Conférence :
ECCB - le bilan

Cet article a été rédigé par Guillaume Collet, Max et Yoann M. Les auteurs tiennent à remercier Hautbit pour sa relecture et ses commentaires pré-publication.

 

Les 8, 9, 10, 11, et 12 septembre derniers, nous étions à la conférence ECCB 2012 (European Conference on Computational Biology). Nous vous proposons, un mois après, un bilan de ces quelques jours. Évidemment, nous n'avons pas pu assister à toutes les sessions parallèles, n'hésitez donc pas à partager vos impressions si vous étiez parmi nous.

(copyright ECCB 2012)


Dimanche 9 septembre

Le samedi 8 septembre avait lieu plusieurs évènements auxquels nous n'avons pas participé, en particulier les 10 ans d'Uniprot et le European Student Council Symposium (ESCS). Des workshops et tutoriaux étaient également proposés le samedi et le dimanche. J'ai pu participer au tutorial intitulé "Protein Evolution: From Sequence to Structure to Function," qui était intéressant et m'a permis de découvrir des outils comme FunDi, Badasp, et TDG09 (maintenant en version 2012 : TDG12).

Présentation ECCB 2012

Pr Torsten Schwede

 

La conférence a débuté en fin d'après-midi par le discours de bienvenue du Prof. Dr. Torsten Schwede du Biozentrum de  l'Université de Bâle. Le nombre de participants était assez impressionnant, plus de 1000 personnes et environ 500 posters. Nous avons eu quelques petits mots sur twitter et les règles de bienséance à suivre (#ECCB12 pour le hashtag). D'ailleurs en parlant de twitter, les échanges furent nombreux tout au long de la conférence. Certains d'entre nous, étaient d'ailleurs plus bavards que d'autres...

Nombre de tweets par jour et Top des utilisateurs lors de l'ECCB

Nous avons commencé par une keynote de Aaron Ciechanover, prix Nobel de chimie. Il nous a présenté un historique des recherches sur l'ubiquitine, petite protéine servant à marquer les protéines qui seront éliminées de l'organisme. Nous avons ensuite eu deux présentations : une sur la modularité et l'évolution des "interactomes" entre différentes espèces par Colm J. Ryan (ref), et une autre sur la prédiction de structure de protéines membranaires (evfold.org) grâce à la co-évolution des colonnes d'un alignement multiple par Chris Sander (ref).

La première session s'est terminée vers 19h et nous sommes partis en tram pour la réception d'accueil à Elisabethenkirche. Ne parlant pas Allemand, je n'avais pas compris que la réception se passerai dans une église (kirche)... mais c'était bien le cas. Nous avons donc bu et mangé dans une église avec un petit orchestre en fond sonore. Amazing !

Intérieur d'Elisabethenkirche

Lundi 10 septembre

Après avoir installé nos posters, la conférence s'est ouverte avec Gene Myers, que beaucoup connaissent pour sa contribution à la conception du logiciel BLAST (mais si : année 1990 voyons, un petit effort 😉 ), et sa keynote "Building Cellular Models with Light Microscopy." Une très belle présentation sur l'utilisation de la microscopie pour observer les être vivants. En particulier des images et une animation impressionnante de la communication entre neurones dans un cerveau de mouche (plus d'infos sur sa page).

Ont suivi plusieurs sessions en parallèle, dont une session dédiée aux industriels (Tech Track) au cours de laquelle a été présenté IMPROVER (Industrial Methodology for Process Verification in Research), un projet communautaire financé par PMI et IBM dont le but est de garantir la fiabilité des données biologiques pour la recherche. Le challenge est ouvert à tous et si vous décidez d'y participer avec votre laboratoire, ils vous garantissent un accès à des données de très bonne qualité, une évaluation de vos méthodes, ainsi qu'une bourse de 50 000$ pour le financement des recherches.

Après une pause café, nous avons repris les sessions parallèles. D'un coté une session autour de la biologie des systèmes, avec en particulier une élégante méthode utilisant la stœchiométrie pour découvrir des réaction dans les réseaux métaboliques par Georg Basler, de l'autre un Tech Track, et enfin, une session sur la visualisation de données biologiques (Bioimaging) au cours de laquelle Kay Nieselt nous a présenté MAYDAY, un workbench pour la visualisation, l'analyse, et le stockage des données microarray.

