Étiquette : graphe
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Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques
Après les différentes méthodes d'analyse et de représentation de réseaux métaboliques biologiques, je vais vous parler des différents outils de visualisation. Car oui, la visualisation d'un réseau ou de ses sous-parties peut être le début de son analyse, car elle permet de se rendre compte de sa topologie, de sa complexité, sa connectivité… En biologie, on peut…
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Représenter le métabolisme — les réseaux métaboliques
*grosse voix très sérieuse* Attention ! L'article qui suit est le premier d'une série d'articles sur la représentation du métabolisme sous forme de réseaux et leur analyse. Il existe, en bioinformatique, plusieurs catégories de modèles pour décrire le métabolisme. Tout d’abord, les modèles pour l’analyse structurelle du métabolisme. Cette catégorie regroupe principalement les modèles reposant sur…
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Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes
Gephi est un logiciel de visualisation et d'analyse de graphes. Il est distribué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation. Gephi est prévu d'emblée pour tous types de graphes (pas seulement en bioinformatique) dans les principaux formats. Tulip et Cytoscape sont des outils similaires. Cependant, chez moi…