lo­giques (Bioi­ma­ging) au cours de laquelle Kay Nie­selt nous a pré­sen­té MAYDAY, un work­bench pour la visua­li­sa­tion, l'analyse, et le sto­ckage des don­nées microar­ray.

Le midi, les repas étaient ser­vis dans le grand hall où il y avait éga­le­ment les pos­ters. Les nom­breuses petites tables dis­sé­mi­nées un peu par­tout étaient très convi­viales. La nour­ri­ture était très bien.

Les ses­sions paral­lèles de l'après-midi ont eu pour thèmes les inter­ac­tions de pro­téines, la phy­lo­gé­nie et l'évolution. La ses­sion évo­lu­tion et phy­lo­gé­nie a démar­ré avec cette ques­tion de Éric Tan­nier : "Est-ce que l'arrangement des gènes dans le génome ances­tral est linéaire ?" Et sur­tout, gagne-t-on quelque chose à oublier la linéa­ri­té des chro­mo­somes ? La pré­sen­ta­tion de Mau­reen Stol­zer était éga­le­ment très inté­res­sante. Elle pro­po­sait de récon­ci­lier la phy­lo­gé­nie des espèces avec la phy­lo­gé­nie d'un gène grâce aux arbres phy­lo­gé­né­tiques non-binaires. Les sché­mas uti­li­sés étaient par­ti­cu­liè­re­ment bien pen­sé, en voi­ci un exemple.

Après la pause café, nous avons ter­mi­né la jour­née par la key­note de Laurent Kel­ler sur l'influence d'un gène sur l'organisation sociale des four­mis. En effet, cer­taines colo­nies acceptent plu­sieurs reines alors que d'autres en n'ont qu'une et une seule. La faute à un gène ?

Une des meilleures pré­sen­ta­tion de la confé­rence, Laurent Kel­ler est un très bon ora­teur qui joue avec le public. Nous avons ado­ré.

Juste avant de finir la jour­née par une ses­sion pos­ter, nous avons assis­té à une pré­sen­ta­tion de Denis Noble accom­pa­gné à la gui­tare par Chris­toph Denoth : "The music of life". Une pré­sen­ta­tion très agréable où l'art et la science se mélangent pour nous rap­pe­ler que la par­ti­tion ne fait pas la musique, que mul­ti­plier par deux ça monte très vite et qu'on aborde l'inconnu avec notre vision du monde.

La ses­sion pos­ter comp­taient plus de 500 pos­ters affi­chés. La rigueur suisse se res­sen­tait : le tri par caté­go­ries était très plai­sant, on navi­guait faci­le­ment dans nos caté­go­ries d'intérêts res­pec­tives. Rapi­de­ment plu­sieurs pos­ters se sont démar­qués et ont fait par­ler d'eux sur Twit­ter. A noter éga­le­ment qu'une appli­ca­tion pour smart­phones, spé­cia­le­ment conçue pour la confé­rence, était dis­po­nible. On a pu y retrou­ver le plan du centre des congrès, les par­ti­ci­pants, leurs tra­vaux et le résu­mé de tout les pos­ters pré­sents.

Mardi 11 septembre

Ce mar­di, nous avons com­men­cé la jour­née par une key­note de Bar­ry Honig sur l'intégration des infor­ma­tions de struc­ture en bio­lo­gie sys­té­mique afin de pré­dire les inter­ac­tions pro­téine-pro­téine. Il y avait ensuite des ses­sions paral­lèles avec les tra­di­tion­nels Tech Track, une ses­sion sur le séquen­çage et une sur les onto­lo­gies et la fouille de don­nées.

Au cours de cette der­nière ses­sion, Michael Bell nous a expli­qué que les anno­ta­tions UNIPROT sont réa­li­sée auto­ma­ti­que­ment ou à la main. La qua­li­té des anno­ta­tions est donc assez variable. Afin de les amé­lio­rer, ils sou­haitent faire un peu comme Wiki­pé­dia : auto­ri­ser les uti­li­sa­teurs à anno­ter et à noter les fichiers uti­li­sés.

