Étiquette : fichier

  • Bioconvert — simplifier les conversions de formats

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    par

    Nico M.
    dans

    Bioconvert Qui n'a jamais eu à conver­tir un fichier de don­nées bio­lo­giques dans un autre for­mat ? Il y a bien sur le clas­sique fastq vers fas­ta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un conver­tis­seur "mai­son", pas for­cé­ment opti­mal. D'autres for­mats sont par­fois plus pro­blé­ma­tiques, par exemple la conver­sion vers et depuis GFF2/​GFF3. De ces dif­fé­rents…

  • Chercher des motifs dans un fichier

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    par

    Nolwenn
    dans
    Chercher des motifs dans un fichier

    Lan­gage : shell Com­mandes pré­sen­tées : grep, split (suc­cin­te­ment) Niveau : débu­tant Présentation de la commande grep La com­mande grep est dis­po­nible nati­ve­ment sur la plu­part des sys­tèmes d'exploitation GNU/​Linux. La plu­part des uti­li­sa­teurs uti­lisent cette com­mande pour recher­cher un mot ou un groupe de mots, que nous appel­le­rons motif (pat­tern en anglais), dans un fichier texte. Cepen­dant…