Suite à l'article de Guillaume, voi­ci le deuxième article de la rubrique J’ai lu, por­tant sur le livre « Bio­in­for­ma­tique – Géno­mique et post-géno­mique ».

Bioinformatique – Génomique et post-génomique

Ouvrage de Fré­dé­ric Dar­del et Fran­çois Képès, pro­fes­seurs à l'École poly­tech­nique, publié en 2002 aux Édi­tions École poly­tech­nique. Une par­tie de l’œuvre est dis­po­nible sur google docs.

© Édi­tions École Poly­tech­nique, 2002, tous droits réser­vés

Sujet

Cet ouvrage est un docu­ment d'initiation à l'étude bio­in­for­ma­tique des acides nucléiques et des pro­téines.

Résumé

Ce livre couvre un large panel de la bio­in­for­ma­tique : au fil des cha­pitres, le lec­teur sui­vra la créa­tion et le déve­lop­pe­ment de la bio­in­for­ma­tique. Dans la pre­mière moi­tié, les sujets abor­dés traitent de séquen­çage, d'alignement de séquences, de géno­mique et de recherche de motifs. Cette par­tie est qua­si­ment inté­gra­le­ment visible sur book​.google.

La seconde par­tie, non consul­table en ligne, montre des auto­mates de recherche de motifs (pseu­do-code et dérou­le­ment d'algorithmes avec exemples), des sta­tis­tiques sur les séquences, de la modé­li­sa­tion de struc­ture (ARN et pro­téines) et des réseaux.

Public visé

« Son objec­tif est de don­ner les clés néces­saires aus­si bien aux bio­lo­gistes qu'aux infor­ma­ti­ciens pour abor­der ce nou­veau domaine à l'interface de leur deux dis­ci­plines. Conçu ini­tia­le­ment comme sup­port d'un cours de bio­in­for­ma­tique dans le cadre de la Majeure de Chi­mie du Vivant à l’École poly­tech­nique, ce livre s'adresse à tous ceux, cher­cheurs, bio­tech­no­logues, et étu­diants de second et troi­sième cycle, venus d'horizons scien­ti­fiques divers, qui dési­rent s'appuyer sur un ouvrage bref et géné­ra­liste. » © Édi­tions École Poly­tech­nique.

Un "pur" infor­ma­ti­cien sou­hai­tant s'immerger dans le domaine sera pro­ba­ble­ment sub­mer­gé par la masse d'information, à l'inverse, un bio­lo­giste pour­rait être dérou­té par les nota­tions mathé­ma­tiques et les quelques pas­sages de pseu­do-code.

Revue

Curieu­se­ment, ce livre de 246 pages seule­ment ‑dont 5 de biblio­gra­phie- se lit assez faci­le­ment, les textes sont clairs et très concis. L'absence de glos­saire se fait res­sen­tir dès le début, mais les champs de connais­sances sont larges et vus en détails ; mieux vaut gar­der quelques pages Wiki­pé­dia ouvertes.

Mal­heu­reu­se­ment, l'ouvrage pèche au niveau des figures : plu­sieurs sont de mau­vaise qua­li­té ! Outre la pixel­li­sa­tion et la police d'écriture non homo­gène (exemples pages 17 et 18), il y a par­fois des figures dont les titres sont incom­plets ("lecto­phorse" au lieu d'électrophorèse) voire car­ré­ment man­quants.

Les expli­ca­tions concer­nant les algo­rithmes (ali­gne­ment) et les équa­tions (Michae­lis-Men­ten par exemple) sont vrai­ment très claires et bien expli­quées, je regrette de n'avoir pas eu pareil ouvrage plus tôt !

Ce livre datant de 2002, il n'y a bien évi­dem­ment pas de révé­la­tions sur les NGS, les futures géné­ra­tions, les logi­ciels et les for­mats de fichiers sor­tis depuis. Pour se mettre à la page, mieux vaut suivre des forums de dis­cus­sion comme seqans​wers​.com, bios​tars​.org…

Conclusion

Ce livre est à for­te­ment recom­man­der aux débu­tants, en paral­lèle des cours, ain­si qu'aux plus expé­ri­men­tés, tou­te­fois avec des pré-requis de bio­lo­gie (géné­tique, bio­chi­mie, bio­lo­gie molé­cu­laire).

De part sa conci­sion, je décon­seille de le lire d'une traite, tant il est riche en infor­ma­tion (il m'a fal­lut m'y mettre à 4 reprises).

Un livre qui doit peu­pler toutes les bonnes biblio­thèques de France et de Navarre !

Disponibilité

L’ouvrage est dis­po­nible auprès des Édi­tions École poly­tech­nique pour 29,50 €.

Libre accès sur les google books.

Autres  dis­po­ni­bi­li­tés.