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Découverte :
Bioconvert - simplifier les conversions de formats

Bioconvert

Qui n'a jamais eu à convertir un fichier de données biologiques dans un autre format ? Il y a bien sur le classique fastq vers fasta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un convertisseur "maison", pas forcément optimal. D'autres formats sont parfois plus problématiques, par exemple la conversion vers et depuis GFF2/GFF3. De ces différents constats − convertisseurs "maison" (donc pas toujours parfaits), grande diversité de formats (parfois très complexes et peu documentés) nouveaux formats ou formats obsolètes, etc − est née l'idée de créer un outil de conversion dédié aux formats utilisés en bioinformatique : Bioconvert...

Astuce :
Chercher des motifs dans un fichier

Langage : shell
Commandes présentées : grep, split (succintement)
Niveau : débutant
Présentation de la commande grep
La commande grep est disponible nativement sur la plupart des systèmes d'exploitation GNU/Linux. La plupart des utilisateurs utilisent cette commande pour rechercher un mot ou un groupe de mots, que nous appellerons motif (pattern en anglais), dans un fichier texte. Cependant cette commande ne se limite pas à du simple cas par cas...