Alignement de séquences avec BLAST
Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique :
Trouver les occurrences similaires à une séquence de bases ou d'acides aminés donnée ("query") dans une séquence de référence, par exemple un génome entier...
Un jour, un biologiste se pointe chez vous avec d'une part un disque dur externe dans la main, d'autre part l'air soucieux. Il veut que vous analysiez ses données RNA-seq. Le disque, c'est parce qu'il a environ 50Gb de données à vous transmettre; l'air soucieux, c'est parce qu'elles ont coûté dans les 15'000 euros, et qu'il espère que pour une fois il a pas trop foiré ses manips. Il compte sur vous, vu qu'il n'a aucune idée de ce qu'il a entre les mains, mais il veut des p-valeurs en sortie, et des petites, s'il vous plaît...
Suite à l'article de Guillaume, voici le deuxième article de la rubrique J’ai lu, portant sur le livre « Bioinformatique – Génomique et post-génomique ».
Bioinformatique – Génomique et post-génomique
Ouvrage de Frédéric Dardel et François Képès, professeurs à l'École polytechnique, publié en 2002 aux Éditions École polytechnique. Une partie de l’œuvre est disponible sur google docs...
