Introduction
Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R.
Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des intervalles génomiques. Au niveau le plus basique, un intervalle est défini par deux nombres entiers positifs délimitant son début et sa fin. Nous allons pouvoir ajouter des couches supplémentaires d'informations, telles que les chromosomes et leurs tailles ainsi que le brin...
Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager (ou paqueter en français) proprement cet ensemble de scripts R.
Non on ne largue pas une nuée de scripts non commentés, non documentés, avec juste un mail disant "Non mais tu changes tel et tel paramètres et ça fonctionne"...
bed & fasta
Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine.
Biologiste en mal de connaissances de programmation ou pro de R, vous trouverez ici de quoi vous amuser avec un fichier Fasta ou un Bed.
Nous allons voir comment faire un alignement multiple de séquences (voir ici pour un état de l'art des logiciels existants), produire un logo, analyser les motifs enrichis dans des pics de CHiP, et plus encore...
