European Molecular Biology Laboratory (EMBL)

Voi­ci un article d'un nou­veau genre sur bioin­fo-fr : après les lieux pour vous for­mer à la bio­in­for­ma­tique, voi­ci les lieux où pos­tu­ler pour un stage ou pour tra­vailler une fois votre diplôme en poche. Et aujourd'hui je m'attaque à une grosse pièce puisque je vais vous par­ler de l'EMBL (Euro­pean Mole­cu­lar Bio­lo­gy Labo­ra­to­ry ).

Un peu d'histoire-géo

Créé en 1974 par une orga­ni­sa­tion inter­gou­ver­ne­men­tale com­po­sée de 10 pays (Alle­magne, Autriche, Dane­mark, France, Israël, Ita­lie, Pays-Bas, Royaume-Unis, Suède et Suisse), l'EMBL com­prend aujourd'hui 20 états membres (pour la liste com­plète : EMBL sur wiki­pé­dia). Une par­tie de l'argent public de ces pays, des­ti­né à la recherche, finance le labo­ra­toire. L'objectif de cette asso­cia­tion entre états est bien sûr de pro­mou­voir la bio­lo­gie molé­cu­laire en Europe, notam­ment pour pro­po­ser aux cher­cheurs une alter­na­tive attrac­tive aux États-Unis. Et ça marche : fin 2012 l'EMBL comp­tait 1724 membres répar­tis sur les 5 sites de recherche.

En effet, les 85 groupes de recherche ne se trouvent pas tous au même endroit. Le siège est à Hei­del­berg en Alle­magne ; c'est là que se trouve la plus grande par­tie du per­son­nel, répar­tie dans les uni­tés de bio­lo­gie cel­lu­laire et bio­phy­sique, bio­lo­gie du déve­lop­pe­ment, géno­mique et bio­in­for­ma­tique. Les autres sites sont plus spé­cia­li­sés. Le deuxième en terme de taille est l'EBI (Euro­pean Bio­in­for­ma­tics Ins­ti­tute) à Hin­x­ton en Grande-Bre­tagne : comme son nom l'indique, les groupes qui y tra­vaillent sont spé­cia­li­sés en bio­in­for­ma­tique. Ce sont notam­ment eux qui main­tiennent les bases de don­nées et les ser­vices web de l'EMBL (site de l'EBI). Viennent ensuite Gre­noble (France) et Ham­bourg (Alle­magne) pour la bio­lo­gie struc­tu­rale (orga­ni­sa­tion spa­tiale de macro­mo­lé­cules bio­lo­giques). Enfin le site de Mon­te­ro­ton­do (Ita­lie) spé­cia­li­sé dans l'étude des sou­ris.

La recherche et la bioinformatique à l'EMBL

Ne vous lais­sez pas avoir par les appa­rences, en tant que bio­in­for­ma­ti­cien vous n'êtes en rien res­treint à pos­tu­ler à l'EBI. Presque tous les domaines de la bio­lo­gie (molé­cu­laire) demandent l'intervention de bio­in­for­ma­ti­ciens, que ce soit pour le trai­te­ment d'image, la ges­tion de bases de don­nées, le trai­te­ment des résul­tats de séquen­çage pro­duit à grande échelle…
Il devient de plus en plus dif­fi­cile pour un labo­ra­toire de tota­le­ment se pas­ser de bio­in­for­ma­ti­ciens et l'EMBL ne se contente pas d'envoyer toutes ses don­nées à l'EBI. Cela ne fonc­tion­ne­rait pas, la quan­ti­té et la varié­té des don­nées à trai­ter sont trop impor­tantes. Dans ces condi­tions, chaque groupe qui peut finan­ciè­re­ment se le per­mettre, engage des bio­in­for­ma­ti­ciens.
Avec la varié­té des uni­tés qui com­pose l'EMBL, on trouve les trois types de postes aux­quels un bio­in­for­ma­ti­cien peut accé­der. Le pre­mier est le poste dans une plate-forme : cer­taines struc­tures à l'EMBL ont pour rôle de pré­pa­rer des don­nées pour plu­sieurs groupes, à la demande de ces der­niers. C'est notam­ment le cas pour les don­nées de séquen­çage à haut débit. Le deuxième est celui du bio­in­for­ma­ti­cien iso­lé dans un groupe majo­ri­tai­re­ment consti­tué de bio­lo­gistes. Ce n'est pas for­ce­ment le cau­che­mar que cer­tains s'imaginent, les cher­cheurs sont très proches de leurs don­nées et pré­fèrent pas­ser quelques heures dans leur coin et pro­duire leur ana­lyse, que de tout lais­ser au bio­in­for­ma­ti­cien. Dans ces postes on peut très bien vous deman­der de mettre en place une base de don­nées, créer un ser­vice web, mettre en place des pipe­lines et encore mille autres choses. Cer­tains devront jon­gler entre toutes ces tâches, d'autres seront enga­gés pour un seul type de tra­vail. Enfin vient le der­nier type de poste, celui dans une équipe de bio­in­for­ma­ti­ciens où la recherche se concentre sur le déve­lop­pe­ment d’algorithmes et de logi­ciels pour trai­ter les pro­blèmes bio­lo­giques.

