J'ai lu :
J'ai lu : Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire

La phylogénie n'était pas ma matière préférée lors de mon master de bioinformatique, mais j'ai depuis pris le temps de m'y intéresser et je dois avouer que c'est un domaine passionnant. Le livre que je vous présente aujourd'hui est intitulé "Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire," écrit par Guy Perrière et Céline Brochier-Armanet, publié dans la collection IRIS chez Springer.

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Sujet

La phylogénie moléculaire consiste à analyser les séquences biologiques afin de reconstruire un arbre phylogénétique. Nous avons déjà abordé ce sujet dans plusieurs articles, en particulier dans celui-ci. Cet ouvrage propose un panorama des méthodes permettant de construire des arbres phylogénétiques : méthodes de distances, de parcimonie, de maximum de vraisemblance et les approches bayésiennes. L'ouvrage aborde aussi les notions de bases nécessaires pour comprendre les différentes approches, en particulier les modèles d'évolution moléculaire. Enfin, un chapitre se consacre à l'étude de la robustesse des arbres via des techniques comme le bootstrap, le jackknife, le test de permutations ou de vraisemblance.

Public visé

Sur la quatrième de couverture, on nous annonce un ouvrage dédié aux étudiants, aux chercheurs et aux bioinformaticiens confirmés. Effectivement, ce livre est très bien construit, très pédagogique, permettant ainsi aux étudiants souhaitant se former d'avoir une base solide. Mais l'ouvrage ne se contente pas d'effleurer chaque sujet, au contraire, les méthodes et les modèles d'évolution sont détaillés, expliqués, sans faire l'économie des formules mathématiques.

Revue

"Si un livre sur la phylogénie moléculaire doit être sur vos étagères, c'est bien celui-ci !" Ma revue pourrait s'arrêter là, je considère ce livre comme une base nécessaire à tous ceux qui s'intéressent et pratiquent la phylogénie moléculaire. Autre avantage de cet ouvrage, il est en français, ce qui ne gâche rien. J'y ai trouvé tout ce que je connaissais de la phylogénétique (très peu) et j'y ai découvert tout le reste (beaucoup).

Disponibilité

Ce livre est disponible chez Springer ou sur Amazon (et sans doute ailleurs, voire dans vos bibliothèques de labo) pour un prix entre 35 et 46 €.

Je remercie Nicolas, Serahline et Yoann M.  pour la relecture.

  • À propos de
  • Je suis actuellement en post-doc dans l'équipe DYLISS de L'IRISA à Rennes. Je travaille sur la reconstruction automatique de réseaux métaboliques. Plus particulièrement, je m'intéresse aux aspects fouille de connaissance, combinatoire, base de données en graphe. Mais dans un passé pas si lointain, je me suis aussi intéressé aux séquences de protéines, à leur alignement et à la prédiction de leur structures.

4 commentaires sur “J'ai lu : Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire

  1. C\'est vrai que les cours de phylogénie m\'ont traumatisée, surtout chez les plantes, j\'en fais encore des cauchemars !
    Peut-être que ce livre pourra me faire oublier tout ça. Le jour où j\'aurai besoin d\'en savoir plus je saurai quel bouquin acheter.

    Merci Bilou! 🙂

  2. Une matière pas du tout facile à approcher. À vrai dire je la détestais plus que tout pendant mon master (mais je pense aussi que le prof a beaucoup fait pour ça malheureusement aussi...). On ne pouvait pas plus mal l\'approcher qu\'avec cette personne je pense...
    Heureusement, j\'ai redécouvert la phylogénie durant mon stage de fin de master et je suis resté dedans encore 1 an après pour mon premier contrat.
    C\'est un domaine de la bioinformatique qui est en réalité passionnant, il faut juste prendre le temps de comprendre les basiques et d\'avoir des jeux de données intéressants à analyser pour se prendre au jeu.
    J\'ai hâte de lire ce bouquin après ta petite fiche bilou, merci ! 🙂

  3. Ce livre est en effet très bien foutu mais manque d\'exercices pratiques. Pour ça je conseille l\'excellent \"Phylogenetic handbook\", véritable livre de recettes de la phylogénie :
    http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogenybook/home.html

    • Oui effectivement, ce livre est très théorique et ne contient pas d\'exercices.

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