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J'ai lu : Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire

La phy­lo­gé­nie n'était pas ma matière pré­fé­rée lors de mon mas­ter de bio­in­for­ma­tique, mais j'ai depuis pris le temps de m'y inté­res­ser et je dois avouer que c'est un domaine pas­sion­nant. Le livre que je vous pré­sente aujourd'hui est inti­tu­lé "Concepts et méthodes en phy­lo­gé­nie molé­cu­laire," écrit par Guy Per­rière et Céline Bro­chier-Arma­net, publié dans la col­lec­tion IRIS chez Sprin­ger.

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Sujet

La phy­lo­gé­nie molé­cu­laire consiste à ana­ly­ser les séquences bio­lo­giques afin de recons­truire un arbre phy­lo­gé­né­tique. Nous avons déjà abor­dé ce sujet dans plu­sieurs articles, en par­ti­cu­lier dans celui-ci. Cet ouvrage pro­pose un pano­ra­ma des méthodes per­met­tant de construire des arbres phy­lo­gé­né­tiques : méthodes de dis­tances, de par­ci­mo­nie, de maxi­mum de vrai­sem­blance et les approches bayé­siennes. L'ouvrage aborde aus­si les notions de bases néces­saires pour com­prendre les dif­fé­rentes approches, en par­ti­cu­lier les modèles d'évolution molé­cu­laire. Enfin, un cha­pitre se consacre à l'étude de la robus­tesse des arbres via des tech­niques comme le boots­trap, le jackk­nife, le test de per­mu­ta­tions ou de vrai­sem­blance.

Public visé

Sur la qua­trième de cou­ver­ture, on nous annonce un ouvrage dédié aux étu­diants, aux cher­cheurs et aux bio­in­for­ma­ti­ciens confir­més. Effec­ti­ve­ment, ce livre est très bien construit, très péda­go­gique, per­met­tant ain­si aux étu­diants sou­hai­tant se for­mer d'avoir une base solide. Mais l'ouvrage ne se contente pas d'effleurer chaque sujet, au contraire, les méthodes et les modèles d'évolution sont détaillés, expli­qués, sans faire l'économie des for­mules mathé­ma­tiques.

Revue

"Si un livre sur la phy­lo­gé­nie molé­cu­laire doit être sur vos éta­gères, c'est bien celui-ci !" Ma revue pour­rait s'arrêter là, je consi­dère ce livre comme une base néces­saire à tous ceux qui s'intéressent et pra­tiquent la phy­lo­gé­nie molé­cu­laire. Autre avan­tage de cet ouvrage, il est en fran­çais, ce qui ne gâche rien. J'y ai trou­vé tout ce que je connais­sais de la phy­lo­gé­né­tique (très peu) et j'y ai décou­vert tout le reste (beau­coup).

Disponibilité

Ce livre est dis­po­nible chez Sprin­ger ou sur Ama­zon (et sans doute ailleurs, voire dans vos biblio­thèques de labo) pour un prix entre 35 et 46 €.

Je remer­cie Nico­las, Serah­line et Yoann M.  pour la relec­ture.

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Commentaires

4 réponses à “J'ai lu : Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire”

  1. C'est vrai que les cours de phy­lo­gé­nie m'ont trau­ma­ti­sée, sur­tout chez les plantes, j'en fais encore des cau­che­mars !
    Peut-être que ce livre pour­ra me faire oublier tout ça. Le jour où j'aurai besoin d'en savoir plus je sau­rai quel bou­quin ache­ter.

    Mer­ci Bilou ! 🙂

  2. Une matière pas du tout facile à appro­cher. À vrai dire je la détes­tais plus que tout pen­dant mon mas­ter (mais je pense aus­si que le prof a beau­coup fait pour ça mal­heu­reu­se­ment aus­si…). On ne pou­vait pas plus mal l'approcher qu'avec cette per­sonne je pense…
    Heu­reu­se­ment, j'ai redé­cou­vert la phy­lo­gé­nie durant mon stage de fin de mas­ter et je suis res­té dedans encore 1 an après pour mon pre­mier contrat.
    C'est un domaine de la bio­in­for­ma­tique qui est en réa­li­té pas­sion­nant, il faut juste prendre le temps de com­prendre les basiques et d'avoir des jeux de don­nées inté­res­sants à ana­ly­ser pour se prendre au jeu.
    J'ai hâte de lire ce bou­quin après ta petite fiche bilou, mer­ci ! 🙂

  3. Avatar de Ludo Cottret
    Ludo Cottret

    Ce livre est en effet très bien fou­tu mais manque d'exercices pra­tiques. Pour ça je conseille l'excellent "Phy­lo­ge­ne­tic hand­book", véri­table livre de recettes de la phy­lo­gé­nie :
    http://​www​.kuleu​ven​.be/​a​i​d​s​l​a​b​/​p​h​y​l​o​g​e​n​y​b​o​o​k​/​h​o​m​e​.​h​tml

    1. Oui effec­ti­ve­ment, ce livre est très théo­rique et ne contient pas d'exercices.

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