J'espère ne pas être trop cari­ca­tu­ral, mais je pense que ça pour­ra être utile à ceux d'entre vous qui cherchent un stage ou un pre­mier emploi. Ne regar­dez pas que le pro­jet que l'on vous pro­pose, mais aus­si l'environnement, la com­po­si­tion de l'équipe pou­vant énor­mé­ment influen­cer vos condi­tions de tra­vail.

L'EMBL Heidelberg

Je vais vous faire part de mon expé­rience per­son­nelle sur le tra­vail à Hei­del­berg où j'ai effec­tué un stage de 6 mois en 2010 dans l'unité 'Genome Bio­lo­gy'. J'étais à l'interface entre la pla­te­forme en charge de la pro­duc­tion des don­nées de séquen­çage et les bio­lo­gistes qui veulent leurs ana­lyses. L'objectif était de mettre en place des solu­tions auto­ma­ti­sées pour le pré-trai­te­ment des don­nées de séquen­çage. Cela a don­né le déve­lop­pe­ment d'un package R (EasyR­NA­seq) et une pre­mière ins­tal­la­tion de Galaxy sui­vie de quelques modi­fi­ca­tions. Pour en savoir plus sur Galaxy n'hésitez pas à lire l'article de Nisaea Galaxy : Bien plus qu'un ges­tion­naire de work­flows, l'auteure a eu la joie (si, si) de prendre ma place pour le stage l'année sui­vante et a dû tout réins­tal­ler.
Mais pour en reve­nir à l'EMBL, c'est une place cen­trale de la bio­lo­gie pas seule­ment pour l'Europe, mais pour le monde entier. Tra­vailler là-bas vous donne accès à de très nom­breux cours et confé­rences, dans de nom­breux domaines de la bio­lo­gie et tou­jours à la pointe de la recherche.
La diver­si­té et la com­plé­men­ta­ri­té des équipes pré­sentes sur place sont pro­pices aux col­la­bo­ra­tions et cela crée une véri­table dyna­mique de recherche. Cela, com­bi­né avec les moyens finan­ciers et tech­niques, fait que bien sou­vent ces groupes sont des lea­ders dans leur domaine (au moins en Europe).
Petit détail inté­res­sant, les bâti­ments de l'EMBO (Euro­pean Mole­cu­lar Bio­lo­gie Orga­ni­sa­tion) sont sur le même site. L'EMBO est une orga­ni­sa­tion qui méri­te­rait un article à elle-seule. Mais pour faire simple elle a pour objec­tif de pro­mou­voir la bio­lo­gie molé­cu­laire, à tra­vers des publi­ca­tions, des cours et des confé­rences. C'est une orga­ni­sa­tion impor­tante et nombre de ses évè­ne­ments sont orga­ni­sés sur place.

Et pour ce qui est de la par­tie vie sociale dans le labo­ra­toire, pizza/​apéro tous les ven­dre­dis en fin d'après-midi (selon les uni­tés), plu­sieurs grandes fêtes orga­ni­sées sur place pen­dant l'année. Et comme c'est le centre Euro­péen pour la bio­lo­gie molé­cu­laire, de nom­breux évé­ne­ments ont lieu dans l'ATC (Advan­ced Trai­ning Centre), un grand bâti­ment, plein de vide, qui repré­sente une double hélice d'ADN.

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Voi­la, c'est ce que je peux dire sur l'EMBL. Pour ceux qui veulent en apprendre plus ren­dez-vous sur leur site inter­net. Et pour ceux qui aiment bien les vidéos sachez que l'EMBL à sa propre chaine you­tube , une autre preuve je pense du dyna­misme de cette orga­ni­sa­tion.

Un grand mer­ci à Yoann M., Estel, ZaZo0o, Wocka et Nisaea pour leur relec­ture.