Le midi, les repas étaient servis dans le grand hall où il y avait également les posters. Les nombreuses petites tables disséminées un peu partout étaient très conviviales. La nourriture était très bien.

Les sessions parallèles de l'après-midi ont eu pour thèmes les interactions de protéines, la phylogénie et l'évolution. La session évolution et phylogénie a démarré avec cette question de Éric Tannier : "Est-ce que l'arrangement des gènes dans le génome ancestral est linéaire ?" Et surtout, gagne-t-on quelque chose à oublier la linéarité des chromosomes ? La présentation de Maureen Stolzer était également très intéressante. Elle proposait de réconcilier la phylogénie des espèces avec la phylogénie d'un gène grâce aux arbres phylogénétiques non-binaires. Les schémas utilisés étaient particulièrement bien pensé, en voici un exemple.

arbes phylogénétiques non-binnaires

Présentation de Maureen Stolzer

Après la pause café, nous avons terminé la journée par la keynote de Laurent Keller sur l'influence d'un gène sur l'organisation sociale des fourmis. En effet, certaines colonies acceptent plusieurs reines alors que d'autres en n'ont qu'une et une seule. La faute à un gène ?

Laurent Keller show

Une des meilleures présentation de la conférence, Laurent Keller est un très bon orateur qui joue avec le public. Nous avons adoré.

Juste avant de finir la journée par une session poster, nous avons assisté à une présentation de Denis Noble accompagné à la guitare par Christoph Denoth : "The music of life". Une présentation très agréable où l'art et la science se mélangent pour nous rappeler que la partition ne fait pas la musique, que multiplier par deux ça monte très vite et qu'on aborde l'inconnu avec notre vision du monde.

Christoph Denoth en pleine représentation

La session poster comptaient plus de 500 posters affichés. La rigueur suisse se ressentait : le tri par catégories était très plaisant, on naviguait facilement dans nos catégories d'intérêts respectives. Rapidement plusieurs posters se sont démarqués et ont fait parler d'eux sur Twitter. A noter également qu'une application pour smartphones, spécialement conçue pour la conférence, était disponible. On a pu y retrouver le plan du centre des congrès, les participants, leurs travaux et le résumé de tout les posters présents.

Mardi 11 septembre

Ce mardi, nous avons commencé la journée par une keynote de Barry Honig sur l'intégration des informations de structure en biologie systémique afin de prédire les interactions protéine-protéine. Il y avait ensuite des sessions parallèles avec les traditionnels Tech Track, une session sur le séquençage et une sur les ontologies et la fouille de données.

Au cours de cette dernière session, Michael Bell nous a expliqué que les annotations UNIPROT sont réalisée automatiquement ou à la main. La qualité des annotations est donc assez variable. Afin de les améliorer, ils souhaitent faire un peu comme Wikipédia : autoriser les utilisateurs à annoter et à noter les fichiers utilisés.

Puis Ernesto Iacucci nous a expliqué son travail sur les récepteurs et la liaison des ligands en le comparant à du "e-dating". En effet, pour expliquer son job à ses proches il leur dit qu'il doit comparer deux candidats et évaluer le potentiel de "matching" entre les deux,. Il a donc pu concevoir une base de données propre aux liaisons des ligands et des récepteur qui semble intéressante : RelianceDB.

La rigueur suisse qui nous prévient du début des sessions...

Enfin, avant la pause café, Sampo Pyysalo nous a expliqué qu'il se base sur des annotations faites à la main et jugées correctes pour tenter de les adapter pour l'analyse automatique. Il nous a alors détaillé quelques exemples comme CARO (Common Anatomy Reference Ontology) ou bien GO (Gene Ontology) qui disposent respectivement de 16 et 29 types de processus d'annotation différents. Enfin, il a présenté BRAT, un environnement d'annotation communautaire open source et online. A essayer !

Nous avons également assisté à la présentation de L. Holm, sur un outil permettant de retrouver des séquences à haut débit, ainsi que celle de F. Gaudreault qui a étudié la rotation des chaînes latérales des acides aminés au niveau d'un site actif, en présence ou non d'un ligand.