Puis Ernes­to Iacuc­ci nous a expli­qué son tra­vail sur les récep­teurs et la liai­son des ligands en le com­pa­rant à du "e‑dating". En effet, pour expli­quer son job à ses proches il leur dit qu'il doit com­pa­rer deux can­di­dats et éva­luer le poten­tiel de "mat­ching" entre les deux,. Il a donc pu conce­voir une base de don­nées propre aux liai­sons des ligands et des récep­teur qui semble inté­res­sante : Relian­ceDB.

Enfin, avant la pause café, Sam­po Pyy­sa­lo nous a expli­qué qu'il se base sur des anno­ta­tions faites à la main et jugées cor­rectes pour ten­ter de les adap­ter pour l'analyse auto­ma­tique. Il nous a alors détaillé quelques exemples comme CARO (Com­mon Ana­to­my Refe­rence Onto­lo­gy) ou bien GO (Gene Onto­lo­gy) qui dis­posent res­pec­ti­ve­ment de 16 et 29 types de pro­ces­sus d'annotation dif­fé­rents. Enfin, il a pré­sen­té BRAT, un envi­ron­ne­ment d'annotation com­mu­nau­taire open source et online. A essayer !

Nous avons éga­le­ment assis­té à la pré­sen­ta­tion de L. Holm, sur un outil per­met­tant de retrou­ver des séquences à haut débit, ain­si que celle de F. Gau­dreault qui a étu­dié la rota­tion des chaînes laté­rales des acides ami­nés au niveau d'un site actif, en pré­sence ou non d'un ligand.

Nous attri­buons le prix de la pré­sen­ta­tion bling-bling à IBM et leur nou­veau jou­jou : WATSON. Impres­sion­nant ! Ils ont réus­si à pro­duire une intel­li­gence arti­fi­cielle tota­le­ment cou­pée du réseau qui ingur­gite des tonnes et des tonnes de data et qui enre­gistre TOUT. De cette manière, et grâce à un puis­sant algo­rithme, l'ordinateur est capable de répondre de manière très juste à beau­coup de ques­tions.  Tes­té sur le jeu du Jeo­par­dy pour en prou­ver l'efficacité, il est main­te­nant adap­té dans des sec­teurs comme la san­té et la finance.

Cette jour­née s'est ter­mi­née par une ses­sion pos­ter et par la soi­rée de Gala. Nous avons eu droit à un réci­tal de Chris­toph Denoth, c'était vrai­ment magni­fique. En plus, tout les par­ti­ci­pants sont repar­tis avec un CD de l'artiste. Beau cadeau.

Mercredi 12 septembre

Der­nier jour de la confé­rence, la fatigue était pré­sente sur les visages. Tou­jours beau­coup de ses­sions en paral­lèle. Nous avons pu assis­ter à une pré­sen­ta­tion de J. Li sur l'architecture des réseaux de régu­la­tions selon dif­fé­rents tis­sus ain­si qu'une pré­sen­ta­tion très tech­nique (et mathé­ma­tique) de N. Radde qui a com­pa­ré une approche bayé­sienne et une approche sta­tis­tique clas­sique (test de Fisher) en bio­lo­gie sys­té­mique.

La der­nière key­note de la confé­rence était tenue par Johannes van Beek qui nous a pré­sen­té un moyen de modé­li­ser le trans­fert d'énergie dans les muscles et dans le corps humain. Pour cela, il a sui­vi un cycliste durant le Tour de France durant une étape de contre-la-montre en mon­tagne. Mal­heu­reu­se­ment pour lui, et pour l'étude scien­ti­fique qui s'en trouve enta­chée, le cycliste en ques­tion n'était autre que Lance Arm­strong… Si on passe outre ce "détail", toutes les expé­ri­men­ta­tions et visua­li­sa­tions des résul­tats étaient très bien pen­sées et très bien réa­li­sées.

Enfin, et pour conclure en beau­té nous avons le plai­sir de féli­ci­ter un de nos contri­bu­teur, Adem (son blog), qui a rem­por­té le prix du meilleur pos­ter de l'ECCB. Il nous pré­sen­te­ra d'ailleurs son pos­ter en réa­li­té aug­men­té très pro­chai­ne­ment. Il suc­cède donc à Nico M., gagnant du prix du meilleur pos­ter de JOBIM2012. Une nou­velle devise est donc née :

Là où bioin­fo-fr passe, les pos­ters tré­passent !

En bonus, quelques pho­tos de la confé­rence :