Nous attribuons le prix de la présentation bling-bling à IBM et leur nouveau joujou : WATSON. Impressionnant ! Ils ont réussi à produire une intelligence artificielle totalement coupée du réseau qui ingurgite des tonnes et des tonnes de data et qui enregistre TOUT. De cette manière, et grâce à un puissant algorithme, l'ordinateur est capable de répondre de manière très juste à beaucoup de questions.  Testé sur le jeu du Jeopardy pour en prouver l'efficacité, il est maintenant adapté dans des secteurs comme la santé et la finance.

Cette journée s'est terminée par une session poster et par la soirée de Gala. Nous avons eu droit à un récital de Christoph Denoth, c'était vraiment magnifique. En plus, tout les participants sont repartis avec un CD de l'artiste. Beau cadeau.

Mercredi 12 septembre

Dernier jour de la conférence, la fatigue était présente sur les visages. Toujours beaucoup de sessions en parallèle. Nous avons pu assister à une présentation de J. Li sur l'architecture des réseaux de régulations selon différents tissus ainsi qu'une présentation très technique (et mathématique) de N. Radde qui a comparé une approche bayésienne et une approche statistique classique (test de Fisher) en biologie systémique.

La dernière keynote de la conférence était tenue par Johannes van Beek qui nous a présenté un moyen de modéliser le transfert d'énergie dans les muscles et dans le corps humain. Pour cela, il a suivi un cycliste durant le Tour de France durant une étape de contre-la-montre en montagne. Malheureusement pour lui, et pour l'étude scientifique qui s'en trouve entachée, le cycliste en question n'était autre que Lance Armstrong... Si on passe outre ce "détail", toutes les expérimentations et visualisations des résultats étaient très bien pensées et très bien réalisées.

Adem et son poster en réalité augmentée !

Enfin, et pour conclure en beauté nous avons le plaisir de féliciter un de nos contributeur, Adem (son blog), qui a remporté le prix du meilleur poster de l'ECCB. Il nous présentera d'ailleurs son poster en réalité augmenté très prochainement. Il succède donc à Nico M., gagnant du prix du meilleur poster de JOBIM2012. Une nouvelle devise est donc née :

 

Là où bioinfo-fr passe, les posters trépassent !

 

En bonus, quelques photos de la conférence :

Bioinfo-fr était là ! ( de g. à d. : Adem B., Guillaume C., Yohan J., Yoann M. et Maxime G.)

 

Un fidèle lecteur et bloggeur sur scène

 

Des caquelons ! A fond la tome !

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4 commentaires sur “ECCB - le bilan

  1. Sympa, merci pour ce compte-rendu.

    J\'ai beaucoup apprécié la journée satellite anniversaire d\'Uniprot. J\'avais commencé un compte-rendu que je vais sans doute jamais finir.. mais éventuellement je peux le coller la pour ceux que ça intéresse. En anglais j\'ai le droit aussi ?

    Sinon c\'est qui le fidèle lecteur de la 2e photo ?

    • Salut Magali !

      Ben écoutes, plusieurs solutions possibles :

      - soit tu colles ton compte-rendu ici en commentaire
      - soit tu nous le transmet en mail et on peut/tu peux (si tu préfères) le traduire et le rajouter en edit en fin du billet par exemple
      - soit on te créer un compte, et tu nous rédiges un petit billet sur cette journée en particulier par exemple. Mais je suis pas sûr que le temps soit de ton coté à ce que je crois comprendre 🙂

      Bref, choisi et fais comme chez toi surtout : c\'est fait pour ! 🙂

      Et pour le fidèle lecteur sur scène, tu trouveras les infos que tu veux sur son propre blog que je te conseille de bookmarker tout de suite si ce n\'est pas déjà fait : http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/

      • ok super. Je t\'envoie ça par mel. Et oui je suis déjà ToutSePasseCommeSi (grâce à votre post sur How to stay up to date). 🙂

  2. [...] à l’European Conference on Computational Biology à Basel dont vous pouvez voir un compte rendu sur bioinfo-fr. Nous étions également présents lors de l’Assemblée Générale de la Confédération des [...]

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